More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Synpcc7942_2548 on replicon NC_007604
Organism: Synechococcus elongatus PCC 7942



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007604  Synpcc7942_2548  isopropylmalate isomerase small subunit  100 
 
 
202 aa  407  1e-113  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0488432  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5027  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  61.19 
 
 
201 aa  274  5e-73  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.162476  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3966  isopropylmalate isomerase small subunit  61.19 
 
 
202 aa  273  1.0000000000000001e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.05677  normal  0.0175805 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3629  isopropylmalate isomerase small subunit  58.97 
 
 
206 aa  264  5e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3810  isopropylmalate isomerase small subunit  62.24 
 
 
197 aa  264  7e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3761  isopropylmalate isomerase small subunit  62.24 
 
 
197 aa  264  7e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1327  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  60.2 
 
 
197 aa  246  2e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.507856  normal  0.452578 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0257  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  56.84 
 
 
204 aa  233  1.0000000000000001e-60  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24681  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  58.95 
 
 
210 aa  233  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1621  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  54.17 
 
 
206 aa  230  9e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03331  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  54.17 
 
 
206 aa  230  9e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2087  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  52.11 
 
 
204 aa  219  3e-56  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02811  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  51.83 
 
 
207 aa  213  9.999999999999999e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0257  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.39 
 
 
207 aa  209  2e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.420219  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0321  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  54.27 
 
 
203 aa  209  3e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00352929  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02771  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  46.67 
 
 
207 aa  209  3e-53  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.385201  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0643  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.28 
 
 
206 aa  209  3e-53  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0871  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.75 
 
 
217 aa  204  5e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02781  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  45.6 
 
 
212 aa  204  6e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02881  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  45.83 
 
 
206 aa  204  1e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.130398  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0900  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.03 
 
 
223 aa  201  5e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2681  isopropylmalate isomerase small subunit  48.7 
 
 
201 aa  199  1.9999999999999998e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1847  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  50 
 
 
201 aa  192  3e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2764  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.74 
 
 
211 aa  189  2.9999999999999997e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2657  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.58 
 
 
214 aa  187  1e-46  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1602  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.64 
 
 
201 aa  176  2e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0187865 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0667  isopropylmalate isomerase small subunit  43.08 
 
 
202 aa  164  1.0000000000000001e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1545  aconitate hydratase domain protein  44.21 
 
 
209 aa  150  1e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.831045  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3825  isopropylmalate isomerase small subunit  39.27 
 
 
201 aa  127  8.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0078  isopropylmalate isomerase small subunit  37.37 
 
 
201 aa  127  9.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  37.37 
 
 
201 aa  126  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  37.37 
 
 
201 aa  126  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3586  isopropylmalate isomerase small subunit  37.37 
 
 
201 aa  126  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000223756 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  37.37 
 
 
201 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0074  isopropylmalate isomerase small subunit  37.37 
 
 
201 aa  126  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  37.37 
 
 
201 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00072  hypothetical protein  37.37 
 
 
201 aa  126  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0338  isopropylmalate isomerase small subunit  39.79 
 
 
201 aa  126  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00370617  normal  0.442563 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3271  isopropylmalate isomerase small subunit  40.34 
 
 
208 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0076  isopropylmalate isomerase small subunit  36.87 
 
 
201 aa  125  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0389  isopropylmalate isomerase small subunit  38.27 
 
 
201 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0119  isopropylmalate isomerase small subunit  36.36 
 
 
201 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3469  isopropylmalate isomerase small subunit  38.58 
 
 
201 aa  121  6e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068645  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0400  isopropylmalate isomerase small subunit  37.76 
 
 
201 aa  121  7e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0414  isopropylmalate isomerase small subunit  37.76 
 
 
201 aa  121  7e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000110574 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0388  isopropylmalate isomerase small subunit  37.76 
 
 
201 aa  121  7e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0371  isopropylmalate isomerase small subunit  39.27 
 
 
201 aa  121  7e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0122  isopropylmalate isomerase small subunit  35.86 
 
 
201 aa  121  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14126  normal  0.46492 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3585  isopropylmalate isomerase small subunit  39.27 
 
