247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tery_4005 on replicon NC_008312
Organism: Trichodesmium erythraeum IMS101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008312  Tery_4005  RNA-binding region RNP-1  100 
 
 
158 aa  322  1e-87  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.776629  normal  0.74538 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3300  RNA-binding region RNP-1  58.43 
 
 
166 aa  179  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.181276  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1013  RNP-1 like RNA-binding protein  54.55 
 
 
164 aa  176  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000334324 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4552  RNP-1 like RNA-binding protein  55.9 
 
 
165 aa  174  6e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4264  RNP-1 like RNA-binding protein  54.84 
 
 
155 aa  155  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4324  RNP-1 like RNA-binding protein  54.84 
 
 
155 aa  155  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000014654  normal  0.0291528 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3437  RNP-1 like RNA-binding protein  53.8 
 
 
158 aa  150  5e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369251 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0790  RNA-binding region RNP-1  44.94 
 
 
142 aa  119  9.999999999999999e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.188882 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26631  RNA recognition motif-containing protein  35.95 
 
 
147 aa  97.4  8e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0300  RNA-binding region RNP-1  35.29 
 
 
145 aa  95.5  3e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02141  RNA recognition motif-containing protein  37.25 
 
 
143 aa  94.7  5e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2393  RNA recognition motif-containing protein  37.25 
 
 
143 aa  93.6  9e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01571  RNA recognition motif-containing protein  34.64 
 
 
144 aa  90.1  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1508  RNA recognition motif-containing protein  34.64 
 
 
143 aa  87  8e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0144  RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif)  35.29 
 
 
139 aa  85.5  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01701  RNA recognition motif-containing protein  32.68 
 
 
139 aa  82.4  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.246938  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01611  RNA recognition motif-containing protein  31.06 
 
 
139 aa  80.9  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.950946  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01591  RNA recognition motif-containing protein  34.64 
 
 
139 aa  80.5  0.000000000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0697874  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4004  RNA-binding region RNP-1  92.31 
 
 
40 aa  76.6  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.490799  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  44.05 
 
 
88 aa  75.1  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  42.86 
 
 
88 aa  72.8  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
88 aa  72.8  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  45 
 
 
81 aa  70.9  0.000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2883  putative RNA binding protein  41.76 
 
 
161 aa  67.8  0.00000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000182039  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  41.46 
 
 
89 aa  65.5  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  40.74 
 
 
83 aa  65.5  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  37.21 
 
 
116 aa  65.1  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
105 aa  65.1  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  38.55 
 
 
87 aa  64.7  0.0000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  40.48 
 
 
98 aa  64.3  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  40.48 
 
 
98 aa  64.3  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_12693  predicted protein  45.31 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.689101  normal  0.262863 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  39.24 
 
 
85 aa  63.2  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  37.65 
 
 
87 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  38.55 
 
 
82 aa  62  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  40.48 
 
 
89 aa  62  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  38.27 
 
 
99 aa  61.6  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  34.57 
 
 
90 aa  61.6  0.000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  38.27 
 
 
82 aa  61.6  0.000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  36.67 
 
 
155 aa  61.2  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  36.14 
 
 
146 aa  61.2  0.000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  38.1 
 
 
90 aa  61.6  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  41.77 
 
 
87 aa  60.5  0.000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  35.8 
 
 
110 aa  60.5  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  37.04 
 
 
89 aa  60.5  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
86 aa  60.1  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  37.35 
 
 
162 aa  60.1  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  40.96 
 
 
101 aa  60.1  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  39.51 
 
 
103 aa  60.1  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  36.14 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  37.23 
 
 
156 aa  60.1  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000908664  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  40.51 
 
 
149 aa  60.1  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  37 
 
 
148 aa  60.1  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  37 
 
 
150 aa  60.5  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  40.74 
 
 
102 aa  58.9  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  37.35 
 
 
97 aa  59.3  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  39.51 
 
 
103 aa  59.3  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  35.11 
 
 
152 aa  59.7  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  37.04 
 
 
90 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  36.71 
 
 
96 aa  59.3  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  33 
 
 
140 aa  59.3  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0637  RNP-1 like RNA-binding protein  39.47 
 
 
160 aa  59.7  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  35.37 
 
 
137 aa  58.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  31.82 
 
 
115 aa  58.5  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  39.29 
 
 
88 aa  58.9  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0166  RNP-1 like RNA-binding protein  37.36 
 
 
151 aa  58.9  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000221523  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  35.29 
 
 
97 aa  58.5  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  37.04 
 
 
102 aa  58.5  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  34.94 
 
 
122 aa  58.5  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  36.96 
 
 
147 aa  58.2  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000340315  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  35.9 
 
 
90 aa  57.8  0.00000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  39.51 
 
 
109 aa  58.2  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  37.04 
 
 
98 aa  58.2  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  36.9 
 
 
104 aa  58.2  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  40.91 
 
 
92 aa  57.8  0.00000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  34.15 
 
 
149 aa  57.4  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  35.37 
 
 
122 aa  57.8  0.00000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  36.14 
 
 
94 aa  57.4  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
89 aa  57.4  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  38.96 
 
 
88 aa  57.8  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  37.97 
 
 
103 aa  57.4  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3508  RNP-1 like RNA-binding protein  36.56 
 
 
153 aa  57.4  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482673  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0014  RNA-binding region RNP-1  34.15 
 
 
196 aa  57  0.00000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0890039  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  34.57 
 
 
114 aa  57.4  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  37.04 
 
 
111 aa  56.6  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  37.5 
 
 
160 aa  57  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0208  RNA-binding protein  40.51 
 
 
154 aa  57  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  34.15 
 
 
155 aa  56.6  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4357  RNP-1 like RNA-binding protein  37.97 
 
 
97 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  35.8 
 
 
99 aa  57  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0180  RNP-1 like RNA-binding protein  40.51 
 
 
154 aa  57  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000725181  normal  0.749946 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0175  RNP-1 like RNA-binding protein  40.51 
 
 
154 aa  57  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000046912  hitchhiker  0.00946838 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0181  RNP-1-like RNA-binding protein  40.51 
 
 
154 aa  57  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000814275  normal  0.581259 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0195  RNA-binding protein  37.97 
 
 
151 aa  56.6  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237988  normal  0.0118199 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  36.9 
 
 
88 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  35.8 
 
 
90 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0178  RNP-1 like RNA-binding protein  39.24 
 
 
154 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000203464  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0182  RNP-1 like RNA-binding protein  39.24 
 
 
154 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000432928  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4176  RNP-1 like RNA-binding protein  39.24 
 
 
154 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000433028  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  40.62 
 
 
90 aa  56.2  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>