More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5615 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5615  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  100 
 
 
579 aa  1187    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8670  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  67.43 
 
 
579 aa  775    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3147  putative succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit  66.43 
 
 
587 aa  769    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3969  L-aspartate oxidase  64.25 
 
 
585 aa  747    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.765371 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3884  L-aspartate oxidase  66.26 
 
 
587 aa  767    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.207594 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5984  L-aspartate oxidase  68.47 
 
 
574 aa  778    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.937659 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2512  succinate dehydrogenase  85.56 
 
 
591 aa  1018    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.069415  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0522  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.48 
 
 
539 aa  351  2e-95  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1397  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.46 
 
 
539 aa  351  2e-95  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0401599  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0315  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.4 
 
 
539 aa  347  2e-94  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0588  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.8 
 
 
546 aa  330  3e-89  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0245  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.69 
 
 
552 aa  329  8e-89  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0086  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.33 
 
 
542 aa  315  1.9999999999999998e-84  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.970646  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0011  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.67 
 
 
589 aa  306  6e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3053  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.6 
 
 
540 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1384  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.63 
 
 
608 aa  302  1e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0637899 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0140  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.07 
 
 
542 aa  300  6e-80  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0402  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.78 
 
 
562 aa  299  1e-79  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.309781 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0221  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.66 
 
 
543 aa  297  4e-79  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.143686  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27750  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  34.7 
 
 
638 aa  295  2e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0951337 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0936  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  34.43 
 
 
578 aa  290  4e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1873  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  34.75 
 
 
612 aa  290  4e-77  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.864322  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0677  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  34.21 
 
 
566 aa  289  1e-76  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0486405  hitchhiker  0.0000605931 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1206  succinate dehydrogenase or fumarate reductase flavoprotein subunit  35.12 
 
 
596 aa  288  1e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0430  succinate dehydrogenase subunit A  36.35 
 
 
568 aa  288  2e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1865  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.43 
 
 
598 aa  284  3.0000000000000004e-75  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.710471 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2214  Succinate dehydrogenase  36.26 
 
 
646 aa  283  9e-75  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0253  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  34.26 
 
 
648 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.128459  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0263  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  34.26 
 
 
648 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.115771 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0248  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  37.52 
 
 
568 aa  281  2e-74  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0243  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  34.26 
 
 
648 aa  280  6e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2471  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  35.09 
 
 
587 aa  278  2e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.926493  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0170  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  32.93 
 
 
566 aa  278  3e-73  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1797  Succinate dehydrogenase  37.29 
 
 
598 aa  278  3e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.315032  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3278  fumarate reductase flavoprotein subunit  31.13 
 
 
603 aa  276  6e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2530  Succinate dehydrogenase (ubiquinone)  35.99 
 
 
609 aa  276  7e-73  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.279488 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10251  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  34.53 
 
 
646 aa  276  9e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.177698 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0248  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  36.78 
 
 
567 aa  273  5.000000000000001e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0210  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  34.52 
 
 
579 aa  273  6e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26940  succinate dehydrogenase subunit A  35.71 
 
 
572 aa  272  1e-71  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.898505  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1569  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  34.2 
 
 
575 aa  271  2e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.272912  hitchhiker  0.000112727 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2474  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  34.19 
 
 
575 aa  271  2.9999999999999997e-71  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00000557801  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2127  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  32.15 
 
 
582 aa  270  4e-71  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4026  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  33.5 
 
 
646 aa  270  4e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.941346  normal  0.159045 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0284  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  34.49 
 
 
627 aa  270  4e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1116  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  33.5 
 
 
643 aa  270  5e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0394  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  33.68 
 
 
644 aa  269  1e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.134767  normal  0.884636 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1467  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  35.23 
 
 
587 aa  268  1e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.38125  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2230  fumarate reductase flavoprotein subunit  32.97 
 
 
602 aa  268  2e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00131  fumarate reductase flavoprotein subunit  32.79 
 
 
606 aa  267  2.9999999999999995e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1354  succinate dehydrogenase  33.74 
 
 
582 aa  267  2.9999999999999995e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0715068  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3548  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.25 
 
