More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5059 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009508  Swit_5059  transcriptional regulator IclR-like protein  100 
 
 		 254 aa  513  1.0000000000000001e-145  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.487025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11734  transcriptional regulator  39.39 
 
 		 259 aa  161  9e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2326  IclR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 257 aa  151  8e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00931512  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1222  transcriptional regulator, IclR family  36.16 
 
 		 244 aa  133  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0155  regulatory proteins, IclR  34.86 
 
 		 243 aa  121  8e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.269234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3492  regulatory proteins, IclR  34.32 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  30.77 
 
 		 259 aa  113  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51530  multidrug efflux pump operon transcriptional regulator protein  36.05 
 
 		 261 aa  112  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1334  IclR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 259 aa  112  6e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  29.58 
 
 		 265 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2866  regulatory protein, IclR  33.62 
 
 		 260 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0800  transcriptional regulator  32.67 
 
 		 260 aa  105  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  29 
 
 		 248 aa  104  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  29.6 
 
 		 256 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19700  transcriptional regulator, IclR family  34.47 
 
 		 272 aa  103  3e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.089385  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0265  transcriptional regulator, IclR family  31.08 
 
 		 264 aa  102  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 276 aa  101  9e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4376  transcriptional regulator, IclR family  32.52 
 
 		 278 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  32.72 
 
 		 280 aa  100  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  30.42 
 
 		 263 aa  99.8  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3712  IclR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 269 aa  99.4  5e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382183  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 263 aa  99  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2558  IclR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 249 aa  99  7e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1652  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 257 aa  98.6  8e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.156826  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 284 aa  97.8  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4271  IclR family transcriptional regulator family  27.59 
 
 		 284 aa  97.8  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  28.44 
 
 		 276 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  27.51 
 
 		 274 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  27.51 
 
 		 274 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  27.51 
 
 		 274 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  27.51 
 
 		 274 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  27.51 
 
 		 274 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  27.51 
 
 		 274 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  27.51 
 
 		 274 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  27.51 
 
 		 274 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2434  transcriptional regulator, IclR family  28.78 
 
 		 255 aa  96.3  5e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0257982  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 284 aa  95.9  5e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  29.57 
 
 		 263 aa  95.9  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 		 256 aa  95.9  6e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  30.8 
 
 		 295 aa  95.9  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 260 aa  95.5  7e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0697  IclR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 293 aa  95.5  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.734635  decreased coverage  0.00216711 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  28.92 
 
 		 263 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.92 
 
 		 263 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 263 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  28.28 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  28.28 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  27.02 
 
 		 277 aa  94.4  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  28.92 
 
 		 263 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  28.92 
 
 		 263 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  28.92 
 
 		 263 aa  94.7  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  28.28 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  28.92 
 
 		 263 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  28.28 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  28.28 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 272 aa  94.4  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  28.08 
 
 		 261 aa  94.4  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  29.18 
 
 		 263 aa  94  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2854  transcriptional regulator, IclR family  29.44 
 
 		 285 aa  93.6  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  28 
 
 		 276 aa  93.2  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  28.02 
 
 		 263 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  28.02 
 
 		 263 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1604  IclR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 259 aa  92.8  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379428  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  28.02 
 
 		 263 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 263 aa  93.2  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  28.02 
 
 		 263 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  28.02 
 
 		 263 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 268 aa  92.4  6e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3545  transcriptional regulator, IclR family  31.53 
 
 		 254 aa  92  8e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0480157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  28.69 
 
 		 263 aa  91.7  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2257  IclR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 259 aa  91.3  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  27.43 
 
 		 275 aa  91.7  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  28.02 
 
 		 263 aa  91.7  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0116  IclR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 550 aa  91.3  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  28.51 
 
 		 263 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2596  IclR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 256 aa  90.5  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2981  transcriptional regulator, IclR family  30.94 
 
 		 285 aa  90.9  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3754  regulatory protein, IclR  26.92 
 
 		 275 aa  90.5  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 263 aa  90.9  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26680  transcriptional regulator  28.91 
 
 		 270 aa  90.9  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0674048  normal  0.161023 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0325  regulatory proteins, IclR  29.13 
 
 		 257 aa  90.5  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.339851 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  28.69 
 
 		 263 aa  90.9  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1998  IclR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 250 aa  90.5  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  30.25 
 
 		 279 aa  90.1  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5943  transcriptional regulator, IclR family  30.2 
 
 		 257 aa  90.1  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  27.16 
 
 		 280 aa  89.7  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  29.05 
 
 		 265 aa  89.7  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  27.16 
 
 		 280 aa  89.7  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  25.51 
 
 		 260 aa  89.7  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  27.16 
 
 		 280 aa  89.7  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6906  IclR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 264 aa  89.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  32.76 
 
 		 269 aa  89.4  6e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2718  transcriptional regulator, IclR family  27.63 
 
 		 265 aa  88.6  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  28.7 
 
 		 257 aa  88.6  8e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1993  IclR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 264 aa  88.6  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.321176  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6262  IclR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 260 aa  87.8  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4201  transcriptional regulator, IclR family  29.56 
 
 		 254 aa  88.6  1e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  24.69 
 
 		 260 aa  88.2  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2713  IclR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 281 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0235576  normal  0.170928 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  29.2 
 
 		 308 aa  88.2  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>