More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1556 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
236 aa  469  1.0000000000000001e-131  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25820  ABC-type metal ion transport system, permease component  48.73 
 
 
236 aa  213  1.9999999999999998e-54  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.961008  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42 
 
 
215 aa  176  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.771315  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000286975  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0890  ABC transporter, permease protein  40.93 
 
 
226 aa  170  1e-41  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08270  ABC-type metal ion transport system, permease component  43.41 
 
 
225 aa  169  3e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.154439  normal  0.55012 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1074  D-methionine transport system permease protein MetI  45.37 
 
 
224 aa  169  5e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
217 aa  167  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000122974  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.41 
 
 
224 aa  167  1e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000432369 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1249  putative ABC transporter, permease protein  44.55 
 
 
224 aa  166  2.9999999999999998e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.08 
 
 
235 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.104084  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
222 aa  156  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
222 aa  154  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0962  ABC transporter, permease protein  46.6 
 
 
221 aa  152  4e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.496997  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0903  ABC transporter, permease protein  46.6 
 
 
221 aa  152  4e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.840539  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.5 
 
 
222 aa  152  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.918282  hitchhiker  0.000827956 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4332  hypothetical protein  40.31 
 
 
224 aa  152  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.362545  normal  0.101939 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2000  methionine transport system permease protein  39.32 
 
 
218 aa  152  5e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.445077  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0196  D-methionine ABC transporter, permease protein  39.32 
 
 
218 aa  152  5e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2418  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.26 
 
 
223 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0921  transmembrane ABC transporter protein  38.32 
 
 
217 aa  150  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.773713  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.15 
 
 
221 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.22 
 
 
223 aa  150  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.79 
 
 
224 aa  149  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0577553  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0130  ABC D-methionine uptake transporter, inner membrane subunit  39.79 
 
 
224 aa  149  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.140263  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7231  ABC transporter membrane spanning protein  43.54 
 
 
213 aa  149  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.238623  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3857  DL-methionine transporter subunit  40.58 
 
 
217 aa  149  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.955348 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.44 
 
 
217 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.302745  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0968  D-methionine transport system permease protein MetI  43.54 
 
 
213 aa  147  2.0000000000000003e-34  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.44 
 
 
217 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0565276  normal  0.49182 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
230 aa  146  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.481635  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2124  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
226 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5261  D-methionine ABC transporter, permease protein  43.41 
 
 
224 aa  143  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1438  ABC transporter, permease protein  37.67 
 
 
218 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.455899  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0449  methionine ABC transporter permease  37.67 
 
 
218 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.800882  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1868  ABC transporter, permease protein  37.67 
 
 
218 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.326462  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0859  methionine ABC transporter permease  37.67 
 
 
218 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0547  methionine ABC transporter permease  37.67 
 
 
218 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.460496  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2175  methionine ABC transporter permease  37.67 
 
 
218 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
223 aa  143  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.250327  normal  0.570083 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
221 aa  143  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167219  normal  0.0252468 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
226 aa  142  3e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0887  D-methionine transport system permease protein MetI  36.84 
 
 
225 aa  142  5e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16990  ABC-type metal ion transport system, permease component  44.95 
 
 
217 aa  142  5e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.126358  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0282  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.41 
 
 
224 aa  141  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2653  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
224 aa  141  9e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004239  methionine ABC transporter permease protein  35.41 
 
 
225 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0854  ABC methionine transporter, inner membrane subunit  36.74 
 
 
218 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0225125  hitchhiker  0.00619599 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
224 aa  139  6e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
228 aa  138  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0428  ABC transporter, permease protein  35.41 
 
 
225 aa  138  7.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01201  hypothetical protein  36.45 
 
 
225 aa  138  8.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2537  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.87 
 
 
221 aa  138  8.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567563  normal  0.226034 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1055  ABC-type metal ion transport system, permease component  36.36 
 
 
228 aa  137  1e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0162881  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.28 
 
 
218 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.141892  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
217 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.626863  hitchhiker  0.00236834 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.26 
 
 
218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.393989  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.39 
 
 
213 aa  135  4e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.560605 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
220 aa  135  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0175  ABC transporter permease  37.67 
 
 
222 aa  135  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.713408  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0173  ABC transporter permease  37.67 
 
 
222 aa  135  4e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.560116  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0194  ABC transporter, permease protein  37.67 
 
 
222 aa  135  4e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.67 
 
 
223 aa  135  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.396417  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2660  ABC transporter, permease protein  37.67 
 
 
223 aa  135  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1548  ABC transporter permease  37.67 
 
 
223 aa  135  6.0000000000000005e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
221 aa  135  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.571471  hitchhiker  0.00153184 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1239  ABC transporter, permease protein  40.09 
 
 
303 aa  135  7.000000000000001e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.42 
 
 
217 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.05 
 
 
227 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.9 
 
 
225 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.302856  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0165  ABC transporter, permease  37.21 
 
 
222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.19 
 
 
214 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.15851  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
218 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.206806 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2911  ABC transporter permease  39.22 
 
 
217 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.144856  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
217 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0441885 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
218 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116542  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34260  putative permease of ABC transporter  39.22 
 
 
217 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0163975 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0643  ABC transporter, permease protein  41.18 
 
 
221 aa  133  3e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.766537  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
219 aa  132  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.388698  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0794  ABC transporter, permease protein  39.64 
 
 
303 aa  133  3e-30  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.485222  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0864  ABC transporter, permease protein  39.64 
 
 
303 aa  132  5e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.586541  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7235  ABC transporter membrane spanning protein  38.5 
 
 
217 aa  132  6e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.19 
 
 
214 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00606752 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.57 
 
 
217 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.60731  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.19 
 
 
214 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.577588 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.56 
 
 
235 aa  132  6.999999999999999e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.239912  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1513  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.89 
 
 
221 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2337  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.03 
 
 
223 aa  131  6.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790204  normal  0.366163 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
221 aa  131  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2344  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.89 
 
 
221 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.251109  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.32 
 
 
216 aa  131  7.999999999999999e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.530157  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
221 aa  131  7.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0543007  normal  0.691436 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0312  ABC metal ion transporter, inner membrane subunit  38.92 
 
 
218 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555716  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.92 
 
 
218 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.233066  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
219 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000796266  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2366  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.19 
 
 
217 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0812331  hitchhiker  0.00268015 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.92 
 
 
218 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0782482  normal  0.823992 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.92 
 
 
218 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.808195  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1343  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.67 
 
 
223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0459046  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>