More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0727 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0727  cell envelope-related transcriptional attenuator  100 
 
 		 308 aa  624  1e-178  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0775994  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0666  cell envelope-related transcriptional attenuator  37.99 
 
 		 377 aa  216  5e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3102  cell envelope-related transcriptional attenuator  39.12 
 
 		 311 aa  202  4e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1717  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.99 
 
 		 379 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0474676  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2090  transcription regulator LytR-like protein  38.49 
 
 		 437 aa  166  4e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.853394  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2378  cell envelope-related function transcriptional attenuator  39.33 
 
 		 437 aa  165  6.9999999999999995e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0983623  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2873  cell envelope-related transcriptional attenuator  39.75 
 
 		 475 aa  159  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1252  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.55 
 
 		 403 aa  150  2e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000912522  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1138  cell envelope-related transcriptional attenuator  37.71 
 
 		 481 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.441684  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3223  cell envelope-like transcriptional attenuator  37.71 
 
 		 471 aa  148  1.0000000000000001e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1109  cell envelope-related transcriptional attenuator  37.71 
 
 		 481 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1360  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.2 
 
 		 436 aa  145  1e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3582  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.21 
 
 		 492 aa  143  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2524  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.21 
 
 		 492 aa  143  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3856  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.21 
 
 		 451 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2604  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.17 
 
 		 471 aa  140  3e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.22991 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0189  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.01 
 
 		 403 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0411  cell envelope-like transcriptional attenuator  34.89 
 
 		 472 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2377  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.47 
 
 		 344 aa  136  4e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00145979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1399  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.99 
 
 		 414 aa  133  3.9999999999999996e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2953  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.08 
 
 		 502 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.873931 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2366  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.35 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000181907  unclonable  0.00000001 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1232  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.76 
 
 		 377 aa  128  1.0000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1921  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.33 
 
 		 406 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.116318  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1857  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.82 
 
 		 456 aa  127  3e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.046941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0893  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.14 
 
 		 453 aa  124  2e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.301121  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2095  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.6 
 
 		 411 aa  123  3e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0400  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.76 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000257107  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3112  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.87 
 
 		 419 aa  123  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0132049  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1572  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.48 
 
 		 384 aa  122  8e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0072424  normal  0.757675 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4120  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.41 
 
 		 445 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000955467  unclonable  0.000000000378568 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1005  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.7 
 
 		 285 aa  120  3e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1762  cell envelope-like transcriptional attenuator  31.36 
 
 		 501 aa  118  9.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.103676  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13390  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.83 
 
 		 405 aa  118  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.557039  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0961  cell envelope-related function transcriptional attenuator  30.41 
 
 		 337 aa  115  7.999999999999999e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.472241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2282  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.36 
 
 		 389 aa  114  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.072814  hitchhiker  0.000000103578 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1973  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.13 
 
 		 418 aa  114  3e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.554316  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2679  cell envelope-like transcriptional attenuator  28.81 
 
 		 503 aa  112  6e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1875  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.96 
 
 		 344 aa  112  7.000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3430  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.37 
 
 		 439 aa  112  9e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0225853  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5566  membrane-bound transcriptional regulator LytR  27.13 
 
 		 304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3735  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.62 
 
 		 383 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5306  LytR family transcription antiterminator  31.3 
 
 		 377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2090  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.95 
 
 		 417 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0125  putative transcriptional regulator  29.65 
 
 		 380 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00440963  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3243  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.63 
 
 		 335 aa  109  6e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4947  membrane-bound transcriptional regulator LytR  29.72 
 
 		 304 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0889022  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5319  transcription antiterminator, LytR family  29.13 
 
 		 374 aa  108  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5364  transcription antiterminator, LytR family  30.74 
 
 		 377 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5387  membrane-bound transcriptional regulator LytR  29.88 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4100  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.82 
 
 		 426 aa  107  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000199964  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5047  LytR family transcription antiterminator  30.74 
 
