126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3818 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3818  D-galactarate dehydratase/altronate hydrolase, N-terminal  100 
 
 		 93 aa  186  7e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0784034  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3528  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase, N-terminal  77.42 
 
 		 93 aa  149  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.937942  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0893  D-galactarate dehydratase/altronate hydrolase, N-terminal  86.02 
 
 		 93 aa  142  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6088  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase, N-terminal  74.19 
 
 		 93 aa  141  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2155  SAF domain protein  61.96 
 
 		 94 aa  113  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.105827  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2004  D-galactarate dehydratase/altronate hydrolase-like protein  64.13 
 
 		 94 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2006  D-galactarate dehydratase/altronate hydrolase-like protein  64.13 
 
 		 94 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2374  SAF domain protein  62.64 
 
 		 94 aa  99.8  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.248717  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2037  hypothetical protein  49.45 
 
 		 96 aa  99  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.270273  normal  0.0861172 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2325  SAF domain protein  50.54 
 
 		 92 aa  97.1  8e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3705  SAF domain protein  50.55 
 
 		 105 aa  96.7  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0838638  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5980  hypothetical protein  50.55 
 
 		 105 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.763547  normal  0.292793 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1765  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase-like protein  57.61 
 
 		 94 aa  89  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0520313  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0482  SAF domain protein  41.11 
 
 		 93 aa  81.3  0.000000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2217  SAF domain protein  41.49 
 
 		 99 aa  77.8  0.00000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0515295  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1141  SAF domain-containing protein  42.55 
 
 		 99 aa  74.7  0.0000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.80997 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4419  SAF domain protein  42.22 
 
 		 98 aa  70.1  0.000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2463  SAF domain-containing protein  41.38 
 
 		 110 aa  68.6  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.959016 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1123  SAF domain-containing protein  32.58 
 
 		 95 aa  65.9  0.0000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2050  SAF domain protein  36.67 
 
 		 98 aa  63.9  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000230395  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2591  altronate hydrolase  33.33 
 
 		 107 aa  63.5  0.0000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.109004  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0582  Altronate dehydratase  47.44 
 
 		 533 aa  62.8  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1011  SAF domain protein  37.93 
 
 		 107 aa  62.4  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.734245  normal  0.489175 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6356  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase, N-terminal  48.98 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0883722  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3559  altronate dehydratase  50 
 
 		 495 aa  57  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3527  altronate dehydratase  50 
 
 		 495 aa  57  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3383  altronate dehydratase  50 
 
 		 495 aa  57  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0706  UxaA family hydrolase  36.14 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.387559  normal  0.92532 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0809  UxaA family hydrolase  36.14 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0692  hydrolase, UxaA family  36.14 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.035451  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0752  UxaA family hydrolase  36.14 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.317969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0766  UxaA family hydrolase  34.94 
 
 		 96 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3509  Altronate dehydratase  48.08 
 
 		 496 aa  55.1  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02960  altronate hydrolase  48.08 
 
 		 495 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0691  Altronate dehydratase  37.78 
 
 		 496 aa  54.7  0.0000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02911  hypothetical protein  48.08 
 
 		 495 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3274  altronate dehydratase  48.08 
 
 		 495 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0609  Altronate dehydratase  48.08 
 
 		 495 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4406  altronate dehydratase  48.08 
 
 		 495 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.731196 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3274  SAF domain protein  38.55 
 
 		 103 aa  54.7  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.759034  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3383  Altronate dehydratase  51.06 
 
 		 496 aa  54.7  0.0000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0610  Altronate dehydratase  48.08 
 
 		 495 aa  53.9  0.0000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5297  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase, N-terminal  32.94 
 
 		 96 aa  52.4  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.494371  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4671  Altronate dehydratase  46.94 
 
 		 523 aa  52.4  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3805  SAF domain-containing protein  35.96 
 
 		 113 aa  52.8  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.862182 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0748  Altronate dehydratase  44.23 
 
 		 496 aa  52.4  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0531  Altronate dehydratase  44.23 
 
 		 496 aa  52  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2740  Altronate dehydratase  36.67 
 
 		 493 aa  52  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000642568  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1546  D-galactarate dehydratase/altronate hydrolase-like protein  41.27 
 
 		 98 aa  51.6  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1138  galactarate dehydratase  35.37 
 
 		 523 aa  50.8  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0590  Galactarate dehydratase  37.04 
 
