More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3424 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
BN001307  ANIA_10195  valyl-tRNA synthetase (AFU_orthologue; AFUA_8G04800)  41.86 
 
 
1033 aa  699    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04124  valyl-tRNA synthetase  71.44 
 
 
951 aa  1454    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3739  valyl-tRNA synthetase  71.34 
 
 
951 aa  1452    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0430  valyl-tRNA synthetase  44.07 
 
 
880 aa  796    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.029099  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2045  valyl-tRNA synthetase  48.54 
 
 
887 aa  890    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0977  valyl-tRNA synthetase  64.41 
 
 
948 aa  1323    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1364  valyl-tRNA synthetase  44.12 
 
 
909 aa  791    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1228  valyl-tRNA synthetase  42.54 
 
 
876 aa  777    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0887446  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2097  valyl-tRNA synthetase  60.56 
 
 
921 aa  1221    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.694852  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2236  valyl-tRNA synthetase  51.16 
 
 
968 aa  997    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4549  valyl-tRNA synthetase  44.61 
 
 
881 aa  813    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0738  valyl-tRNA synthetase  69.42 
 
 
973 aa  1423    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0445  valyl-tRNA synthetase  43.31 
 
 
883 aa  786    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.262089  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0948  valyl-tRNA synthetase  47.42 
 
 
910 aa  841    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3424  valyl-tRNA synthetase  100 
 
 
958 aa  1991    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1268  valyl-tRNA synthetase  65.76 
 
 
948 aa  1339    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4355  valyl-tRNA synthetase  44.61 
 
 
881 aa  811    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4191  valyl-tRNA synthetase  44.61 
 
 
881 aa  811    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4202  valyl-tRNA synthetase  44.46 
 
 
881 aa  810    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0927  valyl-tRNA synthetase  52.08 
 
 
955 aa  1037    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0785  valyl-tRNA synthetase  55.01 
 
 
921 aa  1123    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0756  valyl-tRNA synthetase  54.91 
 
 
921 aa  1121    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1086  valyl-tRNA synthetase  66.08 
 
 
948 aa  1347    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1850  valyl-tRNA synthetase  56.59 
 
 
984 aa  1147    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546477  normal  0.957317 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3085  valyl-tRNA synthetase  53.46 
 
 
943 aa  1056    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.405108 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1281  valyl-tRNA synthetase  43.71 
 
 
933 aa  796    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.202707  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0863  valyl-tRNA synthetase  52.56 
 
 
955 aa  1008    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0577  valyl-tRNA synthetase  53.08 
 
 
912 aa  1037    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.113426  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1436  valyl-tRNA synthetase  45.39 
 
 
952 aa  836    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.571959  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2982  valyl-tRNA synthetase  45.41 
 
 
1002 aa  793    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1846  valyl-tRNA synthetase  52.18 
 
 
955 aa  1038    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344373  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1091  valyl-tRNA synthetase  58.65 
 
 
929 aa  1189    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0986  valyl-tRNA synthetase  65.76 
 
 
948 aa  1338    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2315  valyl-tRNA synthetase  46.63 
 
 
885 aa  879    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169749  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4585  valyl-tRNA synthetase  52.43 
 
 
955 aa  1041    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.826772 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0386  valyl-tRNA synthetase  41.37 
 
 
901 aa  723    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.673451 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2213  valyl-tRNA synthetase  45.2 
 
 
925 aa  810    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.198562  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0388  valyl-tRNA synthetase  40.56 
 
 
902 aa  732    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.427268  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2558  valyl-tRNA synthetase  45.25 
 
 
914 aa  802    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0956  valyl-tRNA synthetase  50.11 
 
 
887 aa  915    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2839  valyl-tRNA synthetase  45.62 
 
 
883 aa  842    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1503  valyl-tRNA synthetase  62.32 
 
 
924 aa  1254    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000330515  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4690  valyl-tRNA synthetase  44.61 
 
 
881 aa  811    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0737  valyl-tRNA synthetase  40.27 
 
 
875 aa  693    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1775  valyl-tRNA synthetase  39.96 
 
 
918 aa  728    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.651419  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0587  valyl-tRNA synthetase  45.16 
 
 
909 aa  839    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0235992  normal  0.435222 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0742  valyl-tRNA synthetase  52.56 
 
 
926 aa  1026    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.279651  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1796  valyl-tRNA synthetase  50.42 
 
 
879 aa  946    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0532  valyl-tRNA synthetase  43.56 
 
 
880 aa  812    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000120164  normal  0.643444 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2633  valyl-tRNA synthetase  52.18 
 
 
955 aa  1042    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2390  valyl-tRNA synthetase  45.89 
 