 		 375 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4877  LytR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 375 aa  107  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4892  LytR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 375 aa  107  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5432  LytR family transcription antiterminator  30.74 
 
 		 375 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5640  transcription antiterminator, LytR family  28.74 
 
 		 372 aa  106  4e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000247251 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0861  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.51 
 
 		 378 aa  106  4e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1348  Transcriptional regulator-like protein  29.63 
 
 		 505 aa  106  5e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.958942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5288  transcription antiterminator, LytR family  28.52 
 
 		 375 aa  106  5e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000327862 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2542  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.24 
 
 		 509 aa  105  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0174  transcriptional regulator  29.69 
 
 		 374 aa  105  1e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0565386  hitchhiker  0.0000000000000158467 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4992  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.83 
 
 		 374 aa  105  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2233  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.64 
 
 		 303 aa  104  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5383  membrane-bound transcriptional regulator LytR  28.23 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3272  membrane-bound transcriptional regulator LytR  27.42 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000512755  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3796  membrane-bound transcriptional regulator LytR  26.64 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000323774  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0803  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.19 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5436  membrane-bound transcriptional regulator LytR  27.78 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5058  membrane-bound transcriptional regulator LytR  27.17 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3385  membrane-bound transcriptional regulator LytR  27.82 
 
 		 313 aa  102  7e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5115  membrane-bound transcriptional regulator LytR  27.63 
 
 		 303 aa  102  8e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5506  membrane-bound transcriptional regulator LytR  27.63 
 
 		 303 aa  102  8e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00691653  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01650  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  29.09 
 
 		 512 aa  101  1e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.475151  hitchhiker  0.0000000000510123 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5355  membrane-bound transcriptional regulator LytR  26.98 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4961  membrane-bound transcriptional regulator LytR  27.24 
 
 		 303 aa  101  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0205697  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0030  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.72 
 
 		 506 aa  99.4  7e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0369  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.11 
 
 		 356 aa  99.4  8e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.117824  normal  0.3088 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3046  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.49 
 
 		 322 aa  98.6  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.634845  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0523  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.97 
 
 		 337 aa  97.1  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0131  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.38 
 
 		 353 aa  96.3  6e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.763008  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3877  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.82 
 
 		 497 aa  96.3  6e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0717  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.49 
 
 		 504 aa  95.9  8e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0100935 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0152  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.92 
 
 		 271 aa  95.1  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1540  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.66 
 
 		 328 aa  95.1  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.112437  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2056  LytR family transcription antiterminator  27.47 
 
 		 333 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00905786  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1830  LytR family transcription antiterminator  26.14 
 
 		 333 aa  94.7  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.241912  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1804  LytR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 333 aa  94.7  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00220424  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1787  LytR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 335 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2008  transcription antiterminator, LytR family  26.14 
 
 		 333 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.0610299999999994e-43 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1973  LytR family transcription antiterminator  26.14 
 
 		 333 aa  94.7  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1561  cell envelope-related transcriptional attenuator  35.94 
 
 		 387 aa  94.7  2e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2078  transcription antiterminator, LytR family  27.47 
 
 		 333 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542577  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0754  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.41 
 
 		 419 aa  94  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0493984  hitchhiker  0.0069249 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0187  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.29 
 
 		 563 aa  93.6  4e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.234515 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3352  transcription antiterminator, LytR family  26.97 
 
 		 335 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000199263  hitchhiker  0.0000000000000086496 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0932  transcriptional regulator, putative  29.57 
 
 		 329 aa  93.2  5e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1499  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.37 
 
 		 329 aa  92.8  6e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000186761  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1975  transcription antiterminator, LytR family  26.97 
 
 		 333 aa  92.4  8e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.258453  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1893  transcriptional regulator, putative  27.62 
 
 		 316 aa  91.7  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0378  transcriptional regulator  26.81 
 
 		 408 aa  91.7  1e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0016641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>