90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0570 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0570  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  100 
 
 		 394 aa  786    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2085  extracellular ligand-binding receptor  50.14 
 
 		 356 aa  355  5.999999999999999e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.137371  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0264  extracellular ligand-binding receptor  56.14 
 
 		 378 aa  348  1e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241284  normal  0.379489 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3584  extracellular ligand-binding receptor  36.26 
 
 		 413 aa  192  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0404  extracellular ligand-binding receptor  36.2 
 
 		 403 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.697779  normal  0.706576 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0190  hypothetical protein  32.34 
 
 		 407 aa  172  1e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.613594  normal  0.386647 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0422  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 399 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3694  hypothetical protein  34.38 
 
 		 408 aa  168  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.61828  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0437  extracellular ligand-binding receptor  35.85 
 
 		 401 aa  168  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0602967  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0472  extracellular ligand-binding receptor  35.61 
 
 		 399 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0291  Extracellular ligand-binding receptor  34.07 
 
 		 403 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.28159 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0148  extracellular ligand-binding receptor  32.82 
 
 		 403 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0398  extracellular ligand-binding receptor  32.65 
 
 		 399 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0322  extracellular ligand-binding receptor  32.54 
 
 		 400 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.809903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0183  hypothetical protein  32.41 
 
 		 415 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3284  extracellular ligand-binding receptor  32.94 
 
 		 425 aa  159  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0327  extracellular ligand-binding receptor  32.74 
 
 		 399 aa  156  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19118  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3012  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  30.98 
 
 		 420 aa  151  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2940  extracellular ligand-binding receptor  35.21 
 
 		 421 aa  151  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0026  Extracellular ligand-binding receptor  35.47 
 
 		 398 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4012  hypothetical protein  31.81 
 
 		 402 aa  147  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101541  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.3 
 
 		 391 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.10614 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0023  extracellular ligand-binding receptor  35.03 
 
 		 404 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0459  hypothetical protein  31.71 
 
 		 391 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1812  hypothetical protein  31.71 
 
 		 391 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3957  hypothetical protein  28.82 
 
 		 400 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1534  putative lipoprotein-like protein  31.38 
 
 		 402 aa  125  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.75635  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2832  hypothetical protein  29.97 
 
 		 394 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0190613  normal  0.571034 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0447  extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 		 394 aa  110  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.766827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0898  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  27.92 
 
 		 370 aa  94  5e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2581  hypothetical protein  29.82 
 
 		 354 aa  92.8  9e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0732986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1037  extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 		 643 aa  88.6  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000129321  unclonable  0.0000121148 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3138  hypothetical protein  29.6 
 
 		 419 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3300  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.31 
 
 		 676 aa  66.2  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464162 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0185  putative lipoprotein  29.48 
 
 		 625 aa  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3066  hypothetical protein  22.83 
 
 		 603 aa  60.8  0.00000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2923  hypothetical protein  22.51 
 
 		 603 aa  58.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3354  putative lipoprotein  22.91 
 
 		 595 aa  57  0.0000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3118  hypothetical protein  34.11 
 
 		 494 aa  57.4  0.0000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0389  LppC family lipoprotein  25.14 
 
 		 607 aa  56.6  0.0000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.743997  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3863  Extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 		 651 aa  55.5  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0863227 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.24 
 
 		 399 aa  54.3  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57480  putative lipoprotein  24.09 
 
 		 604 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1763  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.03 
 
 		 677 aa  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 		 388 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0446  extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 		 451 aa  50.8  0.00004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6489  extracellular ligand-binding receptor  24.26 
 
 		 387 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225285  normal  0.518138 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  21.45 
 
 		 394 aa  50.4  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  22.58 
 
 		 381 aa  50.1  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0533  Extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 		 393 aa  49.7  0.00009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000200352 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.7 
 
 		 376 aa  49.3  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0585  Extracellular ligand-binding receptor  22.13 
 
 		 453 aa  48.9  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  23.08 
 
 		 386 aa  48.9  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1489  Legumain  25.3 
 
 		 741 aa  48.5  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.26033 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 		 387 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2200  LppC putative lipoprotein  25 
 
 		 596 aa  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 		 402 aa  47.8  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4995  putative lipoprotein  26.26 
 
 		 604 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.713572  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0592  extracellular ligand-binding receptor  21.33 
 
 		 447 aa  48.1  0.0003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.944632  hitchhiker  0.0000426056 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00891  hypothetical protein  25.97 
 
 		 603 aa  47.8  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4684  LppC putative lipoprotein  22.49 
 
 		 603 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0260  lipoprotein antigen  21.43 
 
 		 396 aa  47.4  0.0004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1583  extracellular ligand-binding receptor  20.66 
 
 		 450 aa  47.8  0.0004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2204  LppC family lipoprotein  27.5 
 
 		 628 aa  47  0.0006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.972417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1933  putative lipoprotein  21.35 
 
 		 394 aa  47  0.0006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.814696  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.44 
 
 		 395 aa  47  0.0006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  31.96 
 
 		 379 aa  47  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0911  LppC family lipoprotein  25.82 
 
 		 602 aa  46.6  0.0008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  23.17 
 
 		 398 aa  46.2  0.0009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  22.48 
 
 		 382 aa  45.8  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 		 377 aa  45.8  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0273  LppC putative lipoprotein  23.51 
 
 		 603 aa  45.8  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000539466  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2894  hypothetical protein  24.57 
 
 		 644 aa  45.4  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.382794  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 		 383 aa  45.1  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0227  LppC family lipoprotein  32.1 
 
 		 634 aa  44.7  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.238094 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2555  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.21 
 
 		 606 aa  44.3  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305617 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0356  LppC putative lipoprotein  20 
 
 		 629 aa  44.7  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2102  LppC family lipoprotein  23.64 
 
 		 631 aa  44.3  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0105  ABC-type transport systems, periplasmic component  22.19 
 
 		 627 aa  44.3  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0352  LppC family lipoprotein  27.84 
 
 		 634 aa  44.3  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.184471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 		 388 aa  43.5  0.006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  20.54 
 
 		 396 aa  43.5  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  22.82 
 
 		 397 aa  43.9  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 		 379 aa  43.5  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 		 419 aa  43.5  0.007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2361  extracellular ligand-binding receptor  22.88 
 
 		 383 aa  43.1  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00517611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  22.29 
 
 		 380 aa  43.1  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  19.95 
 
 		 392 aa  43.1  0.009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0718  Extracellular ligand-binding receptor  22.35 
 
 		 412 aa  43.1  0.01  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  21.31 
 
 		 393 aa  42.7  0.01  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>