More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1451 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006348  BMA1282  sigma-54 dependent transcriptional regulator  87.47 
 
 
463 aa  842    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000105625  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1770  sigma-54 dependent transcriptional regulator  87.47 
 
 
463 aa  842    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.000204714  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1776  sigma-54 interaction domain/Fis family transcriptional regulator domain-containing protein  87.69 
 
 
463 aa  844    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000137503  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1952  sigma-54 dependent transcriptional regulator  87.82 
 
 
435 aa  794    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000030169  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4669  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  94.69 
 
 
439 aa  741    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.47055  hitchhiker  0.00356512 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1797  sigma-54 interaction domain/Fis family transcriptional regulator domain-containing protein  87.69 
 
 
463 aa  844    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2534  sigma-54 dependent transcriptional regulator  88.51 
 
 
435 aa  798    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.435051  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1661  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  81.9 
 
 
463 aa  790    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.833416 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1040  sigma-54 interaction domain/Fis family transcriptional regulator domain-containing protein  87.47 
 
 
463 aa  842    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00193439  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2790  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  81.9 
 
 
463 aa  789    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.153211  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  94.82 
 
 
463 aa  907    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826842  hitchhiker  0.0000199805 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1049  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  94.82 
 
 
463 aa  907    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.854506  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1451  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
463 aa  947    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211252  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0125  sigma-54 dependent transcriptional regulator  87.47 
 
 
463 aa  842    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000714993  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1724  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  95.26 
 
 
464 aa  905    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144019  hitchhiker  0.0000907891 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1411  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  99.57 
 
 
463 aa  942    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1529  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  94.82 
 
 
463 aa  907    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.490847  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4454  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  61.84 
 
 
479 aa  575  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2062  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.11 
 
 
464 aa  526  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767167  normal  0.704924 
 
 
-
 
NC_003296  RS02586  sigma-54 interacting transcription regulator protein  57.7 
 
 
467 aa  523  1e-147  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0522958  normal  0.995047 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4256  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  56.99 
 
 
471 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118848  normal  0.240547 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4366  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  56.99 
 
 
471 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505198  normal  0.659948 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5417  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.21 
 
 
456 aa  514  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.468471  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3662  putative Fis family transcriptional regulator  56.61 
 
 
454 aa  503  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2696  sigma-54 dependent transcriptional regulator  39.22 
 
 
462 aa  311  2e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2318  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.22 
 
 
462 aa  311  2e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.901634  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0965  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.81 
 
 
466 aa  218  1e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.605384  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.6 
 
 
460 aa  218  2e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3870  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.02 
 
 
484 aa  218  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3786  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.32 
 
 
484 aa  218  2e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.436046  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0978  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.65 
 
 
466 aa  217  4e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0932912  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.65 
 
 
1079 aa  217  4e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2806  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.66 
 
 
450 aa  216  8e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0922  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.39 
 
 
462 aa  216  9e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.554455  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2061  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.56 
 
 
442 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.29 
 
 
459 aa  212  9e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  39.17 
 
 
539 aa  213  9e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3097  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.58 
 
 
427 aa  212  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0970  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.83 
 
 
459 aa  212  1e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000694494  normal  0.524712 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004047  C4-dicarboxylate transport transcriptional regulatory protein  39.7 
 
 
445 aa  211  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.114732  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.69 
 
 
470 aa  211  2e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1295  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.05 
 
 
457 aa  211  2e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.62254e-16 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0874  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.26 
 
 
464 aa  211  3e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.593832  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.94 
 
 
457 aa  211  3e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.11 
 
 
463 aa  211  3e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.24 
 
 
460 aa  210  4e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4907  putative response regulator in two-component reguatory system, sigma54 dependent transcriptional regulator  41.93 
 
 
452 aa  210  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.412473 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0675  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.39 
 
 
579 aa  210  5e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.775979  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3375  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.05 
 
 
461 aa  209  6e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1588  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.67 
 
 
458 aa  209  6e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1618  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  32.78 
 
 
486 aa  209  7e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5338  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.51 
 
 
462 aa  209  8e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2930  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.94 
 
 
457 aa  209  9e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1028  response regulator receiver protein  41.3 
 
 
439 aa  209  1e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.163891  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  36.63 
 
 
471 aa  209  1e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04881  two-component system regulatory protein  41.34 
 
 
466 aa  209  1e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.476586  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0086  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.37 
 
 
470 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.300814 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.17 
 
 
561 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  36.36 
 
 
471 aa  207  4e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2600  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.9 
 
 
448 aa  207  4e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002811  flagellar regulatory protein FleQ  34.49 
 
 
488 aa  207  4e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.43 
 
 
472 aa  207  4e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.74 
 
 
455 aa  207  4e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0516  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.85 
 
 
468 aa  206  6e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000971097  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02226  sigma-54 interacting response regulator transcription regulator protein  37.08 
 
 
491 aa  206  6e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  37.87 
 
 
455 aa  206  6e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0988  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.23 
 
 
468 aa  206  6e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2227  Fis family transcriptional regulator  40.88 
 
 
430 aa  206  7e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.494043  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0318  Fis family transcriptional regulator  38.33 
 
 
491 aa  206  7e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  37.43 
 
 
537 aa  206  8e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2062  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.54 
 
 
449 aa  205  1e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000496565 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0588  Fis family transcriptional regulator  40.23 
 
 
458 aa  205  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.651672  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2604  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.26 
 
 
459 aa  205  1e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2035  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.25 
 
 
493 aa  204  2e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.806395  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  39.08 
 
 
457 aa  205  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2669  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.23 
 
 
439 aa  205  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1639  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  36.56 
 
 
473 aa  205  2e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.701414  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1498  Fis family transcriptional regulator  50.23 
 
 
395 aa  204  2e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3166  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.83 
 
 
457 aa  204  2e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.521221  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2591  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.79 
 
 
457 aa  204  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.313706  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3729  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.82 
 
 
484 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0227867  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05873  nitric oxide reductase regulator  39.02 
 
 
542 aa  204  3e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1657  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.82 
 
 
456 aa  204  3e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0365007  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1136  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.71 
 
 
466 aa  204  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2292  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.77 
 
 
462 aa  204  3e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.35 
 
 
447 aa  204  3e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4070  nitrogen metabolism transcriptional regulator NtrC  36.91 
 
 
480 aa  204  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.131979  normal  0.446618 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3424  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.87 
 
 
466 aa  204  4e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.25481 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.29 
 
 
479 aa  204  4e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3308  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.77 
 
 
548 aa  204  4e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  36.89 
 
 
510 aa  203  4e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03166  hypothetical protein  35.05 
 
 
488 aa  204  4e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0925  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.51 
 
 
484 aa  203  5e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.815173  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1135  C4-dicarboxylate transport transcriptional regulatory protein  38.19 
 
 
450 aa  203  5e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1166  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.97 
 
 
447 aa  203  6e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  37.65 
 
 
522 aa  203  6e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2115  response regulator receiver protein  38.25 
 
 
493 aa  203  6e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3376  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.42 
 
 
466 aa  202  7e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3936  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.53 
 
 
441 aa  203  7e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3091  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.88 
 
 
456 aa  202  9e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.416346  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>