More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_03440 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_03440  transcriptional regulator  100 
 
 		 373 aa  709    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2923  regulatory protein DeoR  44.2 
 
 		 362 aa  195  9e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21330  transcriptional regulator  41.51 
 
 		 383 aa  193  4e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0149427  normal  0.181929 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2682  regulatory protein DeoR  38.12 
 
 		 378 aa  191  1e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.191466  normal  0.937043 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4061  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  37.96 
 
 		 361 aa  188  1e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3563  regulatory protein DeoR  37.05 
 
 		 387 aa  186  5e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2252  Transcriptional regulators-like protein  42.33 
 
 		 364 aa  186  6e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0623  regulatory protein DeoR  36.59 
 
 		 354 aa  182  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.369416 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3811  regulatory protein DeoR  38.89 
 
 		 396 aa  182  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.333022  normal  0.698925 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1699  GntR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 392 aa  154  2e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.173754  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29000  transcriptional regulator  37.64 
 
 		 377 aa  148  2.0000000000000003e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  35.02 
 
 		 361 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2737  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  25.99 
 
 		 364 aa  98.6  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0226  GntR family transcriptional regulator  22.1 
 
 		 362 aa  94.7  2e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  30.9 
 
 		 340 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.3 
 
 		 338 aa  94.4  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15050  regulatory protein GntR HTH  23.08 
 
 		 368 aa  92.8  8e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.34825  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  32.88 
 
 		 342 aa  90.9  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  26.6 
 
 		 342 aa  90.9  3e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1376  alanine racemase  29.89 
 
 		 339 aa  90.5  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0926  putative transcriptional regulator  29.6 
 
 		 339 aa  89.7  7e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.133438  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  29.14 
 
 		 343 aa  89.7  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  30.9 
 
 		 340 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3470  regulatory protein GntR HTH  23.88 
 
 		 364 aa  89  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000106127  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0984  transcriptional regulator, putative  29.6 
 
 		 339 aa  89  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.879842  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  28.71 
 
 		 343 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  28.71 
 
 		 343 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  28.71 
 
 		 343 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  29 
 
 		 343 aa  89  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  29 
 
 		 343 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  30.85 
 
 		 357 aa  88.2  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  30.27 
 
 		 353 aa  87.4  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1012  regulatory protein GntR, HTH  22.32 
 
 		 342 aa  87.8  3e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  29 
 
 		 343 aa  87  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  30.56 
 
 		 340 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  26.92 
 
 		 336 aa  86.7  6e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0363  LacI family transcription regulator  30.46 
 
 		 360 aa  86.7  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  29 
 
 		 343 aa  85.9  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  29 
 
 		 343 aa  85.9  9e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  29 
 
 		 343 aa  85.9  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  31.48 
 
 		 340 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  27.31 
 
 		 347 aa  85.1  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  28.06 
 
 		 343 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  28.06 
 
 		 343 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2581  LacI family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 331 aa  85.1  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1756  transcriptional regulator, LacI family  33.88 
 
 		 357 aa  85.5  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  26.13 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  30.89 
 
 		 391 aa  84  0.000000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.84 
 
 		 341 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.84 
 
 		 343 aa  83.6  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  26.84 
 
 		 341 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2646  transcriptional regulator, LacI family  30.77 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5610  transcriptional regulator, LacI family  32.58 
 
 		 352 aa  83.6  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.339749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.84 
 
 		 341 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.84 
 
 		 341 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.84 
 
 		 341 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2901  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  23.46 
 
 		 375 aa  83.6  0.000000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.812562  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.84 
 
 		 343 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  26.84 
 
 		 341 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.84 
 
 		 330 aa  83.6  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2905  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  23.1 
 
 		 372 aa  83.2  0.000000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.532427  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0851  GntR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 359 aa  83.2  0.000000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0546465  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0301  regulatory protein GntR HTH  23.93 
 
 		 353 aa  82.8  0.000000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.814124  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  26.56 
 
 		 335 aa  82.4  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  29.04 
 
 		 337 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  25.15 
 
 		 337 aa  81.3  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6530  transcriptional regulator, LacI family  29.58 
 
 		 352 aa  81.3  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00751965 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.09 
 
 		 341 aa  80.9  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3537  transcriptional regulator, LacI family  27.97 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.234016 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2764  alanine racemase  26.88 
 
 		 340 aa  80.5  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0923309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  24.07 
 
 		 333 aa  80.5  0.00000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  28.73 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2846  LacI family transcription regulator  30.82 
 
 		 326 aa  79.7  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  27.39 
 
 		 346 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.42 
 
 		 335 aa  79.3  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0274  alanine racemase  26.83 
 
 		 340 aa  79  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  26.53 
 
 		 333 aa  78.2  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3351  LacI family transcription regulator  29.89 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.428373  decreased coverage  0.0034898 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.37 
 
 		 335 aa  78.6  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.14 
 
 		 337 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3350  LacI family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 364 aa  77.8  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  27.41 
 
 		 333 aa  77.8  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.41 
 
 		 333 aa  77.8  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  26.74 
 
 		 334 aa  77.8  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  26.55 
 
 		 342 aa  77.4  0.0000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.3 
 
 		 341 aa  77.4  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.3 
 
 		 341 aa  77.4  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.3 
 
 		 341 aa  77.4  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.3 
 
 		 341 aa  77.4  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.3 
 
 		 341 aa  77.4  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  28.89 
 
 		 337 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1502  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.54 
 
 		 323 aa  77  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.725302 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  28.39 
 
 		 348 aa  76.6  0.0000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0272  LacI family transcription regulator  31.3 
 
 		 365 aa  76.6  0.0000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.419733  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  26.56 
 
 		 346 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0128  transcriptional regulator, LacI family  29.28 
 
 		 340 aa  76.3  0.0000000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.531775 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  27.21 
 
 		 332 aa  75.9  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.11 
 
 		 328 aa  75.9  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2735  transcriptional regulator, LacI family  31.85 
 
 		 350 aa  75.5  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.58885  normal  0.671284 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0146  LacI family transcription regulator  24.59 
 
 		 335 aa  74.7  0.000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>