More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0141 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  633  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  77.1 
 
 		 297 aa  488  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  67.47 
 
 		 292 aa  423  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 313 aa  272  5.000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  38.95 
 
 		 294 aa  203  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 300 aa  202  8e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 296 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  38.25 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 295 aa  185  9e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  36.65 
 
 		 295 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 295 aa  182  7e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  37.72 
 
 		 315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 311 aa  179  5.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 326 aa  178  8e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 302 aa  175  7e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 291 aa  175  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  34.59 
 
 		 290 aa  170  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 296 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  35.31 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 292 aa  166  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 304 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 292 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  32.39 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 291 aa  156  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  152  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 293 aa  148  9e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  30 
 
 		 287 aa  142  5e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 287 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 287 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 287 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 290 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 287 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 287 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3300  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3411  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 296 aa  126  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 295 aa  125  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 299 aa  125  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 283 aa  125  7e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  30.48 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  29.97 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0922  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 294 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.534573  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5696  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1442  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2730  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  29.27 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1745  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2378  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2357  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1330  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.27 
 
 		 292 aa  116  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 294 aa  116  6e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2083  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 294 aa  116  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.163485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0697  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 294 aa  116  6e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2531  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 294 aa  116  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.88 
 
 		 294 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.434273  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2275  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2393  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2262  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 306 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4003  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 294 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.684934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 299 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 299 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 299 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4116  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 294 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 306 aa  112  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 296 aa  112  9e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3513  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 284 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3586  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 294 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 292 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  28.75 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3489  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>