74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2598 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3008  Monosaccharide-transporting ATPase  97.9 
 
 		 334 aa  669    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2598  Monosaccharide-transporting ATPase  100 
 
 		 334 aa  682    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3960  Monosaccharide-transporting ATPase  88.92 
 
 		 334 aa  595  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5218  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  84.24 
 
 		 337 aa  578  1e-164  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.655729  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4588  monosaccharide-transporting ATPase  84.24 
 
 		 337 aa  578  1e-164  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136885 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5641  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  84.24 
 
 		 337 aa  578  1e-164  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0361301  normal  0.106863 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4217  monosaccharide-transporting ATPase  85.93 
 
 		 334 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.40732  normal  0.891617 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1628  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  85.54 
 
 		 340 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.190381  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0044  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  82.73 
 
 		 337 aa  567  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3206  monosaccharide-transporting ATPase  85.49 
 
 		 334 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.714787  normal  0.152598 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5476  monosaccharide-transporting ATPase  83.53 
 
 		 334 aa  558  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0463972 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4921  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  83.53 
 
 		 334 aa  558  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.768223 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1019  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  62.31 
 
 		 335 aa  429  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.642553  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3765  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53.64 
 
 		 327 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216228  normal  0.775581 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3477  Monosaccharide-transporting ATPase  53.33 
 
 		 327 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2997  Monosaccharide-transporting ATPase  51.64 
 
 		 334 aa  339  4e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.175655  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2587  Monosaccharide-transporting ATPase  51.79 
 
 		 334 aa  338  7e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2758  L-arabinose ABC transporter periplasmic-binding protein  51.37 
 
 		 331 aa  338  9e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630408  normal  0.800518 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3600  monosaccharide-transporting ATPase  51.52 
 
 		 327 aa  332  7.000000000000001e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.12 
 
 		 331 aa  330  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.391972  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0546  monosaccharide-transporting ATPase  52.12 
 
 		 331 aa  330  1e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.059898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3703  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  51.96 
 
 		 331 aa  328  6e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.639634 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0589  monosaccharide-transporting ATPase  52.12 
 
 		 331 aa  328  6e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.232897  normal  0.0445099 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0138  twin-arginine translocation pathway signal  51.79 
 
 		 331 aa  328  9e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241544  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.79 
 
 		 331 aa  328  9e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2764  monosaccharide-transporting ATPase  51.79 
 
 		 331 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.394894 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0546  ABC sugar(arabinose) transporter, periplasmic ligand binding protein  49.1 
 
 		 332 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0344202  normal  0.44726 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3411  Monosaccharide-transporting ATPase  49.4 
 
 		 332 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0390819  normal  0.170943 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0406  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  52.81 
 
 		 331 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2486  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  52.81 
 
 		 331 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1266  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  52.81 
 
 		 331 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3448  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  52.81 
 
 		 331 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3484  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  52.81 
 
 		 331 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.684575  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3486  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  52.81 
 
 		 331 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3299  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  52.81 
 
 		 331 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1179  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  52.48 
 
 		 335 aa  324  1e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2615  monosaccharide-transporting ATPase  48.8 
 
 		 332 aa  322  7e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3777  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.2 
 
 		 330 aa  320  1.9999999999999998e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.644601  normal  0.597534 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1789  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  49.2 
 
 		 331 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.47034  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0214  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  48.68 
 
 		 456 aa  299  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.532172  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1214  putative periplasmic sugar-binding protein  48.68 
 
 		 333 aa  298  9e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1627  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  48.68 
 
 		 333 aa  298  9e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.569362  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1714  L-arabinose-binding periplasmic protein  48.68 
 
 		 333 aa  298  9e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0371  putative periplasmic sugar-binding protein  48.68 
 
 		 333 aa  298  9e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0046  putative periplasmic sugar-binding protein  48.68 
 
 		 333 aa  298  9e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.717864  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1057  putative periplasmic sugar-binding protein  48.68 
 
 		 333 aa  298  9e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.488674  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1196  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  48.34 
 
 		 333 aa  296  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.155666  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1912  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.58 
 
 		 327 aa  281  1e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.65 
 
 		 327 aa  281  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2329  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.95 
 
 		 327 aa  281  1e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.702527  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2637  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  43.58 
 
 		 329 aa  280  2e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000871652 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01858  hypothetical protein  43.58 
 
 		 329 aa  280  2e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.128061  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1742  Monosaccharide-transporting ATPase  43.58 
 
 		 329 aa  280  2e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.487488  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1734  monosaccharide-transporting ATPase  43.58 
 
 		 329 aa  280  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.783762 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01869  L-arabinose transporter subunit  43.58 
 
 		 329 aa  280  2e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.143024  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1285  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  43.58 
 
 		 329 aa  280  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0482207  hitchhiker  0.00000138898 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2132  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  43.58 
 
 		 329 aa  280  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00117464  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1997  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  43.58 
 
 		 329 aa  280  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00288662  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1025  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  43.58 
 
 		 329 aa  279  4e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.636508  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2476  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.64 
 
 		 329 aa  278  8e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1885  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  43.73 
 
 		 327 aa  278  1e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279994  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2261  L-arabinose ABC transporter periplasmic-binding protein  43.73 
 
 		 327 aa  278  1e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1999  monosaccharide-transporting ATPase  43.73 
 
 		 327 aa  278  1e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2149  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.69 
 
 		 327 aa  275  7e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2245  monosaccharide-transporting ATPase  42.69 
 
 		 327 aa  270  2.9999999999999997e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000240134 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4141  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.96 
 
 		 334 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2638  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  43.15 
 
 		 337 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000797967  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2371  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.81 
 
 		 337 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129907  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5010  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.14 
 
 		 347 aa  107  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.152302  normal  0.953446 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.64 
 
 		 328 aa  48.9  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3000  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.99 
 
 		 312 aa  48.1  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.434934  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1337  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.09 
 
 		 312 aa  46.6  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.32 
 
 		 312 aa  45.4  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2582  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.64 
 
 		 322 aa  45.8  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>