244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4367 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3738  hypothetical protein  79.52 
 
 
467 aa  753    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00183877  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4367  major facilitator transporter  100 
 
 
493 aa  999    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0248  major facilitator transporter  46.5 
 
 
486 aa  436  1e-121  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.135747  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2049  Na+/melibiose symporter and related transporters-like protein  35.15 
 
 
469 aa  271  2e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.962314  normal  0.648168 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4221  major facilitator transporter  32.03 
 
 
472 aa  259  9e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.218171  normal  0.657626 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2315  hypothetical protein  32.31 
 
 
511 aa  224  2e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.276879  normal  0.0219591 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3858  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  27.49 
 
 
469 aa  147  4.0000000000000006e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.784369  normal  0.0678057 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0685  Na+/melibiose symporter and related transporters-like  24.52 
 
 
455 aa  138  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000328828 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2680  major facilitator transporter  24.37 
 
 
475 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2906  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  25.75 
 
 
460 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3190  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  25.71 
 
 
460 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.712372 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2335  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  26.27 
 
 
476 aa  130  7.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1406  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  26.06 
 
 
471 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.455319  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3583  galactoside symporter  26.03 
 
 
475 aa  124  4e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.012026 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0571  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.72 
 
 
457 aa  124  5e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.74034  normal  0.0218606 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3387  major facilitator superfamily MFS_1  26.1 
 
 
475 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0724765 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0290  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  26.02 
 
 
472 aa  115  2.0000000000000002e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000222424  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4954  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.6 
 
 
463 aa  111  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0843133  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3708  sugar:cation symporter family protein  23.22 
 
 
442 aa  110  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2611  major facilitator transporter  26.35 
 
 
480 aa  106  9e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.803344  normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0575  major facilitator transporter  26.45 
 
 
461 aa  106  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2613  sodium:galactoside symporter family protein  26.98 
 
 
453 aa  104  4e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.777957  normal  0.0752663 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0269  major facilitator transporter  27.09 
 
 
506 aa  103  8e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41542  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1395  hypothetical protein  24.02 
 
 
443 aa  103  9e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525698 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3697  sugar:cation symporter family protein  26.42 
 
 
467 aa  100  6e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.455392  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2284  putative cation symporter  24.19 
 
 
461 aa  100  9e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00974122 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3732  sugar:cation symporter family protein  24.69 
 
 
443 aa  98.6  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1315  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.13 
 
 
442 aa  95.9  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2191  Na+/melibiose symporter and related transporter-like protein  26.88 
 
 
445 aa  95.9  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4313  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.56 
 
 
497 aa  95.1  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0453293  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0764  sugar glycoside-pentoside-hexuronide (GPH):cation symporter family protein  24.09 
 
 
454 aa  92  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00819234  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1592  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  26 
 
 
464 aa  92.4  2e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.00442608  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1071  Na+/melibiose symporter and related transporter-like protein  26.53 
 
 
445 aa  91.7  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0679  major facilitator transporter  25 
 
 
439 aa  90.9  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000876885  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0748  sodium:glactoside symporter family protein  24.14 
 
 
454 aa  90.5  7e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.329176  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2105  sodium:galactoside symporter family protein  23.57 
 
 
443 aa  90.1  7e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.366774  normal  0.477059 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0071  melibiose:sodium symporter  24.33 
 
 
448 aa  90.1  8e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00245996  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0430  major facilitator transporter  24.06 
 
 
503 aa  90.1  8e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2664  hypothetical protein  23.76 
 
 
486 aa  89.4  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2602  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  22.92 
 
 
475 aa  89  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.178809  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3256  oligogalacturonide transporter  25.61 
 
 
508 aa  89  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0819  oligogalacturonide transporter  22.88 
 
 
524 aa  89  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4014  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.59 
 
 
466 aa  88.2  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85917  normal  0.255078 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1401  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.24 
 
 
444 aa  88.2  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.738999  normal  0.0455356 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2993  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.4 
 
 
475 aa  88.6  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.624539  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1619  Na+/melibiose symporter and related transporter-like protein  26.28 
 
 
436 aa  87.8  4e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2835  putative transport protein  25.12 
 
 
508 aa  87.8  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2756  putative transport protein  25.12 
 
