225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ava_3300 on replicon NC_007413
Organism: Anabaena variabilis ATCC 29413



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007413  Ava_3300  RNA-binding region RNP-1  100 
 
 
166 aa  339  1e-92  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.181276  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4552  RNP-1 like RNA-binding protein  83.83 
 
 
165 aa  270  9e-72  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1013  RNP-1 like RNA-binding protein  56.73 
 
 
164 aa  179  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000334324 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4005  RNA-binding region RNP-1  58.28 
 
 
158 aa  175  3e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.776629  normal  0.74538 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4324  RNP-1 like RNA-binding protein  51.2 
 
 
155 aa  154  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000014654  normal  0.0291528 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4264  RNP-1 like RNA-binding protein  51.2 
 
 
155 aa  154  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3437  RNP-1 like RNA-binding protein  49.1 
 
 
158 aa  152  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369251 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0790  RNA-binding region RNP-1  41.62 
 
 
142 aa  123  1e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.188882 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26631  RNA recognition motif-containing protein  39.76 
 
 
147 aa  101  4e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02141  RNA recognition motif-containing protein  35.71 
 
 
143 aa  98.6  3e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0300  RNA-binding region RNP-1  35.12 
 
 
145 aa  97.8  7e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2393  RNA recognition motif-containing protein  33.94 
 
 
143 aa  94.7  4e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01571  RNA recognition motif-containing protein  34.34 
 
 
144 aa  93.6  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1508  RNA recognition motif-containing protein  33.73 
 
 
143 aa  90.9  7e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01701  RNA recognition motif-containing protein  30.99 
 
 
139 aa  84  9e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.246938  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0144  RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif)  31.58 
 
 
139 aa  82  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01611  RNA recognition motif-containing protein  29.7 
 
 
139 aa  80.1  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.950946  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01591  RNA recognition motif-containing protein  30.41 
 
 
139 aa  80.5  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0697874  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  38.82 
 
 
87 aa  63.9  0.0000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  39.76 
 
 
86 aa  63.2  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  38.75 
 
 
88 aa  63.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  47.62 
 
 
81 aa  63.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  38.55 
 
 
88 aa  61.2  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2883  putative RNA binding protein  39.13 
 
 
161 aa  61.6  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000182039  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  37.97 
 
 
83 aa  61.2  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  36.59 
 
 
140 aa  61.2  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  38.1 
 
 
88 aa  60.5  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  34.57 
 
 
82 aa  60.1  0.00000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  43.28 
 
 
87 aa  60.1  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  39.29 
 
 
89 aa  59.3  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4004  RNA-binding region RNP-1  70 
 
 
40 aa  59.3  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.490799  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  36.14 
 
 
116 aa  59.7  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  37.35 
 
 
162 aa  58.9  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  38.55 
 
 
82 aa  58.5  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  37.8 
 
 
148 aa  58.5  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  36.59 
 
 
134 aa  58.2  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  39.24 
 
 
105 aa  58.2  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  37.8 
 
 
150 aa  58.2  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  37.8 
 
 
85 aa  57.8  0.00000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_12693  predicted protein  40.3 
 
 
151 aa  58.2  0.00000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.689101  normal  0.262863 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  36.9 
 
 
88 aa  57.8  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  35.37 
 
 
149 aa  57.8  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  35.37 
 
 
122 aa  57.8  0.00000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  35.37 
 
 
155 aa  57  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  33.72 
 
 
115 aa  57  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  37.65 
 
 
98 aa  56.6  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  37.65 
 
 
98 aa  56.6  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  39.39 
 
 
92 aa  56.2  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  31.33 
 
 
122 aa  56.6  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  31.76 
 
 
114 aa  55.5  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  36.9 
 
 
89 aa  55.5  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  34.15 
 
 
123 aa  55.8  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  35.37 
 
 
132 aa  55.8  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1603  RNP-1 like RNA-binding protein  36.25 
 
 
103 aa  55.1  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  35.44 
 
 
101 aa  55.1  0.0000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  36.71 
 
 
103 aa  55.1  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2194  RNP-1 like RNA-binding protein  37.18 
 
 
101 aa  54.7  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  34.15 
 
 
151 aa  55.1  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  35.16 
 
 
94 aa  54.7  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  33.73 
 
 
96 aa  54.7  0.0000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  37.97 
 
 
102 aa  54.3  0.0000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
85 aa  54.3  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  37.97 
 
 
87 aa  54.3  0.0000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  36.59 
 
 
91 aa  54.3  0.0000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  33.7 
 
 
102 aa  54.3  0.0000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  31.33 
 
 
88 aa  54.3  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  36.25 
 
 
89 aa  54.3  0.0000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  34.94 
 
 
157 aa  53.9  0.0000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  32.1 
 
 
90 aa  53.9  0.0000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  34.15 
 
 
176 aa  53.9  0.0000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  32.93 
 
 
95 aa  53.9  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
89 aa  53.5  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  28.92 
 
 
104 aa  53.5  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_48043  predicted protein  28.74 
 
 
233 aa  53.9  0.000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.111526  normal  0.12113 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  31.65 
 
 
110 aa  53.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  34.15 
 
 
152 aa  53.9  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  32.53 
 
 
146 aa  53.1  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03577  RNA-binding protein  35.53 
 
 
154 aa  52.8  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000014599  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  35.37 
 
 
104 aa  53.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  37.35 
 
 
103 aa  52.8  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  34.18 
 
 
97 aa  52.8  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  32.93 
 
 
181 aa  53.1  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  33.75 
 
 
90 aa  52.8  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  36.25 
 
 
90 aa  53.1  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  34.15 
 
 
175 aa  53.1  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  32.93 
 
 
121 aa  52.4  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  35 
 
 
182 aa  52  0.000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  32.91 
 
 
99 aa  52.4  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0124  RNP-1 like RNA-binding protein  40.98 
 
 
94 aa  52.4  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000291811  decreased coverage  0.0000109119 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  32.93 
 
 
121 aa  52.4  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38809  predicted protein  35.16 
 
 
319 aa  52.4  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000594517  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  31.71 
 
 
137 aa  52  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3508  RNP-1 like RNA-binding protein  34.09 
 
 
153 aa  52  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482673  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  35.53 
 
 
147 aa  52  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000340315  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04665  hypothetical protein  26.45 
 
 
279 aa  51.6  0.000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0330259  normal  0.410978 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  31.11 
 
 
207 aa  51.6  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  28.4 
 
 
108 aa  51.6  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  30.49 
 
 
176 aa  51.6  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  32.95 
 
 
160 aa  51.2  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  31.33 
 
 
90 aa  51.2  0.000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>