More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0623 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_0623  regulatory protein DeoR  100 
 
 		 354 aa  694    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.369416 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2682  regulatory protein DeoR  37.16 
 
 		 378 aa  199  5e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.191466  normal  0.937043 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3811  regulatory protein DeoR  35.68 
 
 		 396 aa  191  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.333022  normal  0.698925 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3563  regulatory protein DeoR  34.7 
 
 		 387 aa  186  8e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2923  regulatory protein DeoR  40.8 
 
 		 362 aa  184  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03440  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 373 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21330  transcriptional regulator  38.12 
 
 		 383 aa  171  1e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0149427  normal  0.181929 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29000  transcriptional regulator  35.85 
 
 		 377 aa  165  1.0000000000000001e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4061  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  33.61 
 
 		 361 aa  157  3e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2252  Transcriptional regulators-like protein  34.43 
 
 		 364 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1699  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 392 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.173754  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  32.78 
 
 		 342 aa  91.3  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2737  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  26.45 
 
 		 364 aa  91.7  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  39.11 
 
 		 357 aa  89.4  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  30.11 
 
 		 340 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  33.46 
 
 		 343 aa  88.6  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  35.61 
 
 		 343 aa  87.4  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  35.61 
 
 		 343 aa  87.4  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  29.5 
 
 		 340 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  35.29 
 
 		 343 aa  85.9  9e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  35.29 
 
 		 343 aa  85.9  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  35.29 
 
 		 343 aa  85.9  9e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  35.29 
 
 		 343 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  29.5 
 
 		 340 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  30.1 
 
 		 347 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  34.16 
 
 		 346 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  30.22 
 
 		 339 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  30.56 
 
 		 343 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1220  transcriptional regulator, LacI family  28.35 
 
 		 376 aa  84  0.000000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.485348 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  35.96 
 
 		 343 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  27.24 
 
 		 347 aa  83.2  0.000000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28850  transcriptional regulator  35.68 
 
 		 330 aa  82.8  0.000000000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0929063  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3939  LacI family transcription regulator  29.62 
 
 		 354 aa  82.8  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  29.75 
 
 		 337 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0128  transcriptional regulator, LacI family  34.48 
 
 		 340 aa  82  0.00000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.531775 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  29.39 
 
 		 337 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  33.5 
 
 		 346 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1502  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.95 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.725302 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  27.82 
 
 		 341 aa  81.6  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5674  LacI family transcription regulator  26.94 
 
 		 347 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  30.82 
 
 		 340 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  35.47 
 
 		 343 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  35.47 
 
 		 343 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  35.47 
 
 		 343 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  30.8 
 
 		 353 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  25.48 
 
 		 333 aa  80.5  0.00000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  28.07 
 
 		 361 aa  80.5  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  32.97 
 
 		 391 aa  79.7  0.00000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1376  alanine racemase  34.63 
 
 		 339 aa  79.7  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  23.4 
 
 		 337 aa  78.6  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  26.01 
 
 		 336 aa  79  0.0000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0926  putative transcriptional regulator  30.55 
 
 		 339 aa  78.6  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.133438  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2751  transcriptional regulator, LacI family  31.43 
 
 		 335 aa  79  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.360192  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0984  transcriptional regulator, putative  30.55 
 
 		 339 aa  78.6  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.879842  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  35.35 
 
 		 341 aa  78.2  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3140  transcriptional regulator, LacI family  31.71 
 
 		 344 aa  77.8  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.636128 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2581  LacI family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 331 aa  78.2  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  28.32 
 
 		 346 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0746  LacI family transcription regulator  31.8 
 
 		 360 aa  77.8  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000506865 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  34.85 
 
 		 349 aa  77.4  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1631  LacI family transcription regulator  32.55 
 
 		 381 aa  77.4  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.213128  normal  0.697087 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3040  transcriptional regulator, LacI family  30.92 
 
 		 339 aa  77.4  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.06 
 
 		 337 aa  77.4  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  24.73 
 
 		 334 aa  76.6  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  28.22 
 
 		 346 aa  76.3  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  30.07 
 
 		 338 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5195  transcriptional regulator LacI family  28.26 
 
 		 358 aa  75.9  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  29.29 
 
 		 333 aa  75.9  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  35.11 
 
 		 352 aa  75.5  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0461  transcriptional regulator, LacI family  31.68 
 
 		 353 aa  75.9  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.686839  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0696  transcriptional regulator, LacI family  32.6 
 
 		 357 aa  75.9  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.477401 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01670  transcriptional regulator  30.04 
 
 		 348 aa  75.9  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  28.17 
 
 		 353 aa  75.9  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0834  LacI family transcription regulator  35.92 
 
 		 347 aa  75.1  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1686  LacI family transcription regulator  31.69 
 
 		 356 aa  74.7  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.155219 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  25.89 
 
 		 336 aa  75.1  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3586  transcriptional regulator, LacI family  29.23 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0256  regulatory protein, LacI  25.11 
 
 		 332 aa  75.1  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0262  regulatory protein LacI  25.11 
 
 		 332 aa  75.1  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  25.63 
 
 		 330 aa  75.1  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1606  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.3 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.24 
 
 		 335 aa  73.9  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0366  transcriptional regulator, LacI family  31.46 
 
 		 344 aa  73.6  0.000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33130  transcriptional regulator, LacI family  30.2 
 
 		 361 aa  73.2  0.000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.260263  normal  0.79569 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0181  transcriptional regulator, LacI family  31.32 
 
 		 341 aa  73.2  0.000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000844091 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4766  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.88 
 
 		 336 aa  73.2  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3482  Alanine racemase  31.03 
 
 		 359 aa  73.2  0.000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0777863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  34.39 
 
 		 344 aa  73.2  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0764  transcriptional regulator, LacI family  32.4 
 
 		 345 aa  72.8  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0795  LacI family transcription regulator  29.73 
 
 		 336 aa  72.8  0.000000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1882  LacI family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 343 aa  72.8  0.000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.711539 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  32.32 
 
 		 338 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  28.14 
 
 		 336 aa  72.4  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  31.38 
 
 		 332 aa  72.4  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2846  LacI family transcription regulator  35.62 
 
 		 326 aa  72.4  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  27.05 
 
 		 341 aa  72  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0186  transcriptional regulator, LacI family  29.95 
 
 		 330 aa  72  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3792  transcriptional regulator LacI family  32.31 
 
 		 341 aa  72  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.190437  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1687  LacI family transcription regulator  28.31 
 
 		 360 aa  71.2  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.142395 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3252  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 351 aa  72  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>