More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3590 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  100 
 
 		 316 aa  649    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 316 aa  350  2e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 321 aa  109  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  26.38 
 
 		 318 aa  100  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 322 aa  100  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 322 aa  95.9  9e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 322 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 322 aa  93.6  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 321 aa  92.4  8e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  23.61 
 
 		 325 aa  92.4  8e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 321 aa  90.1  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 322 aa  89.7  6e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  26.94 
 
 		 318 aa  89.4  8e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  24.38 
 
 		 322 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 322 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  23.62 
 
 		 324 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  21.94 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 324 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 324 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 324 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  24.23 
 
 		 327 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  24.54 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  25.96 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 328 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 332 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  21.8 
 
 		 321 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 350 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 350 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 314 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 334 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  28.87 
 
 		 321 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 317 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  22.6 
 
 		 326 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  28.88 
 
 		 317 aa  65.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2847  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 306 aa  65.5  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0690  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.393278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001963  putative transcriptional regulator LysR family  24.71 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.974844  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 320 aa  64.7  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 318 aa  65.1  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 320 aa  63.9  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00508  transcriptional regulator  24.41 
 
 		 308 aa  63.5  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 320 aa  63.5  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  21.98 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 317 aa  62.8  0.000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  21.32 
 
 		 323 aa  62.8  0.000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 327 aa  62.4  0.000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  21.59 
 
 		 332 aa  62.4  0.000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 301 aa  62.4  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 335 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 314 aa  62.4  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.73 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03530  transcriptional regulator  24.42 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0369459  hitchhiker  0.0000000000000400126 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  24.6 
 
 		 313 aa  60.8  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 312 aa  60.8  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1385  LysR family transcriptional regulator  22.65 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 320 aa  60.8  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 307 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 330 aa  60.5  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 308 aa  60.5  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 333 aa  60.1  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 307 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 313 aa  59.7  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 307 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 307 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 298 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 309 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.46 
 
 		 321 aa  58.5  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 323 aa  58.5  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  22.62 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 320 aa  57.8  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0948  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 308 aa  57  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 320 aa  57  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3988  putative transcriptional regulator SyrB  22.41 
 
 		 301 aa  57  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.859636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2656  transcriptional regulator  31.21 
 
 		 308 aa  57  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  24.3 
 
 		 310 aa  57  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2517  transcriptional regulator  31.21 
 
 		 308 aa  57  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0156688  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0241  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 308 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1620  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 308 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 310 aa  56.2  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 306 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 306 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 313 aa  56.2  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 301 aa  56.2  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>