 
508 aa  87.8  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000301777  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1449  putative transport protein  25.12 
 
 
508 aa  87.4  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0118167  normal  0.558521 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2498  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  22.7 
 
 
480 aa  87.4  6e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.358109  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1215  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.43 
 
 
441 aa  86.7  9e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.525269  normal  0.0570071 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2608  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.54 
 
 
442 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2155  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  25.16 
 
 
471 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00011339  normal  0.022313 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3175  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  23.38 
 
 
442 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664881  normal  0.904255 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1130  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.17 
 
 
441 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4415  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  36.84 
 
 
552 aa  85.1  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2992  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.19 
 
 
472 aa  84.7  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4479  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  36.84 
 
 
552 aa  85.1  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.176062 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1182  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.43 
 
 
441 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.020658  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2081  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.26 
 
 
481 aa  84  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0834729  hitchhiker  0.000000228967 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3985  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  22.95 
 
 
476 aa  83.2  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.439786  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3314  glucuronide transporter  24.94 
 
 
457 aa  82.8  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1994  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.95 
 
 
481 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00859833  hitchhiker  0.00113965 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1981  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.15 
 
 
481 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00156524  hitchhiker  0.000367008 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0200  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  37.72 
 
 
544 aa  82.8  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1070  major facilitator transporter  26.82 
 
 
471 aa  83.2  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02748  cation symporter  23.63 
 
 
462 aa  81.6  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1269  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.85 
 
 
465 aa  81.3  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.727469  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2853  sugar transporter  25.49 
 
 
485 aa  81.6  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.563006  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2444  major facilitator transporter  22.73 
 
 
527 aa  80.9  0.00000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5398  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  22.72 
 
 
471 aa  80.1  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.243683  normal  0.179969 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2052  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  31.68 
 
 
471 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2706  hypothetical protein  33.64 
 
 
625 aa  77.4  0.0000000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1391  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.05 
 
 
461 aa  76.6  0.0000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0776  Zinc finger-domain-containing protein  24.04 
 
 
447 aa  76.3  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0781581 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0733  sodium:glactoside symporter family protein  23.2 
 
 
465 aa  75.9  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.958172  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2997  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.62 
 
 
484 aa  75.9  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.738547  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3365  oligogalacturonide transporter  25.44 
 
 
508 aa  75.5  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13771  GPH family sugar transporter  35.86 
 
 
472 aa  75.9  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.66133  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05681  GPH family sugar transporter  35.14 
 
 
480 aa  75.5  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1146  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.74 
 
 
442 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3872  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.76 
 
 
469 aa  75.1  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0353  major facilitator transporter  41.67 
 
 
464 aa  75.1  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.939472  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0907  Na+/melibiose symporter and related transporters-like  30.13 
 
 
538 aa  74.7  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000225717  decreased coverage  0.000000181101 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0701  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.84 
 
 
478 aa  75.1  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.657348  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4645  melibiose:sodium symporter  23.08 
 
 
476 aa  74.3  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.752392  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5634  melibiose:sodium symporter  24.76 
 
 
481 aa  73.9  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4586  melibiose:sodium symporter  24.76 
 
 
481 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4361  melibiose:sodium symporter  24.76 
 
 
473 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4674  melibiose:sodium symporter  24.76 
 
 
473 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3907  melibiose:sodium symporter  24.76 
 
 
473 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03991  melibiose:sodium symporter  24.76 
 
 
469 aa  73.9  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03952  hypothetical protein  24.76 
 
 
469 aa  73.9  0.000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2095  GPH family sugar transporter  34.75 
 
 
442 aa  73.6  0.000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1019  major facilitator transporter  28.99 
 
 
500 aa  73.2  0.000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1387  major facilitator superfamily transport protein  36.52 
 
 
468 aa  73.2  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0294045  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0997  Na+/melibiose symporter and related transporters-like  23.32 
 
 
475 aa  72.4  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.281913  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3075  Na+/melibiose symporter and related transporters-like protein  29.25 
 
 
482 aa  72  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.818183  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0657  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  29.7 
 
 
465 aa  72  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.242235  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4554  melibiose:sodium symporter  22.64 
 
 
476 aa  72.4  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>