132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A3121 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A3121  putative type III secretion system innermembrane protein, HcrT/YscT-like  100 
 
 
265 aa  526  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000139463  hitchhiker  0.00260943 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5210  type III secretion system inner membrane R protein  59.05 
 
 
241 aa  243  3e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.420892  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4220  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  32.2 
 
 
269 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0190073  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4742  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  32.2 
 
 
269 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.795706 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0872  Hrp conserved HRCT transmembrane protein  26.11 
 
 
282 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.224699  hitchhiker  0.00958817 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3749  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  31.4 
 
 
270 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.514144  normal  0.0208478 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2290  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  26.8 
 
 
322 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.239315  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2208  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  26.8 
 
 
322 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.674997  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1639  putative type III secretion inner membrane protein SctT  26.8 
 
 
334 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.895594  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1944  putative type III secretion inner membrane protein SctT  26.8 
 
 
328 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0624  putative type III secretion inner membrane protein SctT  26.8 
 
 
364 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.271197  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3016  type III secretion apparatus protein EpaR  27.14 
 
 
255 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000240675  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0848  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  27.14 
 
 
255 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.669729  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0688  SctT  26 
 
 
531 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.833755  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5439  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  30.81 
 
 
269 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.507551  normal  0.0986241 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3521  Type III secretion protein SpaR/YscT  30.81 
 
 
269 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.137102  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4845  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  30.81 
 
 
269 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000112612  normal  0.815296 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0420  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  25.63 
 
 
272 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0472416  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31040  flagellar biosynthetic protein FliR  29.7 
 
 
252 aa  64.7  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.567657  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0455  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  26.9 
 
 
284 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.170011  normal  0.0448845 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1988  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  25.63 
 
 
272 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1895  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  25.63 
 
 
272 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.515047  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0048  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  29.05 
 
 
266 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0742  type III secretion inner membrane protein SctT, putative  24.67 
 
 
330 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.588994  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5849  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  26.47 
 
 
268 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1668  flagellar biosynthetic protein FliR  34.51 
 
 
274 aa  63.9  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0291924  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5632  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  26.47 
 
 
268 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.030124 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2009  flagellar biosynthetic protein FliR  31.29 
 
 
253 aa  63.2  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1517  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  26.71 
 
 
259 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0297433  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1753  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  26.71 
 
 
259 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334723  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1531  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  26.71 
 
 
259 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.687941  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1554  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  26.71 
 
 
259 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.894087  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1922  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  26.71 
 
 
259 aa  60.1  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0419217  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3182  type III secretion apparatus protein EpaR  25.89 
 
 
255 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0373  flagellar biosynthetic fliR transmembrane protein  28.37 
 
 
262 aa  58.9  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2413  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  29.03 
 
 
278 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1974  flagellar biosynthetic protein FliR  31.21 
 
 
258 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0533447  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3442  flagellar biosynthesis protein FliR  31.21 
 
 
261 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.65432 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1396  flagellar biosynthetic protein FliR  29.41 
 
 
257 aa  57.4  0.0000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3442  flagellar biosynthetic protein FliR  24.57 
 
 
264 aa  56.6  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2394  flagellar biosynthesis protein FliR  27.98 
 
 
255 aa  56.6  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3682  flagellar biosynthetic protein FliR  31.03 
 
 
262 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0756404  normal  0.879793 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4759  flagellar biosynthetic protein FliR  31.03 
 
 
262 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0696365  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0838  type III secretion system protein BsaY  32.45 
 
 
251 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1534  type III secretion system protein BsaY  30.67 
 
 
256 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0660694  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0575  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  30.67 
 
 
251 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.418662  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0586  flagellar biosynthetic protein FliR  27.78 
 
 
260 aa  55.1  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2070  type III secretion system protein BsaY  30.67 
 
 
247 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2165  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  30.67 
 
 
247 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2077  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  30.67 
 
 
247 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0750  type III secretion system protein BsaY  30.67 
 
 
247 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.175102  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0189  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  23.92 
 
 
245 aa  54.7  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3010  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  29.29 
 
 
271 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.100088  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1411  flagellar biosynthetic protein FliR  24.86 
 
 
257 aa  54.3  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.844633  normal  0.465726 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5073  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  22.13 
 
