More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0654 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0654  ABC transporter, permease protein  100 
 
 
263 aa  530  1e-149  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0122  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter permease  64.43 
 
 
260 aa  329  3e-89  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.29 
 
 
246 aa  145  5e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.59 
 
 
257 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116723  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.1 
 
 
284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.11 
 
 
254 aa  132  6e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.63161  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.17 
 
 
288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.173855  normal  0.365472 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.01 
 
 
283 aa  129  6e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0441349  normal  0.902161 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.64 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00112586  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4878  putative ABC transporter, permease protein  32.19 
 
 
255 aa  126  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0446  putative ABC transporter, permease protein  32.34 
 
 
257 aa  126  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0491  ABC transporter, permease protein, putative  31.76 
 
 
257 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0367  ABC transporter permease  31.76 
 
 
265 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0357  ABC transporter, permease  31.76 
 
 
265 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0381  ABC transporter permease  31.76 
 
 
257 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0493  putative ABC transporter, permease protein  31.76 
 
 
257 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0424  putative ABC transporter, permease protein  31.76 
 
 
257 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.19 
 
 
255 aa  125  5e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.92 
 
 
265 aa  126  5e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000457845  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7650  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  30.94 
 
 
247 aa  125  9e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621765  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13670  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  30.84 
 
 
249 aa  124  1e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
272 aa  123  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.025765  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0666  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.14 
 
 
272 aa  122  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0354  ABC transporter, permease  31.62 
 
 
265 aa  122  5e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.44 
 
 
253 aa  122  5e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.24 
 
 
247 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.48 
 
 
250 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
256 aa  120  3e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.39 
 
 
259 aa  119  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.318112 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0877  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.74 
 
 
260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112184  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.62 
 
 
272 aa  119  7e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0848141 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.67 
 
 
274 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0454164  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2545  binding-protein-dependent transport system protein  31.28 
 
 
287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.240068  normal  0.521676 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.95 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 
281 aa  115  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.22 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.946292  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0435  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.32 
 
 
250 aa  113  3e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.43 
 
 
259 aa  112  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00657833 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.96 
 
 
222 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.03 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2376  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  27.13 
 
 
265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.09 
 
 
258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.42897 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.77 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.283078  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.17 
 
 
275 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.69 
 
 
268 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.333865  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.87 
 
 
254 aa  106  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.157809 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4547  putative ABC transporter, permease protein  28.11 
 
 
251 aa  106  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.113137  normal  0.441246 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.85 
 
 
257 aa  106  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.08 
 
 
255 aa  106  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 
278 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.42 
 
 
273 aa  105  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.9 
 
 
256 aa  105  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.2 
 
 
259 aa  105  8e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.805205  normal  0.60128 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0797  ABC transporter, permease protein, putative  28.11 
 
 
250 aa  104  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06840  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system permease component  26.67 
 
 
266 aa  104  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3124  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.08 
 
 
255 aa  104  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1140  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.95 
 
 
255 aa  103  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000865  hydroxymethylpyrimidine ABC transporter transmembrane component  28.16 
 
 
266 aa  103  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.11 
 
 
251 aa  103  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0881  putative ABC transporter, permease protein  27.31 
 
 
251 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00328051  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.92 
 
 
275 aa  103  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0637  ABC transporter, permease  27.71 
 
 
250 aa  103  4e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0804  putative ABC transporter, permease protein  27.71 
 
 
250 aa  102  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.22036e-46 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0693  ABC transporter permease  27.71 
 
 
250 aa  102  5e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0727  ABC transporter permease  27.71 
 
 
250 aa  102  5e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0363276  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.39 
 
 
268 aa  102  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2703  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.88 
 
 
263 aa  102  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.88688  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0637  ABC transporter, permease  27.71 
 
 
250 aa  102  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00537874  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.17 
 
 
255 aa  102  8e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
250 aa  101  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0784  putative ABC transporter, permease protein  28.7 
 
 
250 aa  101  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.605831  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1169  putative ABC transporter permease protein  31.33 
 
 
279 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3099  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.81 
 
 
261 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31 
 
 
258 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.29 
 
 
257 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.94 
 
 
249 aa  99.8  4e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.69 
 
 
258 aa  99  6e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0347556  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.4 
 
 
273 aa  99  7e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2734  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.05 
 
 
267 aa  98.6  9e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.549296  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
274 aa  97.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000362296  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.27 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3961  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.67 
 
 
256 aa  96.7  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.46 
 
 
277 aa  95.9  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0283642  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7629  putative ABC transporter permease protein  28.25 
 
 
282 aa  95.1  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.02 
 
 
329 aa  95.1  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.13 
 
 
280 aa  94  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.208081  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.09 
 
 
277 aa  94  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1380  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  28.74 
 
 
277 aa  94.4  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153307 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.81 
 
 
286 aa  94  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3166  ABC transporter, inner membrane subunit  31.46 
 
 
281 aa  93.6  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.46 
 
 
281 aa  93.6  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26 
 
 
267 aa  93.2  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.45 
 
 
255 aa  92.8  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.323499  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
259 aa  92.4  7e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00122675  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.82 
 
 
264 aa  92  8e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  0.743835 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.53 
 
 
268 aa  92  8e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.223421 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.07 
 
 
299 aa  92  9e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0817  ABC transporter related protein  30.43 
 
 
492 aa  91.7  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.309085  normal  0.730271 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1719  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.02 
 
 
264 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>