More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1889 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1889  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 268 aa  540  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5765  extracellular solute-binding protein  76.81 
 
 		 286 aa  415  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000625971 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2627  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  60.3 
 
 		 280 aa  321  7e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0539096  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1134  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  61.63 
 
 		 305 aa  317  9e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.276726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3166  extracellular solute-binding protein  59.77 
 
 		 279 aa  316  2e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5767  extracellular solute-binding protein  57.09 
 
 		 272 aa  297  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244611 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1129  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.36 
 
 		 283 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21410  ABC transporter, substrate binding protein, family 3  49.81 
 
 		 292 aa  283  2.0000000000000002e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.334752  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5766  extracellular solute-binding protein  53.11 
 
 		 308 aa  257  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000645831 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5170  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  53.33 
 
 		 278 aa  256  4e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3310  extracellular solute-binding protein  38.49 
 
 		 280 aa  168  7e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0117  extracellular solute-binding protein  40.66 
 
 		 272 aa  167  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1051  extracellular solute-binding protein family 3  31.54 
 
 		 274 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2434  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.16 
 
 		 274 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 		 276 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5520  extracellular solute-binding protein  34.95 
 
 		 281 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0222381  normal  0.174811 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 		 273 aa  99.8  5e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8012  extracellular solute-binding protein family 3  35.11 
 
 		 281 aa  99.4  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  30.83 
 
 		 271 aa  99.4  6e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.84 
 
 		 272 aa  98.6  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  31.31 
 
 		 271 aa  95.5  8e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4038  extracellular solute-binding protein family 3  32.02 
 
 		 275 aa  95.5  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.53 
 
 		 272 aa  94.7  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0017  extracellular solute-binding protein  35.14 
 
 		 279 aa  92.8  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.141798 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 270 aa  92.8  5e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4525  extracellular solute-binding protein  30.86 
 
 		 289 aa  92.8  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335654  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0690  extracellular solute-binding protein  35.67 
 
 		 282 aa  92  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370968  normal  0.982005 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.26 
 
 		 284 aa  92  9e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  35.26 
 
 		 284 aa  92  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  34.76 
 
 		 284 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 262 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  32.66 
 
 		 278 aa  90.5  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 		 271 aa  90.1  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  32.66 
 
 		 278 aa  90.5  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  28.83 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1898  extracellular solute-binding protein family 3  30.73 
 
 		 290 aa  89.4  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2257  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  33.69 
 
 		 284 aa  89.4  6e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.780862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1001  CjaA protein  27.57 
 
 		 279 aa  89.4  6e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1064  surface antigen, CjaA  27.57 
 
 		 279 aa  88.2  1e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.433625  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  28.47 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.95 
 
 		 264 aa  87.8  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  31.19 
 
 		 271 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  31.19 
 
 		 292 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0806  CjaA protein  28 
 
 		 279 aa  88.2  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.834  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  31.94 
 
 		 271 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 		 267 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2069  extracellular solute-binding protein family 3  31.19 
 
 		 281 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0404874  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  29.02 
 
 		 271 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  29.02 
 
 		 271 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  29.02 
 
 		 271 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3868  extracellular solute-binding protein  33.68 
 
 		 268 aa  87.8  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  31.94 
 
 		 271 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  29.02 
 
 		 271 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.02 
 
 		 271 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  31.31 
 
 		 278 aa  87.8  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 		 271 aa  87.8  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2462  extracellular solute-binding protein family 3  31.19 
 
 		 281 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  31.94 
 
 		 271 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.02 
 
 		 271 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  31.1 
 
 		 267 aa  87  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  28.63 
 
 		 301 aa  87  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  30.26 
 
 		 278 aa  86.7  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  34.64 
 
 		 265 aa  86.3  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  33.51 
 
 		 268 aa  86.3  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  31.1 
 
 		 267 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  30.93 
 
 		 295 aa  85.9  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  30.93 
 
 		 295 aa  85.9  6e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  28.57 
 
 		 264 aa  85.9  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  27.12 
 
 		 281 aa  85.5  8e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.87 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.69 
 
 		 271 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  38.1 
 
 		 275 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 		 260 aa  84.3  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5218  extracellular solute-binding protein  32.83 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  26.56 
 
 		 283 aa  84.3  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.71 
 
 		 267 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0693  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding lipoprotein  25.3 
 
 		 275 aa  84  0.000000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6783  extracellular solute-binding protein family 3  26.12 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.25 
 
 		 261 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  29.25 
 
 		 261 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 		 277 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9241  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  30.45 
 
 		 272 aa  82.8  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  24.69 
 
 		 260 aa  82  0.000000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.12 
 
 		 276 aa  82  0.000000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.12 
 
 		 276 aa  82  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  26.12 
 
 		 276 aa  82  0.000000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  26.67 
 
 		 286 aa  82  0.000000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.06 
 
 		 264 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0932  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 		 263 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.214418  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3932  extracellular solute-binding protein family 3  28.52 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 		 276 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0607  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.71 
 
 		 276 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.510404  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0891  extracellular solute-binding protein family 3  28.51 
 
 		 267 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0697  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.71 
 
 		 276 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0640  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.71 
 
 		 276 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223136  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6965  extracellular solute-binding protein family 3  26.33 
 
 		 312 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  39.6 
 
 		 261 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  24.02 
 
 		 246 aa  81.3  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  31.72 
 
 		 250 aa  80.5  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>