95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3600 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3600  monosaccharide-transporting ATPase  100 
 
 		 327 aa  655    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3477  Monosaccharide-transporting ATPase  84.4 
 
 		 327 aa  559  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3765  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  84.4 
 
 		 327 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216228  normal  0.775581 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2587  Monosaccharide-transporting ATPase  67.19 
 
 		 334 aa  448  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2997  Monosaccharide-transporting ATPase  66.56 
 
 		 334 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.175655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2615  monosaccharide-transporting ATPase  69.65 
 
 		 332 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0546  ABC sugar(arabinose) transporter, periplasmic ligand binding protein  67.18 
 
 		 332 aa  436  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0344202  normal  0.44726 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2758  L-arabinose ABC transporter periplasmic-binding protein  65.33 
 
 		 331 aa  435  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630408  normal  0.800518 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3411  Monosaccharide-transporting ATPase  67.18 
 
 		 332 aa  434  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0390819  normal  0.170943 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0589  monosaccharide-transporting ATPase  69.08 
 
 		 331 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.232897  normal  0.0445099 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2764  monosaccharide-transporting ATPase  69.74 
 
 		 331 aa  432  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.394894 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3703  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  69.41 
 
 		 331 aa  433  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.639634 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  69.41 
 
 		 331 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.272283  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0138  twin-arginine translocation pathway signal  69.41 
 
 		 331 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241544  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0546  monosaccharide-transporting ATPase  68.73 
 
 		 331 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.059898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  68.73 
 
 		 331 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.391972  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0406  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  68.44 
 
 		 331 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3448  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  68.44 
 
 		 331 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3777  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  65.94 
 
 		 330 aa  420  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.644601  normal  0.597534 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3486  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  68.44 
 
 		 331 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1266  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  68.44 
 
 		 331 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1179  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  68.77 
 
 		 335 aa  417  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3299  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  68.44 
 
 		 331 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2486  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  68.44 
 
 		 331 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3484  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  68.44 
 
 		 331 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.684575  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1789  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  57.93 
 
 		 331 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.47034  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0214  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  57.48 
 
 		 456 aa  359  4e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.532172  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1714  L-arabinose-binding periplasmic protein  57.48 
 
 		 333 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1214  putative periplasmic sugar-binding protein  57.48 
 
 		 333 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0046  putative periplasmic sugar-binding protein  57.48 
 
 		 333 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.717864  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1057  putative periplasmic sugar-binding protein  57.48 
 
 		 333 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.488674  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1627  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  57.48 
 
 		 333 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.569362  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0371  putative periplasmic sugar-binding protein  57.48 
 
 		 333 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1196  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  57.14 
 
 		 333 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.155666  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3008  Monosaccharide-transporting ATPase  52.42 
 
 		 334 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1628  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  53.5 
 
 		 340 aa  333  2e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.190381  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2598  Monosaccharide-transporting ATPase  51.52 
 
 		 334 aa  332  7.000000000000001e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4588  monosaccharide-transporting ATPase  50.46 
 
 		 337 aa  329  3e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136885 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5641  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.46 
 
 		 337 aa  329  3e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0361301  normal  0.106863 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5218  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.46 
 
 		 337 aa  329  3e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.655729  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0044  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  50.46 
 
 		 337 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3206  monosaccharide-transporting ATPase  53.49 
 
 		 334 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.714787  normal  0.152598 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1019  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.66 
 
 		 335 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.642553  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4217  monosaccharide-transporting ATPase  53.47 
 
 		 334 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.40732  normal  0.891617 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4921  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.49 
 
 		 334 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.768223 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3960  Monosaccharide-transporting ATPase  53.16 
 
 		 334 aa  325  5e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5476  monosaccharide-transporting ATPase  52.49 
 
 		 334 aa  325  6e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0463972 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2637  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  46.48 
 
 		 329 aa  300  3e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000871652 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.23 
 
 		 327 aa  299  4e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1912  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.79 
 
 		 327 aa  298  7e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2149  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.48 
 
 		 327 aa  298  9e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01858  hypothetical protein  46.18 
 
 		 329 aa  296  3e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.128061  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1285  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  46.18 
 
 		 329 aa  296  3e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0482207  hitchhiker  0.00000138898 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1734  monosaccharide-transporting ATPase  46.18 
 
 		 329 aa  296  3e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.783762 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1742  Monosaccharide-transporting ATPase  46.18 
 
 		 329 aa  296  3e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.487488  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2132  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  46.18 
 
 		 329 aa  296  3e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00117464  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1997  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  46.18 
 
 		 329 aa  296  3e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00288662  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01869  L-arabinose transporter subunit  46.18 
 
 		 329 aa  296  3e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.143024  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1025  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  46.18 
 
 		 329 aa  295  5e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.636508  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2329  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.6 
 
 		 327 aa  295  9e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.702527  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2476  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.57 
 
 		 329 aa  293  3e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1885  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  44.79 
 
 		 327 aa  290  3e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279994  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2261  L-arabinose ABC transporter periplasmic-binding protein  44.79 
 
 		 327 aa  290  3e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1999  monosaccharide-transporting ATPase  44.79 
 
 		 327 aa  290  3e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2245  monosaccharide-transporting ATPase  43.87 
 
 		 327 aa  284  2.0000000000000002e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000240134 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4141  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.36 
 
 		 334 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2638  L-arabinose ABC transporter, periplasmic L-arabinose-binding protein  43.81 
 
 		 337 aa  264  1e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000797967  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2371  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.5 
 
 		 337 aa  261  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129907  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5010  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.89 
 
 		 347 aa  109  6e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.152302  normal  0.953446 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.21 
 
 		 319 aa  57.4  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2569  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.74 
 
 		 336 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.732466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  23.57 
 
 		 299 aa  50.1  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.21 
 
 		 312 aa  49.3  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.36 
 
 		 301 aa  47.4  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2582  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.11 
 
 		 322 aa  46.6  0.0006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  27.04 
 
 		 292 aa  46.2  0.0007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  25.38 
 
 		 292 aa  46.2  0.0008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3045  monosaccharide-transporting ATPase  24.16 
 
 		 309 aa  46.2  0.0008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  26.15 
 
 		 292 aa  45.8  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  24.34 
 
 		 322 aa  45.8  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.99 
 
 		 318 aa  45.4  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00471967  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.52 
 
 		 328 aa  44.7  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1874  ribose ABC transporter periplasmic ribose-binding protein  24.16 
 
 		 309 aa  45.1  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00433268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2973  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  24.16 
 
 		 309 aa  45.1  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1793  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  25 
 
 		 342 aa  43.9  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.155472  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0362  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  25 
 
 		 342 aa  43.9  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4908  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.55 
 
 		 320 aa  44.3  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2475  monosaccharide-transporting ATPase  24.62 
 
 		 321 aa  43.9  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.498676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0457  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25 
 
 		 342 aa  43.9  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2074  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  25 
 
 		 297 aa  43.5  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1812  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25 
 
 		 297 aa  43.5  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1101  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  25 
 
 		 297 aa  43.5  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0810  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  25 
 
 		 297 aa  43.5  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3000  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.62 
 
 		 312 aa  43.1  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.434934  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  27.59 
 
 		 296 aa  42.4  0.01  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>