More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2524 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 320 aa  644    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  69.1 
 
 		 301 aa  432  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  69.67 
 
 		 302 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  68 
 
 		 302 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  67 
 
 		 302 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 302 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  58.67 
 
 		 299 aa  355  5e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 299 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 299 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  58 
 
 		 299 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 299 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  58 
 
 		 299 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  58 
 
 		 299 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  58 
 
 		 299 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 306 aa  350  3e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  58.17 
 
 		 306 aa  348  5e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  55.85 
 
 		 302 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  55.18 
 
 		 302 aa  335  3.9999999999999995e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  55.85 
 
 		 302 aa  335  3.9999999999999995e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  55.85 
 
 		 302 aa  335  3.9999999999999995e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  54.95 
 
 		 300 aa  331  8e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  55.15 
 
 		 309 aa  326  4.0000000000000003e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  54.95 
 
 		 300 aa  325  5e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  51.77 
 
 		 309 aa  324  1e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  51.84 
 
 		 305 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  52.51 
 
 		 302 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  53.24 
 
 		 317 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  54.27 
 
 		 294 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  48.49 
 
 		 302 aa  292  5e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 296 aa  285  7e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 307 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  46.86 
 
 		 307 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 307 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  47.21 
 
 		 307 aa  281  1e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 314 aa  280  3e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  45.85 
 
 		 335 aa  279  4e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 314 aa  278  7e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 320 aa  278  8e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  45.83 
 
 		 314 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 314 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 299 aa  266  4e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  49.34 
 
 		 305 aa  261  1e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  46.42 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 295 aa  239  2.9999999999999997e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 303 aa  231  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 297 aa  229  5e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.74 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 299 aa  218  7.999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.41 
 
 		 302 aa  215  7e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.87 
 
 		 299 aa  215  8e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 335 aa  215  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  38.82 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  38.57 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 322 aa  210  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  38 
 
 		 299 aa  206  6e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 304 aa  205  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  33.77 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 313 aa  202  5e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  202  5e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 301 aa  202  8e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 298 aa  202  9e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  38.1 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.11 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 309 aa  199  5e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 322 aa  199  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 300 aa  199  7e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 308 aa  199  7.999999999999999e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 349 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 		 306 aa  198  9e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 298 aa  198  9e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 349 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 349 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 302 aa  197  3e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 351 aa  197  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>