 
1052 aa  810    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.122959  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2892  valyl-tRNA synthetase  47.09 
 
 
972 aa  855    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2846  valyl-tRNA synthetase  46.53 
 
 
904 aa  843    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292827  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3477  valyl-tRNA synthetase  39.61 
 
 
1029 aa  746    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0964875  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2376  valyl-tRNA synthetase  51.11 
 
 
990 aa  1006    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.171381  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1369  valyl-tRNA synthetase  63.15 
 
 
922 aa  1255    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2570  valyl-tRNA synthetase  47.4 
 
 
952 aa  868    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.252314  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0091  valyl-tRNA synthetase  54.78 
 
 
943 aa  1070    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3721  valyl-tRNA synthetase  50.87 
 
 
973 aa  997    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0971795  normal  0.563267 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1335  valyl-tRNA synthetase  52.57 
 
 
959 aa  1040    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.754534  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2867  valyl-tRNA synthetase  87.19 
 
 
968 aa  1769    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2579  valyl-tRNA synthetase  47.65 
 
 
968 aa  865    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0215604 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2922  valyl-tRNA synthetase  63.51 
 
 
947 aa  1266    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.611801  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1828  valyl-tRNA synthetase  45.05 
 
 
954 aa  843    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.242328  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2138  valyl-tRNA synthetase  57.47 
 
 
984 aa  1154    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.571055  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2630  valyl-tRNA synthetase  52.78 
 
 
955 aa  1019    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00324916  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0285  valyl-tRNA synthetase  61.44 
 
 
957 aa  1281    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.147472  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0132  valyl-tRNA synthetase  42.37 
 
 
929 aa  761    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0431753 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1951  valyl-tRNA synthetase  38.88 
 
 
925 aa  700    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1706  valyl-tRNA synthetase  40.9 
 
 
1031 aa  778    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.987588 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0932  valyl-tRNA synthetase  43.92 
 
 
931 aa  777    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.919072  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0959  valyl-tRNA synthetase  53.1 
 
 
955 aa  1034    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3558  valyl-tRNA synthetase  41.46 
 
 
883 aa  698    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.462597  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3564  valyl-tRNA synthetase  64.09 
 
 
921 aa  1288    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1571  valyl-tRNA synthetase  47.79 
 
 
926 aa  892    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2175  valyl-tRNA synthetase  44.36 
 
 
880 aa  801    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1886  valyl-tRNA synthetase  44.26 
 
 
880 aa  799    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1259  valyl-tRNA synthetase  67.23 
 
 
948 aa  1382    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3441  valyl-tRNA synthetase  44.25 
 
 
911 aa  825    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1130  valyl-tRNA synthetase  97.49 
 
 
958 aa  1954    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00231601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1201  valyl-tRNA synthetase  97.6 
 
 
958 aa  1955    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.418789  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0555  valyl-tRNA synthetase  61.69 
 
 
917 aa  1241    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00036551 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0916  valyl-tRNA synthetase  86.67 
 
 
968 aa  1769    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.276486  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1649  valyl-tRNA synthetase  44.26 
 
 
883 aa  781    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1928  valyl-tRNA synthetase  48.91 
 
 
893 aa  904    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1321  valyl-tRNA synthetase  53.1 
 
 
955 aa  1039    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14440  valyl-tRNA synthetase  64.3 
 
 
950 aa  1317    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2479  valyl-tRNA synthetase  42.41 
 
 
880 aa  747    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.225877  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1392  valyl-tRNA synthetase  40.89 
 
 
902 aa  752    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0390871  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1219  valyl-tRNA synthetase  42.29 
 
 
879 aa  756    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0322  valyl-tRNA synthetase  42.25 
 
 
894 aa  759    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0513  valyl-tRNA synthetase  43.12 
 
 
883 aa  784    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1441  valyl-tRNA synthetase  53.1 
 
 
955 aa  1034    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.215769  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0192  valyl-tRNA synthetase  43.91 
 
 
892 aa  824    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.209132  normal  0.584595 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1474  valyl-tRNA synthetase  60.13 
 
 
929 aa  1167    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0304029  normal  0.195737 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1131  valyl-tRNA synthetase  97.49 
 
 
958 aa  1953    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00349082  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0741  valyl-tRNA synthetase  42.81 
 
 
888 aa  748    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0469934  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1580  valyl-tRNA synthetase  48.13 
 
 
886 aa  909    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0790  valyl-tRNA synthetase  87.16 
 
 
953 aa  1753    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3631  valyl-tRNA synthetase  41.46 
 
 
883 aa  698    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0657894 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>