More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3857 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_3857  DL-methionine transporter subunit  100 
 
 
217 aa  427  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.955348 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.22 
 
 
223 aa  270  8.000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.250327  normal  0.570083 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2366  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.45 
 
 
217 aa  229  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0812331  hitchhiker  0.00268015 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.92 
 
 
220 aa  226  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0859  methionine ABC transporter permease  59.45 
 
 
218 aa  224  7e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0449  methionine ABC transporter permease  59.45 
 
 
218 aa  224  7e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.800882  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1438  ABC transporter, permease protein  59.45 
 
 
218 aa  224  7e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.455899  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1868  ABC transporter, permease protein  59.45 
 
 
218 aa  224  7e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.326462  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0547  methionine ABC transporter permease  59.45 
 
 
218 aa  224  7e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.460496  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2175  methionine ABC transporter permease  59.45 
 
 
218 aa  224  7e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2911  ABC transporter permease  56.48 
 
 
217 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.144856  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34260  putative permease of ABC transporter  56.48 
 
 
217 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0163975 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.95 
 
 
218 aa  222  4e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.393989  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.06 
 
 
218 aa  221  8e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.141892  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.08 
 
 
214 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.15851  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.44 
 
 
215 aa  218  5e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.771315  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0854  ABC methionine transporter, inner membrane subunit  58.45 
 
 
218 aa  217  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0225125  hitchhiker  0.00619599 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
218 aa  216  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.206806 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
218 aa  216  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116542  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7235  ABC transporter membrane spanning protein  54.98 
 
 
217 aa  216  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0312  ABC metal ion transporter, inner membrane subunit  60.2 
 
 
218 aa  209  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555716  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.2 
 
 
218 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0782482  normal  0.823992 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.2 
 
 
218 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.233066  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.2 
 
 
218 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.808195  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0962  ABC transporter, permease protein  55.14 
 
 
221 aa  208  5e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.496997  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0903  ABC transporter, permease protein  55.14 
 
 
221 aa  208  5e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.840539  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.46 
 
 
217 aa  207  7e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0441885 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7231  ABC transporter membrane spanning protein  54.93 
 
 
213 aa  207  7e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.238623  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.77 
 
 
214 aa  207  8e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.113433  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4993  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.77 
 
 
214 aa  207  9e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.571534  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.74 
 
 
221 aa  206  3e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.27 
 
 
214 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00606752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.27 
 
 
214 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.577588 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5189  D-methionine ABC transporter, permease protein  54.98 
 
 
214 aa  203  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0349  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.45 
 
 
214 aa  203  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0321773  normal  0.735607 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.6 
 
 
225 aa  196  3e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000286975  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31530  transmembrane ABC transporter protein  54.63 
 
 
216 aa  195  6e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.668034  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08270  ABC-type metal ion transport system, permease component  51.96 
 
 
225 aa  193  2e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.154439  normal  0.55012 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.52 
 
 
217 aa  192  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.676084 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2000  methionine transport system permease protein  50 
 
 
218 aa  189  4e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.445077  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0196  D-methionine ABC transporter, permease protein  50 
 
 
218 aa  189  4e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2680  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.42 
 
 
218 aa  184  9e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0890  ABC transporter, permease protein  44 
 
 
226 aa  184  9e-46  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.96 
 
 
217 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.60731  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.12 
 
 
230 aa  181  7e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.481635  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.78 
 
 
224 aa  180  1e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000432369 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0887  D-methionine transport system permease protein MetI  48.08 
 
 
225 aa  176  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2653  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.48 
 
 
224 aa  175  4e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.76 
 
 
227 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0921  transmembrane ABC transporter protein  46.48 
 
 
217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.773713  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.05 
 
 
213 aa  173  1.9999999999999998e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.560605 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.32 
 
 
227 aa  172  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.32 
 
 
227 aa  172  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3574  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.32 
 
 
227 aa  172  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.129763 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.58 
 
 
236 aa  171  5.999999999999999e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1104  D-methionine ABC transporter, permease protein  46.23 
 
 
219 aa  170  2e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0428  ABC transporter, permease protein  46.7 
 
 
225 aa  169  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2418  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.48 
 
 
223 aa  169  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.08 
 
 
223 aa  168  7e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3537  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  50.53 
 
 
228 aa  167  8e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0228117 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0736  DL-methionine transporter permease subunit  50.93 
 
 
217 aa  167  9e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00465748  normal  0.854328 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4332  hypothetical protein  50 
 
 
224 aa  167  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.362545  normal  0.101939 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004239  methionine ABC transporter permease protein  46.15 
 
 
225 aa  167  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.54 
 
 
217 aa  166  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.302745  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.54 
 
 
217 aa  166  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0565276  normal  0.49182 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01201  hypothetical protein  46.31 
 
 
225 aa  166  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.84 
 
 
222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.918282  hitchhiker  0.000827956 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.58 
 
 
217 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000122974  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.89 
 
 
217 aa  165  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.626863  hitchhiker  0.00236834 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0130  ABC D-methionine uptake transporter, inner membrane subunit  49.52 
 
 
224 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.140263  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
223 aa  165  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.396417  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2660  ABC transporter, permease protein  50 
 
 
223 aa  165  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1548  ABC transporter permease  50 
 
 
223 aa  165  5.9999999999999996e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.52 
 
 
224 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0577553  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.3 
 
 
217 aa  164  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.291848  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1042  DL-methionine transporter permease subunit  51.21 
 
 
217 aa  163  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000294871  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3500  DL-methionine transporter permease subunit  50.72 
 
 
217 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000072704  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1095  DL-methionine transporter permease subunit  51.21 
 
 
217 aa  163  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0123731  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3406  DL-methionine transporter permease subunit  51.21 
 
 
217 aa  163  2.0000000000000002e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.139854  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.23 
 
 
222 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3754  DL-methionine transporter permease subunit  51.21 
 
 
217 aa  162  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000523808  normal  0.0802818 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.42 
 
 
217 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.77 
 
 
224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2552  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.83 
 
 
217 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.41 
 
 
221 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0846  DL-methionine transporter permease subunit  50.24 
 
 
217 aa  161  6e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000145183  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3343  DL-methionine transporter permease subunit  50.24 
 
 
217 aa  161  7e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000540247  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.23 
 
 
222 aa  160  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.85 
 
 
223 aa  160  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0268  DL-methionine transporter permease subunit  50 
 
 
217 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0674799  normal  0.269155 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0284  DL-methionine transporter permease subunit  50 
 
 
217 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00293716  normal  0.232369 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0287  DL-methionine transporter permease subunit  50 
 
 
217 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000127237  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0273  DL-methionine transporter permease subunit  50 
 
 
217 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.188598  normal  0.044434 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0268  DL-methionine transporter permease subunit  50 
 
 
217 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0411312  normal  0.568834 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1611  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.51 
 
 
222 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.07 
 
 
217 aa  159  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000293888  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0210  DL-methionine transporter permease subunit  49.07 
 
 
217 aa  159  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0147429  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0205  DL-methionine transporter permease subunit  49.07 
 
 
217 aa  159  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000266103  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3461  DL-methionine transporter permease subunit  49.07 
 
 
217 aa  159  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000136309  normal  0.862473 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0209  DL-methionine transporter permease subunit  49.07 
 
 
217 aa  159  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00265437  normal  0.578744 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>