More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3863 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_3863  Formyl-CoA transferase  100 
 
 
426 aa  875    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.859373  normal  0.485093 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5362  putative CoA-transferase  68.93 
 
 
403 aa  548  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.360586  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1135  Formyl-CoA transferase  65.93 
 
 
424 aa  542  1e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.923521  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3999  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.16 
 
 
397 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2058  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.42 
 
 
413 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.39 
 
 
415 aa  396  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2104  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.48 
 
 
404 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0421788  normal  0.0185484 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5037  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.32 
 
 
398 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3315  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.47 
 
 
403 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0237  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.28 
 
 
419 aa  381  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0608  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.92 
 
 
398 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4564  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.61 
 
 
403 aa  372  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419878  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3953  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.96 
 
 
400 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15496  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4617  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.55 
 
 
388 aa  367  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.629332  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.35 
 
 
408 aa  363  2e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3565  putative Formyl-CoA transferase  46.06 
 
 
401 aa  363  3e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6841  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.67 
 
 
417 aa  361  1e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3262  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.67 
 
 
423 aa  359  4e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.436186  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.23 
 
 
409 aa  359  5e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5186  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.74 
 
 
383 aa  357  2.9999999999999997e-97  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1334  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.77 
 
 
421 aa  356  3.9999999999999996e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000214497 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4784  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.73 
 
 
404 aa  353  4e-96  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.873877  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7488  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.61 
 
 
406 aa  352  7e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.800783  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4490  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.47 
 
 
404 aa  350  2e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.274729  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4403  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.47 
 
 
404 aa  350  2e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0269703  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4518  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.58 
 
 
385 aa  344  2e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0178  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.61 
 
 
432 aa  344  2e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.207633 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.02 
 
 
388 aa  339  5.9999999999999996e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.940519 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3560  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.06 
 
 
407 aa  338  9e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4959  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.23 
 
 
381 aa  337  1.9999999999999998e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.446104 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1126  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.63 
 
 
383 aa  337  1.9999999999999998e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.251236  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0058  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.45 
 
 
398 aa  337  1.9999999999999998e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1038  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.29 
 
 
394 aa  337  1.9999999999999998e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.58 
 
 
473 aa  336  5e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.653273  normal  0.0775315 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2275  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.53 
 
 
401 aa  333  3e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.559073 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4071  putative formyl-CoA transferases/L-carnitine dehydratase  45.41 
 
 
391 aa  330  3e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0818051  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3707  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.76 
 
 
395 aa  327  2.0000000000000001e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0445  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.36 
 
 
405 aa  322  7e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225942  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4224  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.95 
 
 
384 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0326799  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0195  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.26 
 
 
401 aa  305  9.000000000000001e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.111208  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2995  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.91 
 
 
398 aa  303  3.0000000000000004e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233271  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2501  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.58 
 
 
390 aa  302  7.000000000000001e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3797  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.15 
 
 
404 aa  297  2e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1195  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.35 
 
 
389 aa  297  2e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0818  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.16 
 
 
409 aa  288  1e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0222  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.6 
 
 
406 aa  273  3e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.59 
 
 
416 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.21 
 
 
395 aa  252  1e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  34.43 
 
 
411 aa  246  4e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.41 
 
 
406 aa  244  3e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.9 
 
 
404 aa  243  6e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.6 
 
 
413 aa  242  9e-63  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.63 
 
 
406 aa  241  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.93 
 
 
426 aa  241  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1760  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.7 
 
 
400 aa  241  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  36.81 
 
 
418 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.57 
 
 
406 aa  238  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0706  Alpha-methylacyl-CoA racemase  36.6 
 
 
395 aa  238  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.848354  normal  0.893078 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.62 
 
 
406 aa  238  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.89 
 
 
433 aa  236  6e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1080  Formyl-CoA transferase  37.89 
 
 
419 aa  236  7e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.982565  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.1 
 
 
418 aa  236  8e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.82 
 
 
407 aa  236  9e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.55 
 
 
418 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  37.66 
 
 
406 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.26 
 
 
387 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.28 
 
 
415 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.37 
 
 
406 aa  233  5e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.37 
 
 
422 aa  232  8.000000000000001e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3486  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.89 
 
 
420 aa  232  8.000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.290572 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2199  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.72 
 
 
401 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.75 
 
 
407 aa  231  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.57 
 
 
406 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.84 
 
 
418 aa  232  1e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.27 
 
 
394 aa  231  1e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.75 
 
 
415 aa  232  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  34.68 
 
 
393 aa  232  1e-59  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4307  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.79 
 
 
396 aa  231  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.39 
 
 
434 aa  231  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3480  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.38 
 
 
406 aa  230  3e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  37.4 
 
 
406 aa  230  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  37.4 
 
 
577 aa  230  3e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  37.4 
 
 
544 aa  230  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  37.4 
 
 
568 aa  230  3e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.53 
 
 
416 aa  230  3e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.43 
 
 
406 aa  230  3e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  37.4 
 
 
406 aa  231  3e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  37.4 
 
 
406 aa  230  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  37.4 
 
 
406 aa  230  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  35.18 
 
 
412 aa  230  4e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  35.37 
 
 
406 aa  230  4e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  35.47 
 
 
393 aa  230  4e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.71 
 
 
406 aa  230  4e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.13 
 
 
407 aa  230  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.14 
 
 
406 aa  229  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.47 
 
 
415 aa  229  6e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.01 
 
 
406 aa  229  6e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.66 
 
 
423 aa  229  7e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.13 
 
 
429 aa  229  7e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  36.13 
 
 
407 aa  229  7e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>