More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2163 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2163  transport system permease protein  100 
 
 		 336 aa  644    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1034  iron-compound ABC transporter, permease protein  46.59 
 
 		 380 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4085  transport system permease protein  50 
 
 		 345 aa  300  3e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2962  transport system permease protein  46.89 
 
 		 375 aa  298  6e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0875  transport system permease protein  46.09 
 
 		 368 aa  296  2e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3381  transport system permease protein  49.85 
 
 		 351 aa  296  3e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0976  transport system permease protein  47.18 
 
 		 385 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3735  transport system permease protein  48.37 
 
 		 376 aa  295  7e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.864655 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3365  transport system permease protein  47.11 
 
 		 364 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1010  transport system permease protein  47.11 
 
 		 364 aa  294  1e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1117  transport system permease protein  51.06 
 
 		 349 aa  293  3e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3279  transport system permease protein  47.41 
 
 		 381 aa  291  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3181  transport system permease protein  47.56 
 
 		 382 aa  290  2e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0841  transport system permease protein  47.28 
 
 		 382 aa  290  4e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0761  iron-compound ABC transporter, permease protein  50.9 
 
 		 347 aa  288  6e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0713  transport system permease protein  48.62 
 
 		 347 aa  278  1e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  45.45 
 
 		 328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1140  transport system permease protein  41.74 
 
 		 340 aa  238  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  42.77 
 
 		 346 aa  229  5e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  45.88 
 
 		 336 aa  227  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4564  transport system permease protein  42.04 
 
 		 340 aa  226  4e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0562  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  41.27 
 
 		 348 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  40.38 
 
 		 352 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  41.7 
 
 		 362 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5104  transport system permease protein  42.45 
 
 		 347 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3575  transport system permease protein  45.32 
 
 		 332 aa  211  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0185  transport system permease protein  42.39 
 
 		 337 aa  210  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0173  transport system permease protein  42.43 
 
 		 336 aa  209  5e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.498895  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  44.52 
 
 		 334 aa  207  3e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  41.42 
 
 		 381 aa  203  3e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  40.56 
 
 		 341 aa  202  5e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1332  transport system permease protein  37.77 
 
 		 346 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.200312 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4492  ABC Fe3+ siderophore transporter, inner membrane subunit  41.52 
 
 		 346 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0869  transport system permease protein  41.22 
 
 		 346 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.911028  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1350  transport system permease protein  41.22 
 
 		 346 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4784  transport system permease protein  39.94 
 
 		 353 aa  197  2.0000000000000003e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5018  ABC transporter membrane spanning protein (iron (III))  42.86 
 
 		 327 aa  196  5.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2240  ABC transporter permease  43.21 
 
 		 343 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.513081  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  38.07 
 
 		 370 aa  196  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  41.78 
 
 		 367 aa  195  8.000000000000001e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2770  transport system permease protein  41.2 
 
 		 328 aa  195  9e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169159  normal  0.12894 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0881  iron chelate ABC transporter permease protein  41.46 
 
 		 371 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.626277  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2033  iron compound ABC transporter, permease protein  41.46 
 
 		 352 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.409984  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3206  FecCD-family membrane transporter protein  41.46 
 
 		 371 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1895  iron chelate ABC transporter permease protein  41.46 
 
 		 352 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.273368  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1609  transport system permease protein  41.3 
 
 		 338 aa  194  1e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3151  iron chelate ABC transporter permease protein  41.46 
 
 		 371 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2715  iron chelate ABC transporter permease protein  41.46 
 
 		 371 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  37.07 
 
 		 360 aa  194  2e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  38.05 
 
 		 371 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3190  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  41.11 
 
 		 371 aa  194  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  41.46 
 
 		 340 aa  192  7e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1415  iron compound ABC transporter, permease protein  39.94 
 
 		 366 aa  192  7e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  35.51 
 
 		 330 aa  191  1e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  40.9 
 
 		 348 aa  191  2e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  38.24 
 
 		 361 aa  191  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  39.3 
 
 		 340 aa  190  4e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  35.2 
 
 		 330 aa  189  7e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2321  transport system permease protein  40.89 
 
 		 346 aa  189  8e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  36.34 
 
 		 350 aa  187  2e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26360  putative permease of ABC transporter  42.5 
 
 		 343 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  36.87 
 
 		 337 aa  187  3e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  37.5 
 
 		 350 aa  187  3e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  38.53 
 
 		 370 aa  186  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0605  transport system permease protein  43.3 
 
 		 340 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  41.88 
 
 		 351 aa  181  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  37.17 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  37.17 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  37.17 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2730  transport system permease protein  41.38 
 
 		 350 aa  181  2e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.524665  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  37.73 
 
 		 369 aa  180  2e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3726  transport system permease protein  38.58 
 
 		 352 aa  181  2e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  42.14 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  34.42 
 
 		 348 aa  180  2e-44  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0466  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  37.27 
 
 		 347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  37.94 
 
 		 356 aa  180  2.9999999999999997e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  39.13 
 
 		 350 aa  179  5.999999999999999e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  39.2 
 
 		 360 aa  179  7e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  36.54 
 
 		 315 aa  179  7e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  34.15 
 
 		 348 aa  179  7e-44  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3791  transport system permease protein  41.84 
 
 		 361 aa  179  7e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0929474  normal  0.935471 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  34.42 
 
 		 348 aa  178  1e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3206  transport system permease protein  37.62 
 
 		 345 aa  178  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0442  transport system permease protein  42.14 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.168478 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0443  transport system permease protein  37.42 
 
 		 355 aa  177  2e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  37.54 
 
 		 363 aa  177  2e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4276  transport system permease protein  40 
 
 		 368 aa  177  2e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0583  transport system permease protein  37.05 
 
 		 331 aa  177  3e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.777741  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0039  transport system permease protein  35.39 
 
 		 336 aa  177  3e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00235157  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3323  transport system permease protein  40.26 
 
 		 343 aa  176  4e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.355798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  33.02 
 
 		 356 aa  176  7e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  34.85 
 
 		 366 aa  176  7e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  38.32 
 
 		 363 aa  176  7e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  41.94 
 
 		 315 aa  175  9e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  37.97 
 
 		 347 aa  175  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  37.58 
 
 		 358 aa  174  9.999999999999999e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  35.45 
 
 		 346 aa  173  2.9999999999999996e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0868  transport system permease protein  36.25 
 
 		 322 aa  173  5e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  30.75 
 
 		 373 aa  172  7.999999999999999e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1761  hemin transport system permease protein HmuU  33.13 
 
 		 326 aa  172  9e-42  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>