256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0042 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0042  type III secretion system inner membrane R protein  100 
 
 		 261 aa  508  1e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3288  flagellar biosynthetic protein FliR  30.33 
 
 		 265 aa  98.2  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3442  flagellar biosynthetic protein FliR  32.41 
 
 		 264 aa  92.4  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0425  flagellar biosynthesis protein FliR  31 
 
 		 264 aa  90.9  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2155  flagellar biosynthetic protein FliR  31.93 
 
 		 260 aa  84.7  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.71741  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0763  flagellar biosynthetic protein FliR  29.15 
 
 		 258 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2033  flagellar biosynthesis protein FliR  31.69 
 
 		 265 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.468794  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3095  flagellar biosynthesis protein FliR  28.76 
 
 		 264 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4197  flagellar biosynthetic protein FliR  33.54 
 
 		 261 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3773  flagellar biosynthesis protein FliR  31.58 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0733885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1612  flagellar biosynthesis protein FliR  31.03 
 
 		 262 aa  81.3  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0247066 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0483  flagellar biosynthesis protein FliR  30.36 
 
 		 261 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0146503  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1136  flagellar biosynthesis protein FliR  29.78 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5493  flagellar biosynthesis protein FliR  29.74 
 
 		 255 aa  80.1  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4407  flagellar biosynthesis protein FliR  30.13 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.605024  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1697  flagellar biosynthesis protein FliR  30.26 
 
 		 255 aa  79  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.960297  normal  0.708349 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3442  flagellar biosynthesis protein FliR  25.34 
 
 		 261 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.65432 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1411  flagellar biosynthetic protein FliR  29.24 
 
 		 257 aa  77.4  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.844633  normal  0.465726 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3906  flagellar biosynthetic protein FliR  26.13 
 
 		 261 aa  77  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00325261 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1974  flagellar biosynthetic protein FliR  26.34 
 
 		 258 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0533447  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0702  flagellar biosynthesis protein FliR  27.14 
 
 		 255 aa  73.9  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.310236  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1751  flagellar biosynthetic protein fliR  25.95 
 
 		 256 aa  73.6  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0788  flagellar biosynthesis protein FliR  29.37 
 
 		 255 aa  73.9  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000389137  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1170  flagellar biosynthetic protein FliR  26.47 
 
 		 253 aa  73.6  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.113223 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2822  flagellar biosynthesis protein FliR  28.89 
 
 		 253 aa  73.2  0.000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.104106  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0761  flagellar biosynthesis protein FliR  26.7 
 
 		 260 aa  72.8  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.272612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2394  flagellar biosynthesis protein FliR  31.03 
 
 		 255 aa  72.8  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1294  flagellar biosynthesis protein FliR  25.12 
 
 		 265 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.755718  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1751  flagellar biosynthetic protein fliR  25.41 
 
 		 256 aa  72  0.000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0284  flagellar biosynthesis protein FliR  25.79 
 
 		 250 aa  72  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04965  flagellar biosynthesis pathway, component FliR  27.09 
 
 		 258 aa  71.6  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1361  flagellar biosynthesis protein FliR  24.88 
 
 		 265 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.837405 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1354  flagellar biosynthesis protein FliR  24.88 
 
 		 265 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.541538  normal  0.208053 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1514  flagellar biosynthesis protein FliR  24.8 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3915  flagellar biosynthesis protein FliR  25.76 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.834588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02875  flagellar biosynthesis protein FliR  23.53 
 
 		 259 aa  70.5  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1513  flagellar biosynthesis protein FliR  26.26 
 
 		 258 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.859445  normal  0.0902161 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3822  flagellar biosynthetic protein FliR  28.47 
 
 		 261 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24110  flagellar biosynthetic protein  27.17 
 
 		 264 aa  69.7  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.253106  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3216  flagellar biosynthesis protein FliR  24.4 
 
 		 265 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0773  flagellar biosynthesis protein FliR  26.27 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0562  flagellar biosynthetic protein FliR  29.21 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.949104  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1128  flagellar biosynthesis protein FliR  31.91 
 
 		 257 aa  69.3  0.00000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2170  flagellar biosynthetic protein FliR  25.61 
 
 		 261 aa  69.3  0.00000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1521  flagellar biosynthesis protein FliR  27.63 
 
 		 256 aa  69.3  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0686482  normal  0.256495 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3056  flagellar biosynthesis protein FliR  24.64 
 
 		 265 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.394206 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2924  flagellar biosynthesis protein FliR  24.64 
 
 		 265 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1449  flagellar biosynthesis protein FliR  24.64 
 
 		 265 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.22312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2914  flagellar biosynthesis protein FliR  24.64 
 
