More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004239 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_004239  methionine ABC transporter permease protein  100 
 
 
225 aa  437  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01201  hypothetical protein  95.11 
 
 
225 aa  378  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0428  ABC transporter, permease protein  88.89 
 
 
225 aa  374  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0887  D-methionine transport system permease protein MetI  87.11 
 
 
225 aa  367  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3537  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  67.54 
 
 
228 aa  269  2.9999999999999997e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0228117 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2101  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.09 
 
 
213 aa  236  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114041  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.19 
 
 
217 aa  225  5.0000000000000005e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000122974  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0130  ABC D-methionine uptake transporter, inner membrane subunit  58.53 
 
 
224 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.140263  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.94 
 
 
217 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.53 
 
 
224 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0577553  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0890  ABC transporter, permease protein  49.32 
 
 
226 aa  221  7e-57  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2000  methionine transport system permease protein  58.42 
 
 
218 aa  220  9.999999999999999e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.445077  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0196  D-methionine ABC transporter, permease protein  58.42 
 
 
218 aa  220  9.999999999999999e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4332  hypothetical protein  58.06 
 
 
224 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.362545  normal  0.101939 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
217 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.626863  hitchhiker  0.00236834 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2537  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.82 
 
 
221 aa  218  6e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567563  normal  0.226034 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.01 
 
 
217 aa  217  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0565276  normal  0.49182 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
224 aa  216  2e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000432369 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.01 
 
 
217 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.302745  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.56 
 
 
225 aa  215  5e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000286975  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2344  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.85 
 
 
221 aa  215  5.9999999999999996e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.251109  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1513  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.85 
 
 
221 aa  215  5.9999999999999996e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.05 
 
 
221 aa  214  8e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.571471  hitchhiker  0.00153184 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1771  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.77 
 
 
221 aa  214  8e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2653  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.05 
 
 
224 aa  213  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0736  DL-methionine transporter permease subunit  56.19 
 
 
217 aa  211  4.9999999999999996e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00465748  normal  0.854328 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.09 
 
 
223 aa  211  7.999999999999999e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0268  DL-methionine transporter permease subunit  55.71 
 
 
217 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0411312  normal  0.568834 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0273  DL-methionine transporter permease subunit  55.71 
 
 
217 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.188598  normal  0.044434 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.19 
 
 
217 aa  210  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.291848  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0268  DL-methionine transporter permease subunit  55.71 
 
 
217 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0674799  normal  0.269155 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0284  DL-methionine transporter permease subunit  55.71 
 
 
217 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00293716  normal  0.232369 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.45 
 
 
228 aa  211  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0287  DL-methionine transporter permease subunit  55.71 
 
 
217 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000127237  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.67 
 
 
224 aa  209  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0846  DL-methionine transporter permease subunit  56.19 
 
 
217 aa  209  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000145183  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2552  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.19 
 
 
217 aa  209  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.5 
 
 
221 aa  208  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0543007  normal  0.691436 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0921  transmembrane ABC transporter protein  58.72 
 
 
217 aa  207  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.773713  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2418  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.66 
 
 
223 aa  207  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1042  DL-methionine transporter permease subunit  55.24 
 
 
217 aa  205  4e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000294871  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3406  DL-methionine transporter permease subunit  55.24 
 
 
217 aa  205  4e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.139854  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1095  DL-methionine transporter permease subunit  55.24 
 
 
217 aa  205  4e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0123731  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08270  ABC-type metal ion transport system, permease component  54.98 
 
 
225 aa  205  5e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.154439  normal  0.55012 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0209  DL-methionine transporter permease subunit  54.76 
 
 
217 aa  204  9e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00265437  normal  0.578744 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00197  DL-methionine transporter subunit  54.29 
 
 
217 aa  203  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000504385  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.29 
 
 
217 aa  203  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000293888  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3985  DL-methionine transporter permease subunit  53.08 
 
 
217 aa  202  2e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.273342  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0205  DL-methionine transporter permease subunit  54.29 
 
