291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000796 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_000796  deoxyribodipyrimidine photolyase single-strand-specific  100 
 
 
444 aa  933    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06693  deoxyribodipyrimidine photolyase  68.49 
 
 
460 aa  646    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1410  RNA-binding cryptochrome Cry1  65.17 
 
 
461 aa  604  1.0000000000000001e-171  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0336  cryptochrome DASH  50.11 
 
 
441 aa  436  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0152  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.84 
 
 
445 aa  392  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0320  DNA photolyase FAD-binding subunit  46.86 
 
 
440 aa  375  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1548  DNA photolyase FAD-binding subunit  42.95 
 
 
448 aa  374  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  0.384798 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1053  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.98 
 
 
434 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.632798 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0343  cryptochrome, DASH family  40.5 
 
 
488 aa  298  1e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1411  cryptochrome, DASH family  38.58 
 
 
447 aa  293  5e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4538  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.01 
 
 
498 aa  280  3e-74  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0705059 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0700  cryptochrome, DASH family  40.28 
 
 
488 aa  280  4e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0729  cryptochrome, DASH family  40.09 
 
 
488 aa  276  6e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.264496  normal  0.107921 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6186  cryptochrome, DASH family  36.54 
 
 
487 aa  273  4.0000000000000004e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2235  cryptochrome, DASH family  36.81 
 
 
483 aa  259  5.0000000000000005e-68  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.14399  normal  0.570848 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2595  cryptochrome, DASH family  33.79 
 
 
478 aa  239  1e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0775599  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07806  probable bacterial cryptochrome  35.32 
 
 
421 aa  235  1.0000000000000001e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29275  predicted protein  32.83 
 
 
551 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3953  cryptochrome, DASH family  46.4 
 
 
515 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34592  cry-dash from the cryptochrome/photolyase family  31.08 
 
 
610 aa  202  8e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3718  cryptochrome, DASH family  31.59 
 
 
430 aa  202  9.999999999999999e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.64 
 
 
462 aa  160  5e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.67 
 
 
481 aa  154  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.44 
 
 
481 aa  153  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.34 
 
 
477 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5903  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.74 
 
 
436 aa  152  8.999999999999999e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.1 
 
 
505 aa  149  9e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.56 
 
 
500 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.3 
 
 
499 aa  147  5e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.07 
 
 
499 aa  146  9e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.46 
 
 
474 aa  145  1e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4270  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28 
 
 
473 aa  145  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.397965  normal  0.444789 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.19 
 
 
470 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.37 
 
 
475 aa  144  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.85 
 
 
479 aa  144  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4337  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.56 
 
 
396 aa  142  8e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.660905 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.25 
 
 
473 aa  142  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.83 
 
 
493 aa  142  9e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.31 
 
 
473 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.31 
 
 
473 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.59 
 
 
473 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.26 
 
 
493 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.36 
 
 
475 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.25 
 
 
472 aa  141  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.71 
 
 
472 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.08 
 
 
473 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  29.02 
 
 
473 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.02 
 
 
472 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  29.02 
 
 
456 aa  140  6e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.67 
 
 
493 aa  140  6e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.13 
 
 
487 aa  139  7e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.5 
 
 
472 aa  139  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.5 
 
 
472 aa  139  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.25 
 
 
487 aa  139  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.09 
 
 
472 aa  139  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.52 
 
 
472 aa  138  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.91 
 
 
491 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.25 
 
 
487 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.38 
 
 
493 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.8 
 
 
454 aa  137  4e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.34 
 
 
453 aa  137  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.48 
 
 
487 aa  137  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.03 
 
 
504 aa  137  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  29.22 
 
 
471 aa  137  6.0000000000000005e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.62 
 
 
476 aa  136  6.0000000000000005e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.34 
 
 
469 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  29 
 
 
471 aa  135  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  26.26 
 
 
434 aa  135  1.9999999999999998e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  26.73 
 
 
433 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.74 
 
 
499 aa  135  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.03 
 
 
497 aa  134  3e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.03 
 
 
434 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.52 
 
 
484 aa  134  3.9999999999999996e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0439  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.85 
 
 
435 aa  133  7.999999999999999e-30  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  29.07 
 
 
469 aa  133  7.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.56 
 
 
476 aa  132  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.94 
 
 
512 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.77 
 
 
484 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.86 
 
 
431 aa  132  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.85 
 
 
445 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2021  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.85 
 
 
445 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.128536 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2084  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.85 
 
 
445 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.84 
 
 
471 aa  130  6e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.35 
 
 
499 aa  130  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.52 
 
 
482 aa  130  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  27.98 
 
 
483 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.38 
 
 
471 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.31 
 
 
481 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.83 
 
 
490 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.33 
 
 
463 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.89 
 
 
487 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.9 
 
 
525 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.27 
 
 
490 aa  127  4.0000000000000003e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.83 
 
 
434 aa  127  5e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.9 
 
 
492 aa  127  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.59 
 
 
499 aa  127  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.35 
 
 
434 aa  127  5e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.33 
 
 
501 aa  127  5e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.11 
 
 
513 aa  126  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.95 
 
 
438 aa  127  6e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>