178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1175 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1175  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 		 330 aa  677    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155667  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  46.77 
 
 		 322 aa  321  9.999999999999999e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  47.65 
 
 		 323 aa  320  3e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  48.99 
 
 		 324 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  48.99 
 
 		 324 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  46.67 
 
 		 322 aa  312  3.9999999999999997e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  47.99 
 
 		 324 aa  311  9e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  45.66 
 
 		 328 aa  311  1e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  44.17 
 
 		 324 aa  309  5e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  46.28 
 
 		 323 aa  307  2.0000000000000002e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1443  TRAP transporter solute receptor  47.19 
 
 		 322 aa  306  2.0000000000000002e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.552427 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  45.67 
 
 		 322 aa  306  5.0000000000000004e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  46.45 
 
 		 327 aa  305  9.000000000000001e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  42.44 
 
 		 324 aa  287  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  40.84 
 
 		 338 aa  285  5e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  43.48 
 
 		 326 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  42.95 
 
 		 327 aa  283  4.0000000000000003e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  43.71 
 
 		 328 aa  277  2e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  45.27 
 
 		 323 aa  276  4e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  43.17 
 
 		 333 aa  275  6e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  41.47 
 
 		 322 aa  271  1e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4446  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  41.94 
 
 		 323 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  45.52 
 
 		 326 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  44.07 
 
 		 323 aa  263  3e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  41.85 
 
 		 325 aa  260  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  34.98 
 
 		 325 aa  209  5e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0237  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.96 
 
 		 336 aa  206  3e-52  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0860272  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  32.71 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  32.89 
 
 		 326 aa  203  4e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.29 
 
 		 319 aa  192  7e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.16 
 
 		 317 aa  186  6e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.72 
 
 		 317 aa  178  9e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  31.11 
 
 		 312 aa  171  1e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  30.67 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.81 
 
 		 317 aa  145  7.0000000000000006e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.33 
 
 		 317 aa  136  5e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  28.37 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.23 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.08 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  27.91 
 
 		 315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.61 
 
 		 350 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.03 
 
 		 348 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.69 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.2 
 
 		 329 aa  125  9e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.71 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.79 
 
 		 345 aa  122  8e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.39 
 
 		 333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.81 
 
 		 319 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.84 
 
 		 317 aa  119  7e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1853  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31 
 
 		 328 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.45766 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2365  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.56 
 
 		 328 aa  117  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.38 
 
 		 651 aa  116  5e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  28.38 
 
 		 342 aa  115  6.9999999999999995e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.68 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.12 
 
 		 317 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  27.85 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  27.12 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.25 
 
 		 329 aa  113  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  25.16 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  26.9 
 
 		 318 aa  110  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.71 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2692  immunogenic protein family protein  31.85 
 
 		 329 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  26.5 
 
 		 319 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.62 
 
 		 317 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.27 
 
 		 349 aa  108  1e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.55 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.55 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  26.55 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.08 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.08 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.08 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.08 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.92 
 
 		 318 aa  107  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  25.49 
 
 		 317 aa  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  26.35 
 
 		 319 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1253  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.18 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.62 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.36 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.49 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.2 
 
 		 329 aa  102  6e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.61 
 
 		 318 aa  103  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.86 
 
 		 315 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06717  hypothetical protein  25.52 
 
 		 336 aa  101  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  25 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.53 
 
 		 317 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000812  immunogenic protein  25.22 
 
 		 336 aa  100  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.51 
 
 		 346 aa  100  3e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0240  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.18 
 
 		 376 aa  99.8  6e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4160  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.08 
 
 		 312 aa  94.7  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.18 
 
 		 329 aa  93.6  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.89 
 
 		 344 aa  92.8  8e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3009  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.35 
 
 		 342 aa  91.3  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.582062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1133  immunogenic protein  24.61 
 
 		 351 aa  90.1  5e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.39 
 
 		 332 aa  89.7  6e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.98 
 
 		 348 aa  87.4  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 		 342 aa  87.4  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.2 
 
 		 335 aa  86.7  5e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3623  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.84 
 
 		 329 aa  84.3  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410742  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  24.91 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.84 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>