160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0303 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0303  PepSY-associated TM helix  100 
 
 		 470 aa  945    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4213  integral membrane protein  53.45 
 
 		 470 aa  506  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0397228  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3560  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  50.55 
 
 		 465 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.668518 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0032  hypothetical protein  43.35 
 
 		 511 aa  385  1e-106  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.924965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0347  hypothetical protein  43.74 
 
 		 470 aa  375  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04986  hypothetical protein  41.61 
 
 		 479 aa  358  9.999999999999999e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0595  hypothetical protein  41.36 
 
 		 459 aa  330  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4424  peptidase  40.35 
 
 		 457 aa  320  3e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4717  peptidase  41.43 
 
 		 455 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292427  normal  0.0740605 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  40.78 
 
 		 455 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4895  peptidase  41.56 
 
 		 455 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.606193  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1326  hypothetical protein  41.4 
 
 		 471 aa  309  8e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4631  peptidase  41.33 
 
 		 454 aa  309  8e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0894362 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15080  hypothetical protein  41.4 
 
 		 471 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00625491 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3761  peptidase  40.47 
 
 		 484 aa  305  2.0000000000000002e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4883  hypothetical protein  41.19 
 
 		 457 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0908  putative integral membrane protein  35.4 
 
 		 504 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.843799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  33.05 
 
 		 456 aa  244  3e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0526  Propeptide PepSY amd peptidase M4  34.99 
 
 		 457 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.679087 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4625  Propeptide PepSY amd peptidase M4  34.35 
 
 		 512 aa  234  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0791517  normal  0.93462 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2319  propeptide, PepSY amd peptidase M4  34.76 
 
 		 461 aa  232  1e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0201  peptidase  33.26 
 
 		 451 aa  229  7e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2702  peptidase  32.58 
 
 		 487 aa  219  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3144  sulfite reductase  36.56 
 
 		 456 aa  218  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2067  PepSY-associated TM helix domain protein  33.05 
 
 		 472 aa  213  5.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4063  peptidase  31.87 
 
 		 489 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3458  peptidase  31.31 
 
 		 491 aa  208  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5663  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.59 
 
 		 459 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0572  PepSY-associated TM helix domain protein  32.18 
 
 		 458 aa  186  7e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.472751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3047  PepSY-associated TM helix domain protein  33.72 
 
 		 456 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.136247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2923  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  34.39 
 
 		 460 aa  181  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.339688 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3148  PepSY-associated TM helix domain protein  34.61 
 
 		 460 aa  179  9e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.11538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02130  sulfite reductase  30.16 
 
 		 530 aa  177  5e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0161924  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2883  hypothetical protein  29.26 
 
 		 450 aa  176  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0901265  hitchhiker  0.000521416 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4447  peptidase  31.55 
 
 		 518 aa  169  8e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.251853  normal  0.436375 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3266  hypothetical protein  29.4 
 
 		 479 aa  169  9e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.634571  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4082  PepSY-associated TM helix domain protein  28.57 
 
 		 489 aa  167  2.9999999999999998e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.16128  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4489  sulfite reductase [NADPH], flavoprotein, alpha subunit  27.29 
 
 		 433 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0373  hypothetical protein  27.79 
 
 		 433 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4875  hypothetical protein  26.96 
 
 		 433 aa  147  3e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4507  sulfite reductase [NADPH], flavoprotein, alpha subunit  27.72 
 
 		 433 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4901  hypothetical protein  26.87 
 
 		 433 aa  145  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4891  hypothetical protein  27.51 
 
 		 433 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4866  hypothetical protein  27.16 
 
 		 433 aa  143  6e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4584  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.19 
 
 		 433 aa  143  8e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4651  hypothetical protein  27.37 
 
 		 433 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5006  hypothetical protein  27.37 
 
 		 433 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1630  hypothetical protein  29.16 
 
 		 461 aa  140  3.9999999999999997e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0107193  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1502  peptidase  23.64 
 
 		 446 aa  135  9.999999999999999e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1531  peptidase  23.64 
 
 		 446 aa  135  9.999999999999999e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3353  Propeptide PepSY amd peptidase M4  28.51 
 
 		 493 aa  133  6e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.765099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7006  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.53 
 
 		 560 aa  130  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.103084  normal  0.241919 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2870  putative integral membrane protein  27.9 
 
 		 469 aa  127  5e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4790  Propeptide PepSY amd peptidase M4  27.98 
 
 		 489 aa  126  9e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1600  PepSY-associated TM helix  28.57 
 
 		 464 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.239487  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1624  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 464 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1570  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.51 
 
 		 464 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.105469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2252  PepSY-associated TM helix domain protein  26.57 
 
 		 520 aa  106  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.31682  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4207  peptidase  28.45 
 
 		 490 aa  104  4e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2687  PepSY-associated TM helix  25.64 
 
 		 464 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3977  PepSY-associated TM helix domain protein  26.33 
 
 		 483 aa  102  2e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.134146  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1654  PepSY-associated TM helix domain protein  26.92 
 
 		 479 aa  99.4  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11710  uncharacterized iron-regulated membrane protein  25.37 
 
 		 486 aa  99.4  1e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0768282  normal  0.550676 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1780  PepSY-associated TM helix domain protein  25.97 
 
 		 488 aa  99.4  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.40116 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3648  putative iron-regulated membrane protein  24.64 
 
 		 472 aa  99.8  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.119895  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1919  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.9 
 
 		 464 aa  95.9  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.355321  normal  0.221484 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2159  peptidase  27.82 
 
 		 474 aa  90.1  7e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2587  Propeptide PepSY amd peptidase M4  27.95 
 
 		 486 aa  87  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1603  putative iron-regulated membrane protein  25.92 
 
 		 495 aa  84.7  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2830  PepSY-associated TM helix domain protein  24.95 
 
 		 507 aa  84  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.942277  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.85 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  21.63 
 
 		 381 aa  80.9  0.00000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2525  PepSY-associated TM helix domain protein  23.19 
 
 		 507 aa  76.6  0.0000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1842  PepSY-associated TM helix domain protein  25.59 
 
 		 484 aa  76.6  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.829813  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  21.36 
 
 		 410 aa  73.9  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  23.83 
 
 		 388 aa  73.9  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  21.87 
 
 		 385 aa  73.9  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.76 
 
 		 850 aa  73.9  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  20.67 
 
 		 381 aa  72.8  0.00000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.06 
 
 		 851 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  21.98 
 
 		 394 aa  72  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.19 
 
 		 850 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.44 
 
 		 849 aa  70.1  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3085  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.21 
 
 		 455 aa  69.3  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0746465 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  24.93 
 
 		 360 aa  68.6  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  27.49 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  25.6 
 
 		 840 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  21.51 
 
 		 459 aa  66.2  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5756  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.86 
 
 		 388 aa  63.2  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  36.61 
 
 		 406 aa  63.2  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.26 
 
 		 843 aa  62  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  28.57 
 
 		 405 aa  60.8  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  23.04 
 
 		 398 aa  60.1  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  25.54 
 
 		 397 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  26.92 
 
 		 850 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  23.08 
 
 		 391 aa  58.9  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58560  oxidoreductase  26.7 
 
 		 850 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  29.11 
 
 		 381 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.39 
 
 		 382 aa  57.4  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  21.83 
 
 		 425 aa  56.6  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>