 
217 aa  203  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000266103  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0210  DL-methionine transporter permease subunit  54.29 
 
 
217 aa  203  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0147429  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00196  hypothetical protein  54.29 
 
 
217 aa  203  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000400781  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3461  DL-methionine transporter permease subunit  54.29 
 
 
217 aa  203  2e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000136309  normal  0.862473 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0202  DL-methionine transporter permease subunit  54.29 
 
 
217 aa  203  2e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000439538  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0192  DL-methionine transporter permease subunit  54.29 
 
 
217 aa  202  3e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000747175  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3500  DL-methionine transporter permease subunit  53.81 
 
 
217 aa  202  4e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000072704  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3754  DL-methionine transporter permease subunit  54.9 
 
 
217 aa  201  6e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000523808  normal  0.0802818 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0877  DL-methionine transporter permease subunit  53.81 
 
 
217 aa  201  7e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000269148  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.33 
 
 
222 aa  201  8e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0940  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.94 
 
 
217 aa  201  8e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.464419  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0996  ABC methionine transporter, inner membrane subunit  56.02 
 
 
217 aa  201  8e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0936  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.94 
 
 
217 aa  201  8e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3343  DL-methionine transporter permease subunit  53.33 
 
 
217 aa  200  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000540247  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0216  D-methionine ABC transporter, permease protein  57.41 
 
 
217 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.02 
 
 
217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.260973  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0413  D-methionine ABC transporter, permease protein  57.41 
 
 
217 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4173  ABC metal ion transporter, inner membrane subunit  55.56 
 
 
217 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.325664  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2557  D-methionine ABC transporter, permease protein  57.41 
 
 
217 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0933  D-methionine ABC transporter, permease protein  57.41 
 
 
217 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1651  D-methionine ABC transporter, permease protein  56.94 
 
 
217 aa  199  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2869  D-methionine ABC transporter, permease protein  56.94 
 
 
217 aa  199  3e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2930  D-methionine ABC transporter, permease protein  56.94 
 
 
217 aa  199  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
217 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.713567  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
217 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
217 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1611  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.66 
 
 
222 aa  198  5e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.53 
 
 
222 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2979  ABC transporter, membrane permease  56.48 
 
 
217 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2366  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.56 
 
 
217 aa  196  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0812331  hitchhiker  0.00268015 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0784  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.03 
 
 
221 aa  195  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.18 
 
 
221 aa  194  7e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.13 
 
 
221 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.64 
 
 
246 aa  194  1e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0903  ABC transporter, permease protein  50.71 
 
 
221 aa  192  3e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.840539  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0962  ABC transporter, permease protein  50.71 
 
 
221 aa  192  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.496997  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.55 
 
 
221 aa  192  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167219  normal  0.0252468 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0789  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.42 
 
 
225 aa  192  3e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.61 
 
 
222 aa  192  4e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.918282  hitchhiker  0.000827956 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.94 
 
 
221 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.81 
 
 
230 aa  191  6e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.481635  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.61 
 
 
218 aa  190  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.141892  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7231  ABC transporter membrane spanning protein  51.66 
 
 
213 aa  190  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.238623  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0854  ABC methionine transporter, inner membrane subunit  51.61 
 
 
218 aa  190  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0225125  hitchhiker  0.00619599 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.86 
 
 
223 aa  190  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16990  ABC-type metal ion transport system, permease component  56.25 
 
 
217 aa  190  2e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.126358  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0859  methionine ABC transporter permease  53.11 
 
 
218 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1438  ABC transporter, permease protein  53.11 
 
 
218 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.455899  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1868  ABC transporter, permease protein  53.11 
 
 
218 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.326462  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2431  ABC metal ion transporter, inner membrane subunit  54.33 
 
 
237 aa  188  5.999999999999999e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0101713  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2175  methionine ABC transporter permease  53.11 
 
 
218 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0547  methionine ABC transporter permease  53.11 
 
 
218 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.460496  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>