More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_0225 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_0225  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 313 aa  645    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000929785  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0858  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000521501  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  24.67 
 
 		 290 aa  93.2  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1599  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 320 aa  84  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.546474 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2380  transcriptional regulator, LysR family  24.22 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2329  transcriptional regulator, LysR family  24.22 
 
 		 324 aa  82.4  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0664  transcriptional regulator, LysR family  25.38 
 
 		 331 aa  79.7  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  25.7 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0800  transcriptional regulator CysB-like protein  24.02 
 
 		 313 aa  77.8  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  23.29 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4535  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0901  putative metCcysK operon transcriptional activator  23.95 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.176333  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  21.67 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0368  transcriptional regulator, LysR family  25.49 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4333  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 325 aa  76.3  0.0000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  25.81 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  22.15 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  22.44 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  22.15 
 
 		 293 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 315 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1301  transcriptional regulator, LysR family  23.36 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.828365  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  22.9 
 
 		 289 aa  74.3  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 316 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  21.81 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  21.81 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  22.15 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  20.61 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  21.48 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0142  LysR family malolactic regulator  22.22 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.000010919  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  21.81 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2327  transcriptional regulator CysB  23.02 
 
 		 324 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.184075  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  24.41 
 
 		 289 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3443  transcriptional regulator CysB  23.02 
 
 		 324 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0457028  hitchhiker  0.00255719 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23140  transcriptional regulator CysB  24.02 
 
 		 324 aa  72.8  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1928  transcriptional regulator CysB  23.02 
 
 		 324 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0221409  hitchhiker  0.0000000000199307 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1229  MarR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1242  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00379242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  21.81 
 
 		 295 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  21.48 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  22.08 
 
 		 297 aa  72.4  0.000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0810  transcriptional regulator, LysR family  23.82 
 
 		 307 aa  72  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1518  transcriptional regulator, LysR family  22.48 
 
 		 316 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2546  transcriptional regulator CysB  23.62 
 
 		 324 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000891923 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  22.04 
 
 		 294 aa  71.2  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1768  transcriptional regulator CysB  22.64 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000142013 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4003  transcriptional regulator CysB  23.57 
 
 		 324 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.260583  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 313 aa  71.2  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3555  LysR family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0935  LysR-type transcriptional regulator  22.9 
 
 		 307 aa  71.2  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2279  Cys regulon transcriptional activator  23.97 
 
 		 324 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0003435  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  22.37 
 
 		 294 aa  70.9  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2077  transcriptional regulator CysB  24.15 
 
 		 324 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0047105 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4911  transcriptional regulator, LysR family  22.8 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000218109  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  23.15 
 
 		 317 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2625  putative transcriptional regulator  25.59 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.351429 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2466  putative transcriptional regulator  25.59 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.11864 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2509  putative transcriptional regulator  25.59 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2417  putative transcriptional regulator  25.59 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  21.68 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  21.68 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 317 aa  68.9  0.00000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  22.82 
 
 		 317 aa  68.9  0.00000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  22.3 
 
 		 293 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0849  transcriptional regulator, LysR family  23.79 
 
 		 310 aa  69.3  0.00000000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  22.82 
 
 		 317 aa  68.9  0.00000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 317 aa  68.9  0.00000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 302 aa  68.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0691  LysR family transcriptional regulator  21.36 
 
 		 294 aa  68.6  0.0000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.780494  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  23.55 
 
 		 310 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  22.95 
 
 		 293 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2956  LysR family transcriptional regulator  23.17 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.2285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2521  putative transcriptional regulator  26.17 
 
 		 292 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 326 aa  68.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 317 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2292  transcriptional regulator CysB-like protein  23.45 
 
 		 306 aa  67.4  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.524252  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  22.04 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01251  DNA-binding transcriptional dual regulator, O-acetyl-L-serine-binding  21.26 
 
 		 324 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  21.26 
 
 		 324 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1907  transcriptional regulator CysB  21.26 
 
 		 324 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524894  hitchhiker  2.34231e-17 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01261  hypothetical protein  21.26 
 
 		 324 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  21.26 
 
 		 324 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  21.26 
 
 		 324 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  0.000000022716 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1501  transcriptional regulator CysB  21.26 
 
 		 324 aa  67  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.7918  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1856  transcriptional regulator CysB  21.26 
 
 		 324 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.314733  hitchhiker  2.57931e-19 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  21.21 
 
 		 299 aa  67  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  21.26 
 
 		 324 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 293 aa  67  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 317 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>