More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2008 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2008  putative glycerol-3-phosphate regulon repressor  100 
 
 
271 aa  542  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.695366  normal  0.0287026 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3010  DeoR family transcriptional regulator  39.68 
 
 
264 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45150  putative transcriptional regulator  32.53 
 
 
258 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0386  glycerol-3-phosphate repressor protein  31.98 
 
 
255 aa  131  9e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03274  DNA-binding transcriptional repressor  31.98 
 
 
252 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.324101  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03226  hypothetical protein  31.98 
 
 
252 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.347967  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0291  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  31.98 
 
 
252 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3832  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  31.5 
 
 
252 aa  131  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.365514  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4730  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  32.39 
 
 
252 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3620  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  31.98 
 
 
252 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3831  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  32.39 
 
 
252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3804  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  31.98 
 
 
252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3702  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  31.98 
 
 
252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3790  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  32.39 
 
 
252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3898  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  31.98 
 
 
252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3893  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  32.39 
 
 
252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.256044  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3724  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  32.39 
 
 
252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3715  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  32.92 
 
 
252 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3687  regulatory protein, DeoR  35.69 
 
 
259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.300297  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0669  DeoR family transcriptional regulator  34.66 
 
 
258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000886161 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3316  transcriptional regulator, DeoR family  34.5 
 
 
259 aa  125  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.302839  normal  0.645793 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0291  transcriptional regulator, DeoR family  31.58 
 
 
252 aa  125  7e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0244  glycerol-3-phosphate regulon repressor  34.11 
 
 
259 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0910  glycerol-3-phosphate regulon repressor  34.11 
 
 
278 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0603  glycerol-3-phosphate regulon repressor  33.72 
 
 
278 aa  124  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2702  glycerol-3-phosphate regulon repressor  34.11 
 
 
278 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2375  glycerol-3-phosphate regulon repressor  34.11 
 
 
259 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0729  glycerol-3-phosphate regulon repressor  34.11 
 
 
259 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0743  glycerol-3-phosphate regulon repressor  34.11 
 
 
259 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2456  glycerol-3-phosphate regulon repressor  34.11 
 
 
259 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0561581  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3326  transcriptional regulator, DeoR family  33.46 
 
 
257 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000140435  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03314  transcriptional regulator  30.62 
 
 
263 aa  123  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2979  transcriptional regulator, DeoR family  33.46 
 
 
257 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.50447  normal  0.977185 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002674  glycerol-3-phosphate regulon repressor DeoR family  30.56 
 
 
263 aa  122  7e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0423  DeoR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
259 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.909669  normal  0.586164 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  33.62 
 
 
250 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1187  DeoR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3997  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.71 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0157  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.71 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17940  glycerol-3-phosphate regulon repressor  30.28 
 
 
251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3757  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.71 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1560  glycerol-3-phosphate regulon repressor  30.28 
 
 
251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4640  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.31 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0643  DeoR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
259 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.933913  normal  0.670874 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0131  DeoR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2797  regulatory protein DeoR  29.92 
 
 
254 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0299  DeoR family transcriptional regulator  30.86 
 
 
253 aa  119  7e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2180  DeoR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
273 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2129  transcriptional regulator, DeoR family  28.46 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0932716  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0313  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.31 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0623  DeoR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0515  glycerol-3-phosphate regulon repressor (glp operon repressor)  29.76 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.128818  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  30.28 
 
 
257 aa  117  3e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45720  glycerol-3-phosphate regulon repressor protein GlpR  31.87 
 
 
251 aa  116  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3449  galactitol utilization operon repressor  32.3 
 
 
257 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3617  galactitol utilization operon repressor  32.3 
 
 
257 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3451  galactitol utilization operon repressor  32.3 
 
 
257 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.717131  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3557  galactitol utilization operon repressor  32.3 
 
 
257 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3176  transcriptional regulator of DeoR family protein  28.4 
 
 
270 aa  115  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.548886  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3520  galactitol utilization operon repressor  32.3 
 
 
257 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2599  DeoR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
259 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2727  DeoR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
290 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.463345  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5369  transcriptional regulator, DeoR family  36.08 
 
 
268 aa  115  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1265  DeoR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.940164  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3398  transcriptional regulator, DeoR family  31.91 
 
 
255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0231  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.92 
 
 
252 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2703  DeoR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
259 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.316152  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6002  DeoR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
259 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.5658 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3929  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.92 
 
 
252 aa  113  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2674  DeoR family transcriptional regulator  32.36 
 
 
294 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4122  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.92 
 
 
252 aa  113  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2907  DeoR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
262 aa  113  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1681  DeoR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.109023  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
288 aa  112  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2063  DeoR family transcriptional regulator  32 
 
 
294 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.253538  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2850  transcriptional regulator, DeoR family  32.1 
 
 
262 aa  112  6e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.115087  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1308  transcriptional regulator, DeoR family  33.88 
 
 
250 aa  112  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.225197  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1363  regulatory protein DeoR  33.88 
 
 
250 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.225271  normal  0.212224 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  26.85 
 
 
274 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1563  transcriptional regulator, DeoR family  33.47 
 
 
250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0289258  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  28.17 
 
 
257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  29.92 
 
 
267 aa  111  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  28.17 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  28.17 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5063  DeoR family transcriptional regulator  34.94 
 
 
251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184796  normal  0.547667 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  28.17 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  28.17 
 
 
257 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7844  transcriptional regulator, DeoR family  33.72 
 
 
255 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0958205  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  28.17 
 
 
257 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  28.17 
 
 
257 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3722  DeoR family transcriptional regulator  34.66 
 
 
251 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  28.17 
 
 
257 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  28.17 
 
 
257 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4660  DeoR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
260 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1644  DeoR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
251 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000364234 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0242  transcriptional regulator, DeoR family  31.51 
 
 
262 aa  108  9.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290341  normal  0.276366 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3729  transcriptional regulator, DeoR family  35.74 
 
 
267 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923555  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  32.27 
 
 
258 aa  107  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3705  transcriptional regulator, DeoR family  28.52 
 
 
258 aa  108  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>