 
621 aa  267  2.9999999999999995e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.364565  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1856  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  33.62 
 
 
575 aa  267  4e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1882  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  33.62 
 
 
575 aa  267  4e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.764609  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0284  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  35.85 
 
 
567 aa  265  1e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.947176 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0308  succinate dehydrogenase subunit A  36.49 
 
 
567 aa  266  1e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.353372 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1114  succinate dehydrogenase subunit A  34.24 
 
 
573 aa  265  1e-69  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.358332  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0258  succinate dehydrogenase or fumarate reductase flavoprotein subunit  31.89 
 
 
570 aa  265  1e-69  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.408248 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1995  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  34.96 
 
 
567 aa  265  2e-69  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3565  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  35.12 
 
 
644 aa  265  2e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.606678  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002237  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  32.41 
 
 
599 aa  264  3e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1283  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  33.33 
 
 
612 aa  264  3e-69  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.714397  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0177  succinate dehydrogenase subunit A  36.16 
 
 
567 aa  264  3e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3453  succinate dehydrogenase  32.7 
 
 
576 aa  263  4.999999999999999e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0785  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  35.06 
 
 
576 aa  263  6e-69  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3758  fumarate reductase flavoprotein subunit  33.88 
 
 
598 aa  263  6e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3050  succinate dehydrogenase  36.19 
 
 
633 aa  263  6e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.145782  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1687  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  32.53 
 
 
575 aa  263  8e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0263858 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0471  fumarate reductase flavoprotein subunit  33.58 
 
 
598 aa  263  8.999999999999999e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4352  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  33 
 
 
601 aa  262  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.602613  normal  0.276031 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3936  fumarate reductase flavoprotein subunit  33.88 
 
 
598 aa  261  2e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0488  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  34.86 
 
 
576 aa  261  2e-68  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.332185  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2358  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  32.83 
 
 
581 aa  261  2e-68  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.479481  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0463  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  34.86 
 
 
611 aa  261  2e-68  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1184  succinate dehydrogenase subunit A  34.43 
 
 
584 aa  261  3e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0127  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  35.38 
 
 
567 aa  261  3e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.864238  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1428  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  33.57 
 
 
602 aa  261  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1878  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  34.92 
 
 
591 aa  261  3e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.178355  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0382  fumarate reductase flavoprotein subunit  32.8 
 
 
598 aa  259  6e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1426  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  34.96 
 
 
623 aa  259  8e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4150  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  34.25 
 
 
637 aa  259  1e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.052342  normal  0.010572 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3768  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  33.5 
 
 
637 aa  259  1e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0873813 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1799  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  33.87 
 
 
601 aa  258  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2202  succinate dehydrogenase subunit A  32.98 
 
 
602 aa  258  2e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443729  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2717  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  35.14 
 
 
567 aa  258  3e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2788  fumarate reductase flavoprotein subunit  31.82 
 
 
617 aa  257  3e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2344  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  35.64 
 
 
567 aa  257  5e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0714  fumarate reductase flavoprotein subunit  33.69 
 
 
607 aa  256  6e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3667  fumarate reductase flavoprotein subunit  33.69 
 
 
607 aa  256  6e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3813  fumarate reductase flavoprotein subunit  33.69 
 
 
607 aa  256  6e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.924769  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2863  succinate dehydrogenase subunit A  31.83 
 
 
594 aa  256  7e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0671  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  32.6 
 
 
581 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.745903 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25820  succinate dehydrogenase subunit A  34.47 
 
 
612 aa  254  3e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.722118  normal  0.667788 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2425  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  31.4 
 
 
601 aa  254  4.0000000000000004e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2168  succinate dehydrogenase subunit A  32.17 
 
 
596 aa  254  4.0000000000000004e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.274751 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1215  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  32.64 
 
 
590 aa  253  5.000000000000001e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0419  fumarate reductase flavoprotein subunit  33.21 
 
 
598 aa  253  5.000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000541529 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2362  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  33.64 
 
 
595 aa  253  7e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13349  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  33.33 
 
 
590 aa  253  8.000000000000001e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.287952 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4431  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  32.54 
 
 
591 aa  253  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>