243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9902_0300 on replicon NC_007513
Organism: Synechococcus sp. CC9902



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007513  Syncc9902_0300  RNA-binding region RNP-1  100 
 
 
145 aa  293  4e-79  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2393  RNA recognition motif-containing protein  83.56 
 
 
143 aa  242  9.999999999999999e-64  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26631  RNA recognition motif-containing protein  64.52 
 
 
147 aa  196  7.999999999999999e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02141  RNA recognition motif-containing protein  64.34 
 
 
143 aa  185  2e-46  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1508  RNA recognition motif-containing protein  65.97 
 
 
143 aa  183  8e-46  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01571  RNA recognition motif-containing protein  67.81 
 
 
144 aa  180  4.0000000000000006e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01611  RNA recognition motif-containing protein  55.94 
 
 
139 aa  156  8e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.950946  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0144  RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif)  53.85 
 
 
139 aa  155  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01591  RNA recognition motif-containing protein  55.94 
 
 
139 aa  155  2e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0697874  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01701  RNA recognition motif-containing protein  54.55 
 
 
139 aa  154  6e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.246938  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0790  RNA-binding region RNP-1  46.31 
 
 
142 aa  110  5e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.188882 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1013  RNP-1 like RNA-binding protein  37.42 
 
 
164 aa  95.5  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000334324 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4552  RNP-1 like RNA-binding protein  35.93 
 
 
165 aa  95.9  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3437  RNP-1 like RNA-binding protein  38.31 
 
 
158 aa  94.4  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369251 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3300  RNA-binding region RNP-1  33.94 
 
 
166 aa  94.4  5e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.181276  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4005  RNA-binding region RNP-1  33.99 
 
 
158 aa  90.9  5e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.776629  normal  0.74538 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4264  RNP-1 like RNA-binding protein  33.77 
 
 
155 aa  84.7  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4324  RNP-1 like RNA-binding protein  33.77 
 
 
155 aa  84.7  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000014654  normal  0.0291528 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  42.86 
 
 
87 aa  70.1  0.000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  41.98 
 
 
85 aa  68.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  41.46 
 
 
88 aa  67.8  0.00000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  43.9 
 
 
88 aa  67  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  42.68 
 
 
88 aa  66.2  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  46.05 
 
 
88 aa  65.9  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  41.46 
 
 
89 aa  65.5  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  43.59 
 
 
81 aa  63.9  0.0000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  41.46 
 
 
90 aa  63.5  0.0000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  44.3 
 
 
87 aa  62.4  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0124  RNP-1 like RNA-binding protein  40.86 
 
 
94 aa  62  0.000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000291811  decreased coverage  0.0000109119 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
88 aa  61.6  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  40.24 
 
 
88 aa  62  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
94 aa  60.8  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
94 aa  60.8  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_5724  predicted protein  36.14 
 
 
291 aa  60.5  0.000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.181544  normal  0.149739 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  35.71 
 
 
140 aa  60.8  0.000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  36.25 
 
 
88 aa  60.5  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  40.24 
 
 
86 aa  60.5  0.000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  36.14 
 
 
143 aa  60.5  0.000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  34.78 
 
 
207 aa  60.1  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4357  RNP-1 like RNA-binding protein  34.41 
 
 
97 aa  59.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  41.89 
 
 
82 aa  60.1  0.00000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  40 
 
 
97 aa  58.9  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  33.33 
 
 
99 aa  58.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  43.06 
 
 
83 aa  59.3  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  37.35 
 
 
82 aa  58.5  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  40.7 
 
 
89 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  37.08 
 
 
94 aa  58.2  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  38.16 
 
 
89 aa  58.2  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0014  RNA-binding region RNP-1  36.59 
 
 
196 aa  57.8  0.00000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0890039  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  36.14 
 
 
121 aa  58.2  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  36.14 
 
 
121 aa  57.8  0.00000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39629  predicted protein  35.53 
 
 
86 aa  57.8  0.00000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  32.65 
 
 
115 aa  57.8  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  37.35 
 
 
87 aa  57.4  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  34.94 
 
 
122 aa  57  0.00000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  36.14 
 
 
122 aa  57  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00121  RNA recognition motif-containing protein  36.59 
 
 
250 aa  56.2  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0705626  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00917  RNA splicing factor (Pad-1), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G15810)  35.62 
 
 
552 aa  56.6  0.0000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.373895 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1340  RNA recognition motif-containing protein  36.59 
 
 
250 aa  56.2  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  33.33 
 
 
134 aa  56.2  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  37.8 
 
 
85 aa  56.6  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  34.94 
 
 
123 aa  56.2  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
148 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
150 aa  56.2  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  36.14 
 
 
104 aa  55.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00131  RNA recognition motif-containing protein  36.59 
 
 
202 aa  55.5  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  33.75 
 
 
114 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42828  predicted protein  33.78 
 
 
499 aa  55.5  0.0000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  38.16 
 
 
124 aa  55.1  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0014  RNA recognition motif-containing protein  36.59 
 
 
173 aa  55.5  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  39.76 
 
 
146 aa  55.5  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1603  RNP-1 like RNA-binding protein  34.88 
 
 
103 aa  55.1  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
132 aa  55.5  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  35.16 
 
 
99 aa  54.7  0.0000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0013  RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif)  35 
 
 
222 aa  54.7  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  34.83 
 
 
98 aa  54.7  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  34.83 
 
 
98 aa  54.7  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  34.21 
 
 
149 aa  53.9  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3438  RNP-1 like RNA-binding protein  34.15 
 
 
125 aa  53.9  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0963576  normal  0.0234751 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  39.47 
 
 
92 aa  53.9  0.0000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  35.23 
 
 
105 aa  53.9  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  35.8 
 
 
103 aa  53.5  0.0000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2883  putative RNA binding protein  42.67 
 
 
161 aa  53.9  0.0000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000182039  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  32.14 
 
 
155 aa  53.5  0.0000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00121  RNA recognition motif-containing protein  35 
 
 
222 aa  53.5  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.239184  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3413  hypothetical protein  32.5 
 
 
83 aa  53.5  0.0000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.212369  normal  0.0411196 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00131  RNA recognition motif-containing protein  35 
 
 
245 aa  53.5  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00821888 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  29.87 
 
 
90 aa  52.8  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_12693  predicted protein  38.36 
 
 
151 aa  53.5  0.000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.689101  normal  0.262863 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00121  RNA recognition motif-containing protein  33.33 
 
 
203 aa  52.8  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.3683  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  32.1 
 
 
90 aa  53.1  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  32.14 
 
 
151 aa  53.5  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  32.56 
 
 
116 aa  52.8  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  32.53 
 
 
176 aa  52.8  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  32.14 
 
 
152 aa  53.1  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  34.09 
 
 
92 aa  52  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  33.73 
 
 
162 aa  52.8  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  34.57 
 
 
101 aa  52.4  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  35 
 
 
104 aa  52.4  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  34.09 
 
 
92 aa  52  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>