 		 265 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.401935  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1396  flagellar biosynthesis protein FliR  30.11 
 
 		 256 aa  68.9  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.401205  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1675  flagellar biosynthesis protein FliR  26.38 
 
 		 260 aa  68.6  0.00000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4353  flagellar biosynthesis protein FliR  25.25 
 
 		 258 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.923206  normal  0.179069 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002827  flagellar biosynthesis protein FliR  27.42 
 
 		 260 aa  68.6  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2260  type III secretion system inner membrane R protein  24.02 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.311436  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0215  flagellar biosynthetic protein FliR  24.65 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.598232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2810  flagellar biosynthesis protein FliR  25.89 
 
 		 258 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.47893  normal  0.0490399 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2564  flagellar biosynthesis protein FliR  24.41 
 
 		 265 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4185  flagellar biosynthesis protein FliR  27.31 
 
 		 255 aa  68.2  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4383  flagellar biosynthetic protein FliR  29.48 
 
 		 247 aa  68.2  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1357  flagellar biosynthetic protein FliR  26.88 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.811405  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001178  flagellar biosynthesis protein FliR  26.29 
 
 		 258 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.795861  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03149  flagellar biosynthesis protein FliR  26.34 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2160  flagellar biosynthesis protein FliR  30.06 
 
 		 236 aa  67  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003360  type III secretion protein SpaR  26.32 
 
 		 241 aa  67  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1131  flagellar biosynthesis protein FliR  26.43 
 
 		 255 aa  66.6  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.715022  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4136  flagellar biosynthetic protein FliR  27.04 
 
 		 260 aa  66.2  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.140259  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16700  flagellar biosynthetic protein FliR  31.25 
 
 		 259 aa  66.6  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.794978  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3035  flagellar biosynthesis protein FliR  26.06 
 
 		 259 aa  66.2  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1517  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  30.86 
 
 		 259 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0297433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1753  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  30.86 
 
 		 259 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334723  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0378  flagellar biosynthesis protein FliR  24.46 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1373  flagellar biosynthesis protein FliR  24.89 
 
 		 266 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5879  flagellar biosynthesis protein FliR  27.43 
 
 		 261 aa  65.9  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.250463  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1551  flagellar biosynthesis protein FliR  27.23 
 
 		 261 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00272266  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2697  flagellar biosynthetic protein FliR  27.48 
 
 		 255 aa  65.9  0.0000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.838221  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1967  flagellar biosynthetic protein FliR  26.34 
 
 		 261 aa  65.5  0.0000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0085  flagellar biosynthetic protein FliR  22.6 
 
 		 257 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.402163 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01724  Type III secretory pathway, component EscT  23.6 
 
 		 260 aa  65.5  0.0000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0065  flagellar protein FliR  27.46 
 
 		 269 aa  64.7  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0091  flagellar biosynthetic protein FliR  23.24 
 
 		 259 aa  65.1  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1554  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  30.86 
 
 		 259 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.894087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3069  flagellar biosynthetic protein FliR  30.06 
 
 		 247 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.159103  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3679  flagellar biosynthesis protein FliR  25.57 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0271988  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1531  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  30.86 
 
 		 259 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.687941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1922  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  30.86 
 
 		 259 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0419217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1700  flagellar biosynthetic protein FliR  27.46 
 
 		 269 aa  64.7  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000123329 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1396  flagellar biosynthetic protein FliR  26.67 
 
 		 257 aa  64.3  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0409  flagellar biosynthetic protein FliR  26.96 
 
 		 257 aa  64.3  0.000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3795  flagellar biosynthetic protein FliR  30.06 
 
 		 256 aa  64.7  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1333  flagellar biosynthetic protein FliR  27.15 
 
 		 257 aa  64.3  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.762927  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0346  flagellar biosynthesis protein FliR  24.89 
 
 		 250 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.233596  normal  0.715402 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45740  flagellar biosynthesis protein FliR  26.18 
 
 		 258 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0271  flagellar biosynthesis protein FliR  28.96 
 
 		 248 aa  63.2  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.130948  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1982  flagellar biosynthesis protein FliR  23.35 
 
 		 261 aa  63.2  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.345887  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0482  flagellar biosynthetic protein FliR  24.41 
 
 		 263 aa  63.2  0.000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2912  flagellar biosynthetic protein FliR  27.01 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.219958  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0047  type III secretion apparatus protein YscT  26.4 
 
 		 261 aa  63.2  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000121402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2541  flagellar biosynthesis protein FliR  24.9 
 
 		 264 aa  62.8  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00342215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0035  flagellar biosynthetic protein FliR  24.22 
 
 		 260 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1258  flagellar biosynthesis protein FliR  25.63 
 
 		 253 aa  61.2  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0798452  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>