More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5274 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5274  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  646    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6249  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 325 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.475963 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 301 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2963  LysR, substrate-binding  31.05 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4915  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 307 aa  142  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 313 aa  139  7e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3156  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 303 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000483738  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 302 aa  139  8.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3439  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 303 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0327434  normal  0.240925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0695  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 303 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000273507  normal  0.730196 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0839  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3327  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.9019 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4263  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.934857 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5420  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.691388  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0839  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.771385  hitchhiker  0.0000128794 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3521  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00124324  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0814  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116496  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0846  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.579018  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 310 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  30.1 
 
 		 313 aa  136  5e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 312 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 313 aa  135  8e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 313 aa  135  8e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 303 aa  135  9e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 337 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1094  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  31.89 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  29.76 
 
 		 313 aa  133  3e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 303 aa  134  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0547  transcriptional regulator, LysR family protein  29.7 
 
 		 303 aa  133  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444887  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 335 aa  132  6e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0938  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1328  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.277671 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  29.07 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  31.47 
 
 		 309 aa  130  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  28.18 
 
 		 307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0854  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 311 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 303 aa  129  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  31.01 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 307 aa  129  6e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 304 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4487  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 323 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 323 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  28.09 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>