 
258 aa  53.5  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.908743  normal  0.0268532 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00968  flagellar biosynthetic protein FliR  30.22 
 
 
257 aa  53.1  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109707  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06198  flagellar biosynthetic protein FliR  30.22 
 
 
257 aa  53.1  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.305081  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0085  flagellar biosynthetic protein FliR  30.5 
 
 
257 aa  52.8  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.402163 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1206  type III secretion protein HrcT  30.43 
 
 
264 aa  52  0.000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.479816 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2974  flagellar biosynthetic protein FliR  28.44 
 
 
252 aa  52  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2810  flagellar biosynthesis protein FliR  26.95 
 
 
258 aa  52  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.47893  normal  0.0490399 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3812  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  26.17 
 
 
264 aa  51.6  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3927  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  26.17 
 
 
264 aa  51.6  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3900  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  26.17 
 
 
264 aa  52  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.772614  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2912  flagellar biosynthetic protein FliR  28.19 
 
 
265 aa  51.2  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.219958  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01724  Type III secretory pathway, component EscT  21.35 
 
 
260 aa  50.8  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4353  flagellar biosynthesis protein FliR  27.66 
 
 
258 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.923206  normal  0.179069 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1164  flagellar biosynthetic protein FliR  24.77 
 
 
258 aa  50.4  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3915  flagellar biosynthesis protein FliR  27.66 
 
 
258 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.834588  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003360  type III secretion protein SpaR  26.01 
 
 
241 aa  50.1  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1976  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  24.53 
 
 
266 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5493  flagellar biosynthesis protein FliR  25.66 
 
 
255 aa  50.1  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209401  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3679  flagellar biosynthesis protein FliR  27.66 
 
 
258 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0271988  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4646  flagellar biosynthetic protein FliR  30 
 
 
265 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.225853  normal  0.627037 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0742  flagellar biosynthetic protein FliR  26.47 
 
 
247 aa  49.7  0.00005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.42269  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1513  flagellar biosynthesis protein FliR  27.66 
 
 
258 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.859445  normal  0.0902161 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1128  flagellar biosynthesis protein FliR  25 
 
 
257 aa  49.3  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1393  type III secretion protein HrcT  31.73 
 
 
264 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4065  type III secretion system inner membrane R protein  27.15 
 
 
334 aa  48.9  0.00009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0859  type III secretion system inner membrane R protein  28.1 
 
 
259 aa  48.5  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.213878  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3483  flagellar biosynthetic protein FliR  25.15 
 
 
259 aa  48.1  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5151  flagellar biosynthetic protein FliR  28.65 
 
 
252 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5941  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  31.08 
 
 
269 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.420279  normal  0.0376656 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0112  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  28.82 
 
 
271 aa  47.8  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.304079  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2033  flagellar biosynthesis protein FliR  17.37 
 
 
265 aa  47.8  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.468794  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0702  flagellar biosynthesis protein FliR  22.94 
 
 
255 aa  47.8  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.310236  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2280  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  23.9 
 
 
266 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.102149  normal  0.65037 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0047  type III secretion apparatus protein YscT  26.35 
 
 
261 aa  47.4  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000121402  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0704  flagellar biosynthetic protein FliR  25.89 
 
 
259 aa  47.4  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0720093  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03394  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  22.22 
 
 
276 aa  47.8  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0378  flagellar biosynthetic protein FliR  27.56 
 
 
261 aa  47  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2170  flagellar biosynthetic protein FliR  27.15 
 
 
261 aa  47  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0741  flagellar biosynthetic protein FliR  25.35 
 
 
253 aa  47  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2260  type III secretion system inner membrane R protein  30.53 
 
 
239 aa  47  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.311436  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001178  flagellar biosynthesis protein FliR  28.31 
 
 
258 aa  46.6  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.795861  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1408  type III secretion system inner membrane R protein  27.81 
 
 
258 aa  46.6  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0091  flagellar biosynthetic protein FliR  26.95 
 
 
259 aa  46.6  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0241  flagellar biosynthetic protein FliR  25.89 
 
 
259 aa  46.6  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.306618  normal  0.0171126 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0425  flagellar biosynthesis protein FliR  25.77 
 
 
264 aa  46.6  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0042  type III secretion system inner membrane R protein  26.49 
 
 
261 aa  46.6  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>