 
201 aa  121  9e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  36.87 
 
 
201 aa  120  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  36.36 
 
 
201 aa  120  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0474  isopropylmalate isomerase small subunit  38.07 
 
 
201 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  36.36 
 
 
201 aa  120  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0396  isopropylmalate isomerase small subunit  39.09 
 
 
201 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000184497 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0337  isopropylmalate isomerase small subunit  37.17 
 
 
201 aa  119  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.999258  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4233  isopropylmalate isomerase small subunit  37.17 
 
 
201 aa  118  6e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4547  isopropylmalate isomerase small subunit  37.56 
 
 
201 aa  117  9e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.258236  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3758  isopropylmalate isomerase small subunit  39.06 
 
 
201 aa  117  9e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.113881 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0619  isopropylmalate isomerase small subunit  36.13 
 
 
201 aa  117  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.12131 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03088  isopropylmalate isomerase small subunit  38.64 
 
 
201 aa  117  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3817  isopropylmalate isomerase small subunit  36.13 
 
 
201 aa  116  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0863  isopropylmalate isomerase small subunit  35.64 
 
 
212 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000359889  hitchhiker  0.000927879 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2163  isopropylmalate isomerase small subunit  41.61 
 
 
216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  34.18 
 
 
200 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1246  isopropylmalate isomerase small subunit  43.66 
 
 
204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  38.65 
 
 
218 aa  113  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  35.78 
 
 
216 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  35.78 
 
 
216 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00814  isopropylmalate isomerase small subunit  35.79 
 
 
200 aa  112  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1382  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  39.86 
 
 
215 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.758839  normal  0.419844 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1446  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  39.86 
 
 
215 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00452839  normal  0.703119 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001659  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  35.79 
 
 
200 aa  112  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.57325  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1048  isopropylmalate isomerase small subunit  38.85 
 
 
216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1811  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  41.45 
 
 
240 aa  112  4.0000000000000004e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.382373  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0374  isopropylmalate isomerase small subunit  35.79 
 
 
200 aa  112  4.0000000000000004e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0083  isopropylmalate isomerase small subunit  41.67 
 
 
201 aa  112  5e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.384389  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2068  isopropylmalate isomerase small subunit  34.74 
 
 
200 aa  112  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5021  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  37.25 
 
 
214 aa  111  9e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.447275  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2092  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  40.79 
 
 
216 aa  111  9e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0181351  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4211  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  33.33 
 
 
198 aa  110  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2473  isopropylmalate isomerase small subunit  32.06 
 
 
216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0929979  normal  0.412419 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  37.01 
 
 
214 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  38.96 
 
 
214 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2312  isopropylmalate isomerase small subunit  31.58 
 
 
216 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.845153  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  38.06 
 
 
214 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3798  isopropylmalate isomerase small subunit  33.67 
 
 
200 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5237  isopropylmalate isomerase small subunit  38.71 
 
 
217 aa  109  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.597573 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0040  isopropylmalate isomerase small subunit  41.38 
 
 
200 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00442875 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  37.66 
 
 
214 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0186  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  41.43 
 
 
198 aa  108  5e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506413  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1548  isopropylmalate isomerase small subunit  42.45 
 
 
204 aa  108  5e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0663452 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2521  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  36.13 
 
 
210 aa  108  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0949356 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1935  isopropylmalate isomerase small subunit  32.85 
 
 
216 aa  108  7.000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.217033  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1780  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  41.22 
 
 
213 aa  108  7.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.972609  hitchhiker  0.00157972 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  33.16 
 
 
200 aa  108  7.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1989  isopropylmalate isomerase small subunit  38.93 
 
 
216 aa  107  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.108393  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1921  isopropylmalate isomerase small subunit  39.87 
 
 
212 aa  107  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.691189  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2132  isopropylmalate isomerase small subunit  39.74 
 
 
216 aa  107  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0198572 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1984  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  34.52 
 
 
199 aa  107  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.440019 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1573  isopropylmalate isomerase small subunit  36.91 
 
 
216 aa  107  1e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.292006  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>