96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3960 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3960  Monosaccharide-transporting ATPase  100 
 
 
334 aa  684    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3008  Monosaccharide-transporting ATPase  88.92 
 
 
334 aa  611  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2598  Monosaccharide-transporting ATPase  88.92 
 
 
334 aa  610  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4217  monosaccharide-transporting ATPase  88.62 
 
 
334 aa  597  1e-170  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.40732  normal  0.891617 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4588  monosaccharide-transporting ATPase  84.68 
 
 
337 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00136885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5218  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  84.68 
 
 
337 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.655729  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5641  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  84.68 
 
 
337 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0361301  normal  0.106863 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0044  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  84.08 
 
 
337 aa  586  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3206  monosaccharide-transporting ATPase  86.98 
 
 
334 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.714787  normal  0.152598 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5476  monosaccharide-transporting ATPase  83.83 
 
 
334 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0463972 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4921  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  83.83 
 
 
334 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.768223 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1628  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  84.31 
 
 
340 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.190381  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1019  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  62.35 
 
 
335 aa  437  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.642553  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2587  Monosaccharide-transporting ATPase  52.12 
 
 
334 aa  342  5e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2997  Monosaccharide-transporting ATPase  51.82 
 
 
334 aa  341  8e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.175655  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0546  monosaccharide-transporting ATPase  51.07 
 
 
331 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.059898  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.07 
 
 
331 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.391972  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3703  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  52.29 
 
 
331 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.639634 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3477  Monosaccharide-transporting ATPase  52.34 
 
 
327 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0589  monosaccharide-transporting ATPase  51.07 
 
 
331 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.232897  normal  0.0445099 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.76 
 
 
331 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.272283  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0138  twin-arginine translocation pathway signal  50.76 
 
 
331 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241544  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3765  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.02 
 
 
327 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216228  normal  0.775581 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0546  ABC sugar(arabinose) transporter, periplasmic ligand binding protein  50.46 
 
 
332 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0344202  normal  0.44726 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2758  L-arabinose ABC transporter periplasmic-binding protein  50.9 
 
 
331 aa  336  2.9999999999999997e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630408  normal  0.800518 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3411  Monosaccharide-transporting ATPase  50.76 
 
 
332 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0390819  normal  0.170943 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2764  monosaccharide-transporting ATPase  50.46 
 
 
331 aa  334  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.394894 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3484  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  52.65 
 
 
331 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.684575  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3299  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  52.65 
 
 
331 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0406  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  52.65 
 
 
331 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2486  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  52.65 
 
 
331 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3486  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  52.65 
 
 
331 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1266  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  52.65 
 
 
331 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3448  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  52.65 
 
 
331 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1179  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  52.32 
 
 
335 aa  332  8e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3600  monosaccharide-transporting ATPase  51.38 
 
 
327 aa  328  7e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2615  monosaccharide-transporting ATPase  50.81 
 
 
332 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3777  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.8 
 
 
330 aa  312  4.999999999999999e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.644601  normal  0.597534 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1789  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.55 
 
 
331 aa  309  4e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.47034  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0214  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  48.34 
 
 
456 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.532172  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1057  putative periplasmic sugar-binding protein  48.34 
 
 
333 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.488674  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1214  putative periplasmic sugar-binding protein  48.34 
 
 
333 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1627  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  48.34 
 
 
333 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.569362  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1714  L-arabinose-binding periplasmic protein  48.34 
 
 
333 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0371  putative periplasmic sugar-binding protein  48.34 
 
 
333 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0046  putative periplasmic sugar-binding protein  48.34 
 
 
333 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.717864  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1196  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  48.01 
 
 
333 aa  300  3e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.155666  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1912  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.44 
 
 
327 aa  290  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2637  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  45.99 
 
 
329 aa  285  9e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000871652 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1734  monosaccharide-transporting ATPase  45.99 
 
 
329 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.783762 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1285  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  45.99 
 
 
329 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0482207  hitchhiker  0.00000138898 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01869  L-arabinose transporter subunit  45.99 
 
 
329 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.143024  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2132  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  45.99 
 
 
329 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00117464  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1997  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  45.99 
 
 
329 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00288662  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1742  Monosaccharide-transporting ATPase  45.99 
 
 
329 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.487488  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01858  hypothetical protein  45.99 
 
 
329 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.128061  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1025  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  45.99 
 
 
329 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.636508  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2149  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.2 
 
 
327 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2476  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.91 
 
 
329 aa  281  9e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1999  monosaccharide-transporting ATPase  45.2 
 
 
327 aa  281  1e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2261  L-arabinose ABC transporter periplasmic-binding protein  45.2 
 
 
327 aa  281  1e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1885  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  45.2 
 
 
327 aa  281  1e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279994  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.89 
 
 
327 aa  280  2e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2329  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.2 
 
 
327 aa  280  2e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.702527  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2245  monosaccharide-transporting ATPase  44.14 
 
 
327 aa  271  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000240134 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4141  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.17 
 
 
334 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2371  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.92 
 
 
337 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129907  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2638  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  41.37 
 
 
337 aa  235  6e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000797967  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5010  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.49 
 
 
347 aa  109  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.152302  normal  0.953446 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
328 aa  51.2  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3000  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.55 
 
 
312 aa  47.8  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.434934  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.44 
 
 
312 aa  47  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  24.32 
 
 
296 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  24.32 
 
 
296 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  24.32 
 
 
296 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  24.32 
 
 
296 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  24.32 
 
 
296 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  26.36 
 
 
296 aa  45.8  0.0009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  24.32 
 
 
296 aa  45.4  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  24.23 
 
 
296 aa  45.4  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1874  ribose ABC transporter periplasmic ribose-binding protein  23.72 
 
 
309 aa  45.4  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433268 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  21.17 
 
 
299 aa  45.4  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  24.51 
 
 
294 aa  45.8  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  24.51 
 
 
294 aa  45.8  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2973  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  23.72 
 
 
309 aa  45.4  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4189  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.78 
 
 
343 aa  45.4  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3045  monosaccharide-transporting ATPase  23.72 
 
 
309 aa  45.4  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3592  monosaccharide-transporting ATPase  25.17 
 
 
342 aa  44.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.986121 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1337  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.75 
 
 
312 aa  45.1  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2605  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.36 
 
 
346 aa  44.3  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  23.55 
 
 
296 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  23.55 
 
 
296 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  23.55 
 
 
296 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  23.55 
 
 
296 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3598  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.78 
 
 
374 aa  43.1  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.972874  normal  0.0698361 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  23.17 
 
 
296 aa  42.7  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>