 		 512 aa  50.8  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.413028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0208  SAF domain-containing protein  42.5 
 
 		 106 aa  50.8  0.000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2533  Galactarate dehydratase  51.16 
 
 		 533 aa  50.4  0.000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1754  Altronate dehydratase  40 
 
 		 514 aa  50.4  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1749  Altronate dehydratase  39.76 
 
 		 510 aa  49.7  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.548358  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5792  Altronate dehydratase  38.71 
 
 		 523 aa  50.1  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5795  Altronate dehydratase  38.71 
 
 		 523 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228862  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3970  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase-like  46.67 
 
 		 509 aa  48.9  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2068  Altronate dehydratase  40.24 
 
 		 511 aa  49.3  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.186874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0154  Altronate dehydratase  32.94 
 
 		 500 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0475003  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4928  galactarate dehydratase  38.78 
 
 		 508 aa  48.5  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3512  D-altronate dehydratase  46.67 
 
 		 507 aa  48.5  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0493  altronate dehydratase  44.23 
 
 		 496 aa  48.5  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4320  Altronate dehydratase  37.5 
 
 		 496 aa  48.5  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0556  Altronate dehydratase  44.23 
 
 		 496 aa  48.5  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.370951  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2945  putative D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase  45.28 
 
 		 507 aa  48.1  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0792126  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1537  Altronate dehydratase  41.51 
 
 		 513 aa  47.8  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1027  galactarate dehydratase  44 
 
 		 509 aa  47.8  0.00006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0800  Altronate dehydratase  35.85 
 
 		 512 aa  47.4  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3545  D-altronate dehydratase  46.15 
 
 		 495 aa  47  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.444536 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07160  altronate dehydratase  36.25 
 
 		 508 aa  46.6  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0589773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3856  D-galactarate dehydratase  33.33 
 
 		 111 aa  47  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0465799  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4448  Altronate dehydratase  35.48 
 
 		 508 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0287  Altronate dehydratase  45.83 
 
 		 500 aa  45.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3898  uronate isomerase  36.14 
 
 		 510 aa  45.4  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.90307  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0160  Galactarate dehydratase  33.33 
 
 		 500 aa  46.2  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00621613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05270  altronate dehydratase  44.19 
 
 		 525 aa  45.8  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0806  UxaA family hydrolase  39.29 
 
 		 514 aa  45.4  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.941516  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2595  galactarate dehydratase  35 
 
 		 518 aa  45.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.865762  normal  0.097428 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0756  UxaA family hydrolase  39.29 
 
 		 514 aa  45.4  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2834  UxaA family hydrolase  39.22 
 
 		 513 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2855  Altronate dehydratase  39.22 
 
 		 513 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.547251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3904  galactarate dehydratase  35.71 
 
 		 514 aa  44.7  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1575  Altronate dehydratase  33.72 
 
 		 498 aa  44.7  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6467  Altronate dehydratase  48.84 
 
 		 507 aa  44.7  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.457294  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6702  Altronate dehydratase  48.84 
 
 		 507 aa  44.7  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1721  galactarate dehydratase  33.73 
 
 		 529 aa  44.7  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0799571  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0125  SAF domain-containing protein  33.87 
 
 		 96 aa  44.7  0.0005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3225  Altronate dehydratase  40 
 
 		 501 aa  44.3  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1102  altronate hydrolase  42.31 
 
 		 496 aa  44.3  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0830  D-galactarate dehydratase  36.14 
 
 		 533 aa  43.9  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.107434 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1615  putative altronate hydrolase (ALTRONIC acid hydratase) protein  35.29 
 
 		 519 aa  43.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.135092  normal  0.0340906 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1610  altronate hydrolase  46.51 
 
 		 500 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3043  Altronate dehydratase  41.38 
 
 		 500 aa  43.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.551416  normal  0.217859 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0264  Altronate dehydratase  46.51 
 
 		 500 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.530336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2948  galactarate dehydratase  37.25 
 
 		 513 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.439252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2484  galactarate dehydratase  38.16 
 
 		 533 aa  43.5  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000132334 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1607  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase family protein  40 
 
 		 106 aa  42.7  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0783  Galactarate dehydratase  45.65 
 
 		 508 aa  42.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3967  Altronate dehydratase  32.53 
 
 		 508 aa  42.7  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.816529  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>