More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3829 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3829  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 		 264 aa  531  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 267 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1885  IclR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 249 aa  198  9e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1714  regulatory protein, IclR  44.64 
 
 		 249 aa  181  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.872796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  41.37 
 
 		 251 aa  173  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1912  IclR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 283 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  36.4 
 
 		 251 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  32.54 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  31.45 
 
 		 256 aa  149  4e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  32.11 
 
 		 246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  34.45 
 
 		 263 aa  143  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  35.71 
 
 		 263 aa  141  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  35.71 
 
 		 263 aa  141  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  35.71 
 
 		 263 aa  141  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  35.71 
 
 		 263 aa  141  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  35.71 
 
 		 263 aa  141  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  34.87 
 
 		 263 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  34.9 
 
 		 256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.6 
 
 		 263 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  34.6 
 
 		 263 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  34.6 
 
 		 263 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  34.6 
 
 		 263 aa  139  4.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 263 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  34.6 
 
 		 263 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  34.6 
 
 		 263 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  34.45 
 
 		 263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  34.45 
 
 		 263 aa  135  7.000000000000001e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 263 aa  135  7.000000000000001e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  33.2 
 
 		 263 aa  135  8e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 263 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  34.03 
 
 		 263 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  32.93 
 
 		 280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  31.69 
 
 		 254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  33.06 
 
 		 259 aa  133  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  34.03 
 
 		 263 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  33.61 
 
 		 263 aa  132  6.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  31.65 
 
 		 265 aa  130  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0668  transcriptional regulator, IclR family  30.24 
 
 		 257 aa  130  1.0000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000062061  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  35.16 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 272 aa  130  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  31.75 
 
 		 252 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 267 aa  129  7.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  32.58 
 
 		 255 aa  127  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  32.26 
 
 		 252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  31.56 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1249  transcriptional regulator  33.48 
 
 		 271 aa  126  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.568713  normal  0.308528 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  32.54 
 
 		 262 aa  127  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  32.66 
 
 		 252 aa  125  5e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0612  transcriptional regulator IclR  32.39 
 
 		 255 aa  125  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000145018 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1186  transcriptional regulator, IclR family  31.78 
 
 		 264 aa  123  3e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134584  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  27.24 
 
 		 257 aa  122  6e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6262  IclR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 260 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0569  transcriptional regulator, IclR family  27.39 
 
 		 251 aa  122  7e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0378  IclR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.105767  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4028  IclR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  33.05 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4338  IclR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  32.2 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_6015  IclR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.881109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2380  IclR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 291 aa  119  3e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.610686  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 254 aa  119  3.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0724  transcriptional regulator, IclR family  34.92 
 
 		 246 aa  118  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0508551 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2370  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 268 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  33.62 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3884  transcriptional regulator, IclR family  27.89 
 
 		 272 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3687  transcriptional regulator, IclR family  27.89 
 
 		 272 aa  117  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4893  transcriptional regulator, IclR family  34.16 
 
 		 262 aa  117  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  29.67 
 
 		 255 aa  116  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0439  transcriptional regulator IclR  32 
 
 		 286 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.28447 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4071  IclR family transcriptional regulator  32 
 
 		 270 aa  115  6e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  30.4 
 
 		 258 aa  115  6e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  30.34 
 
 		 254 aa  115  6e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0779  transcriptional regulator IclR  30.47 
 
 		 278 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  30.28 
 
 		 267 aa  115  7.999999999999999e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 262 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3839  IclR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4215  regulatory proteins, IclR  35.71 
 
 		 261 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  28.46 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  28.74 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1499  IclR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 274 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.985089  normal  0.504331 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2412  IclR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 258 aa  113  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3897  IclR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 282 aa  113  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 283 aa  113  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5019  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  33.64 
 
 		 252 aa  113  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.563485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3778  IclR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 270 aa  113  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  30.35 
 
 		 275 aa  113  3e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0136  transcriptional regulator, IclR family  31.89 
 
 		 282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0140  IclR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03426  predicted DNA-binding transcriptional repressor  31.89 
 
 		 282 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5478  transcriptional regulator, IclR family  36.21 
 
 		 249 aa  112  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03377  hypothetical protein  31.89 
 
 		 282 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  30.33 
 
 		 280 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0639  transcriptional regulator PcaR, putative  33.49 
 
 		 256 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0740  regulatory protein IclR  32.92 
 
 		 277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0533  transcriptional regulator, IclR family  35.24 
 
 		 247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0601  putative transcriptional regulator PcaR  34.1 
 
 		 256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>