More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_2127 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009954  Cmaq_1869  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  63.59 
 
 
598 aa  782    Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.462567  normal  0.466053 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1388  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  57.56 
 
 
580 aa  681    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.394605 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2358  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  90.72 
 
 
581 aa  1095    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.479481  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2127  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  100 
 
 
582 aa  1194    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0247  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  58.76 
 
 
575 aa  645    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.828778  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0671  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  91.75 
 
 
581 aa  1108    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.745903 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0423  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  57.9 
 
 
575 aa  626  1e-178  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.102696  normal  0.0264935 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0258  succinate dehydrogenase or fumarate reductase flavoprotein subunit  51.46 
 
 
570 aa  573  1.0000000000000001e-162  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.408248 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1114  succinate dehydrogenase subunit A  48.03 
 
 
573 aa  529  1e-149  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.358332  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1569  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  46.74 
 
 
575 aa  514  1e-144  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.272912  hitchhiker  0.000112727 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0936  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  45.14 
 
 
578 aa  510  1e-143  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1687  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  45.88 
 
 
575 aa  509  1e-143  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0263858 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0170  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  47.36 
 
 
566 aa  506  9.999999999999999e-143  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0677  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  47.96 
 
 
566 aa  499  1e-140  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0486405  hitchhiker  0.0000605931 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2474  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  45.8 
 
 
575 aa  500  1e-140  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00000557801  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1206  succinate dehydrogenase or fumarate reductase flavoprotein subunit  45.14 
 
 
596 aa  498  1e-139  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2255  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  45.58 
 
 
584 aa  489  1e-137  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.794625  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2717  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  44.29 
 
 
567 aa  486  1e-136  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0248  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  46.3 
 
 
568 aa  484  1e-135  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1882  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  44.6 
 
 
575 aa  484  1e-135  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.764609  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1856  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  44.6 
 
 
575 aa  484  1e-135  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0248  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  45.6 
 
 
567 aa  480  1e-134  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1995  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  44.54 
 
 
567 aa  475  1e-133  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0127  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  45.6 
 
 
567 aa  478  1e-133  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.864238  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0177  succinate dehydrogenase subunit A  43.99 
 
 
567 aa  477  1e-133  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3278  fumarate reductase flavoprotein subunit  44.5 
 
 
603 aa  473  1e-132  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0635  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  46.13 
 
 
566 aa  474  1e-132  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0393941  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2344  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  44.5 
 
 
567 aa  474  1e-132  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0284  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  44.37 
 
 
567 aa  469  1.0000000000000001e-131  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.947176 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0430  succinate dehydrogenase subunit A  45.21 
 
 
568 aa  471  1.0000000000000001e-131  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0210  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  45.55 
 
 
579 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1309  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  42.9 
 
 
583 aa  462  1e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0985993  normal  0.361254 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0174  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  44.48 
 
 
542 aa  462  1e-129  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0476634  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2514  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  44.57 
 
 
585 aa  461  9.999999999999999e-129  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.136164  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0308  succinate dehydrogenase subunit A  43.32 
 
 
567 aa  456  1e-127  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.353372 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1030  succinate dehydrogenase/fumarate reductase subunit A  41.34 
 
 
570 aa  451  1e-125  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.144954  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4846  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  42.76 
 
 
584 aa  449  1e-125  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892416  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13349  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  42.6 
 
 
590 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.287952 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0679  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  42.9 
 
 
584 aa  447  1.0000000000000001e-124  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00348299  normal  0.0897043 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1587  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  43.09 
 
 
584 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.243588  normal  0.596865 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1254  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  42.6 
 
 
584 aa  444  1e-123  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1228  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  42.6 
 
 
584 aa  444  1e-123  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.394279  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1277  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.38 
 
 
599 aa  443  1e-123  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.572421  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2788  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.72 
 
 
617 aa  443  1e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1245  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  42.6 
 
 
584 aa  444  1e-123  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.193625  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26940  succinate dehydrogenase subunit A  43.32 
 
 
572 aa  444  1e-123  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.898505  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002237  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  43.46 
 
 
599 aa  440  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0471  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.82 
 
 
598 aa  440  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3936  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.56 
 
 
598 aa  436  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1776  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  41.42 
 
 
584 aa  436  1e-121  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6464  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  41.74 
 
 
583 aa  436  1e-121  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.723061  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2230  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.24 
 
 
602 aa  438  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0382  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.64 
 
 
598 aa  437  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0419  fumarate reductase flavoprotein subunit  44.44 
 
 
598 aa  439  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000541529 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0770  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  41.48 
 
 
593 aa  436  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.130049 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1015  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  41.19 
 
 
610 aa  437  1e-121  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2952  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  40.97 
 
 
600 aa  437  1e-121  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.090106  decreased coverage  0.000187391 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3758  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.56 
 
 
598 aa  434  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05360  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  40.89 
 
 
595 aa  432  1e-120  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0259373  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00131  fumarate reductase flavoprotein subunit  42.57 
 
 
606 aa  435  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1310  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  41.47 
 
 
595 aa  433  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.194206  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04830  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  41.87 
 
 
595 aa  429  1e-119  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0714  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.82 
 
 
607 aa  430  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0595  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  42.13 
 
 
589 aa  430  1e-119  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0576  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  42.13 
 
 
589 aa  430  1e-119  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2323  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  41.64 
 
 
592 aa  431  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0315  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  43.33 
 
 
598 aa  430  1e-119  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.62165  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2484  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  41.95 
 
 
592 aa  429  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.076646 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0459  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  43.03 
 
 
605 aa  431  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414111  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0343  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.52 
 
 
596 aa  431  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.891485  unclonable  0.00000264119 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3813  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.82 
 
 
607 aa  430  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.924769  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3667  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.82 
 
 
607 aa  430  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2254  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  41.95 
 
 
588 aa  429  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453422  normal  0.274072 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1202  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  40.23 
 
 
599 aa  429  1e-119  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000072111 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2749  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  43.01 
 
 
612 aa  428  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21330  succinate dehydrogenase subunit A  40.56 
 
 
591 aa  429  1e-118  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0965  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  41.5 
 
 
583 aa  427  1e-118  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.297334  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3563  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  43.05 
 
 
612 aa  427  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1129  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  40.55 
 
 
599 aa  427  1e-118  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11584  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.24 
 
 
583 aa  429  1e-118  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.532611 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4704  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.46 
 
 
596 aa  425  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.698636  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3894  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  43.79 
 
 
605 aa  423  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.197251  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4613  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.29 
 
 
596 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5672  fumarate reductase flavoprotein subunit  44.15 
 
 
602 aa  424  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.140483 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4625  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.99 
 
 
602 aa  422  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0290793 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25820  succinate dehydrogenase subunit A  43.6 
 
 
612 aa  425  1e-117  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.722118  normal  0.667788 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3690  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  42.32 
 
 
613 aa  422  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4278  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  43.79 
 
 
605 aa  423  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.954448 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3032  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  41.6 
 
 
604 aa  422  1e-117  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0354  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.49 
 
 
591 aa  423  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4761  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.29 
 
 
596 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.838458 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4621  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.46 
 
 
596 aa  425  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2104  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  42.66 
 
 
574 aa  422  1e-117  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0119641 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0312  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  43.34 
 
 
585 aa  423  1e-117  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04026  fumarate reductase  43.97 
 
 
602 aa  422  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3602  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  43.62 
 
 
605 aa  422  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.609874  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4358  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  41.88 
 
 
592 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3978  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  42.42 
 
 
613 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.490137 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4398  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.97 
 
 
602 aa  422  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4713  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.97 
 
 
602 aa  422  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>