More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1939 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1939  putative ABC transporter permease protein  100 
 
 		 273 aa  538  9.999999999999999e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000752264 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0942  ABC transporter, inner membrane subunit  80.8 
 
 		 254 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.2 
 
 		 254 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.88 
 
 		 254 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.107448 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 		 256 aa  190  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.55 
 
 		 254 aa  185  8e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.157809 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 		 259 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00657833 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.1 
 
 		 255 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 		 255 aa  169  5e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1140  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 		 255 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.21 
 
 		 257 aa  167  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3961  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.81 
 
 		 256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 		 258 aa  159  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0347556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 		 254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.63161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.21 
 
 		 257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116723  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.19 
 
 		 274 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0454164  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.97 
 
 		 273 aa  125  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.97 
 
 		 273 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.08 
 
 		 268 aa  121  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223421 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.22 
 
 		 268 aa  117  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.333865  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0637  ABC transporter, permease  32.58 
 
 		 250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0804  putative ABC transporter, permease protein  32.58 
 
 		 250 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.22036e-46 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0693  ABC transporter permease  32.58 
 
 		 250 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0637  ABC transporter, permease  32.58 
 
 		 250 aa  117  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00537874  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0727  ABC transporter permease  32.58 
 
 		 250 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0363276  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.89 
 
 		 258 aa  116  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4547  putative ABC transporter, permease protein  33.2 
 
 		 251 aa  116  5e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.113137  normal  0.441246 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.33 
 
 		 284 aa  115  6e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0881  putative ABC transporter, permease protein  32.78 
 
 		 251 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00328051  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0784  putative ABC transporter, permease protein  33.61 
 
 		 250 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.605831  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.78 
 
 		 251 aa  113  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0797  ABC transporter, permease protein, putative  32.37 
 
 		 250 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.54 
 
 		 250 aa  112  9e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.4 
 
 		 283 aa  108  6e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0441349  normal  0.902161 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13670  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  27.6 
 
 		 249 aa  108  7.000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2703  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.04 
 
 		 263 aa  105  9e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.88688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5406  ABC transporter membrane spanning protein  31.45 
 
 		 251 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408693  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.08 
 
 		 258 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121812  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.73 
 
 		 246 aa  103  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0877  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.95 
 
 		 260 aa  102  7e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112184  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.16 
 
 		 257 aa  102  9e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0354  ABC transporter, permease  28.75 
 
 		 265 aa  100  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 		 307 aa  100  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.665089  normal  0.160596 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1169  putative ABC transporter permease protein  29.32 
 
 		 279 aa  99.8  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.73 
 
 		 280 aa  99.4  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.208081  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0491  ABC transporter, permease protein, putative  27.92 
 
 		 257 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0493  putative ABC transporter, permease protein  27.92 
 
 		 257 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0367  ABC transporter permease  27.92 
 
 		 265 aa  97.4  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0357  ABC transporter, permease  27.92 
 
 		 265 aa  97.4  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0817  ABC transporter related protein  34.78 
 
 		 492 aa  97.8  2e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.309085  normal  0.730271 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0381  ABC transporter permease  27.92 
 
 		 257 aa  97.4  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0424  putative ABC transporter, permease protein  27.92 
 
 		 257 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.6 
 
 		 281 aa  97.8  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.36 
 
 		 265 aa  97.1  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000457845  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7629  putative ABC transporter permease protein  29.83 
 
 		 282 aa  96.3  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0446  putative ABC transporter, permease protein  27.5 
 
 		 257 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1263  ABC transporter permease  29.72 
 
 		 262 aa  95.9  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165267 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4878  putative ABC transporter, permease protein  27.5 
 
 		 255 aa  95.9  6e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.88 
 
 		 257 aa  95.9  7e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1076  ABC transporter-like protein  33.5 
 
 		 488 aa  95.9  7e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.276573 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.8 
 
 		 256 aa  95.5  9e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2100  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.99 
 
 		 275 aa  94.7  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.75 
 
 		 271 aa  94.7  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0654  ABC transporter, permease protein  28.51 
 
 		 263 aa  94.7  1e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.73 
 
 		 255 aa  94.7  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.58 
 
 		 250 aa  94  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.87 
 
 		 270 aa  93.2  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.04 
 
 		 247 aa  93.2  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06840  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system permease component  29.58 
 
 		 266 aa  92.8  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.16 
 
 		 260 aa  92.4  6e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.566245  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.71 
 
 		 258 aa  92.4  7e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.59 
 
 		 278 aa  92  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.65 
 
 		 259 aa  91.3  1e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.318112 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7650  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  31.35 
 
 		 247 aa  90.9  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.37 
 
 		 285 aa  91.3  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.13305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.97 
 
 		 292 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.65 
 
 		 288 aa  90.1  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.752734  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.27 
 
 		 253 aa  90.1  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.97 
 
 		 267 aa  89.7  5e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.69 
 
 		 256 aa  89.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000865  hydroxymethylpyrimidine ABC transporter transmembrane component  28.39 
 
 		 266 aa  89.4  6e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3099  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  27.05 
 
 		 261 aa  89  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3877  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 		 282 aa  89  7e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.901388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 		 282 aa  89  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0528385  normal  0.0939424 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.96 
 
 		 253 aa  89  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.283078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.68 
 
 		 258 aa  88.6  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.42897 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.2 
 
 		 249 aa  88.2  1e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0801  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  27.07 
 
 		 298 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0745387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2376  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  26.87 
 
 		 265 aa  88.2  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 		 282 aa  87.8  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0113678 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26 
 
 		 283 aa  87  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.88 
 
 		 245 aa  87  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.32 
 
 		 275 aa  87  3e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.41 
 
 		 275 aa  86.7  4e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.53 
 
 		 255 aa  86.7  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.323499  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3414  ATP-binding protein of ABC transporter  26.2 
 
 		 280 aa  86.7  4e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.24016 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.97 
 
 		 288 aa  86.3  5e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.173855  normal  0.365472 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4060  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.81 
 
 		 256 aa  85.9  6e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0122  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter permease  28.29 
 
 		 260 aa  85.9  6e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0906  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.97 
 
 		 244 aa  85.9  7e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.53091  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>