More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1428 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  100 
 
 		 317 aa  646    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  69.18 
 
 		 308 aa  432  1e-120  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  65.37 
 
 		 311 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  65.89 
 
 		 311 aa  411  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  65.56 
 
 		 311 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  65.48 
 
 		 304 aa  391  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  60.32 
 
 		 323 aa  343  2.9999999999999997e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  55.81 
 
 		 319 aa  320  1.9999999999999998e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  50.84 
 
 		 328 aa  281  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  49.85 
 
 		 325 aa  279  4e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  50.81 
 
 		 321 aa  279  4e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  48.24 
 
 		 319 aa  276  4e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  47.23 
 
 		 308 aa  272  5.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  50.33 
 
 		 314 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  48.1 
 
 		 319 aa  272  7e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  48.4 
 
 		 339 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  46.67 
 
 		 320 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0296  tyrosine recombinase XerD  48.21 
 
 		 351 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.02 
 
 		 307 aa  263  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.28 
 
 		 308 aa  261  1e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0533  tyrosine recombinase XerD  46.89 
 
 		 347 aa  258  8e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.41 
 
 		 313 aa  258  1e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  49.01 
 
 		 308 aa  255  6e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  47.73 
 
 		 332 aa  253  3e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  46.93 
 
 		 328 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  46.93 
 
 		 328 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.04 
 
 		 307 aa  250  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  46.06 
 
 		 354 aa  249  3e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.71 
 
 		 307 aa  249  4e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.13 
 
 		 317 aa  248  9e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.05 
 
 		 317 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  46.71 
 
 		 304 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0039  tyrosine recombinase XerD  44.19 
 
 		 312 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4056  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.43 
 
 		 332 aa  242  7.999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111498  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  47.47 
 
 		 291 aa  233  3e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0011  phage integrase family protein  44.48 
 
 		 301 aa  231  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1134  tyrosine recombinase XerD  47.39 
 
 		 308 aa  229  3e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2172  tyrosine recombinase XerD  45.75 
 
 		 309 aa  228  9e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0616277  normal  0.178894 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  45.93 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  44.52 
 
 		 293 aa  227  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  46.79 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.28 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.95 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.95 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.95 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.95 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.62 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  42.19 
 
 		 295 aa  217  2e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.62 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  42.62 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.62 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.62 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.62 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  42.62 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.57 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.62 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.2 
 
 		 299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  40.94 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.3 
 
 		 298 aa  209  3e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.11 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  40.27 
 
 		 309 aa  205  7e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.11 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  40.79 
 
 		 295 aa  205  8e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  40.27 
 
 		 309 aa  205  9e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  39.67 
 
 		 292 aa  204  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  40.2 
 
 		 295 aa  205  1e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  39.74 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  40.27 
 
 		 309 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  40.27 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  40.27 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  38.98 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  43.52 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  40.27 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.87 
 
 		 299 aa  203  4e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.87 
 
 		 299 aa  203  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.87 
 
 		 299 aa  203  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  39.93 
 
 		 300 aa  202  4e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  36.93 
 
 		 295 aa  202  5e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.16 
 
 		 302 aa  202  8e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  39.35 
 
 		 301 aa  202  8e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  40.27 
 
 		 305 aa  202  8e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  40.27 
 
 		 300 aa  202  8e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  39.4 
 
 		 292 aa  202  8e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.83 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  39.8 
 
 		 299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  40.79 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  39.6 
 
 		 303 aa  200  3e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  39.93 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.41 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0893  tyrosine recombinase XerD  41.14 
 
 		 304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0105661 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  40.27 
 
 		 300 aa  198  9e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  40.71 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.42 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.42 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.42 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.42 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.42 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.42 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.42 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  38.36 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>