More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4864 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4864  transcriptional regulator IclR  100 
 
 		 254 aa  521  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727357  normal  0.5186 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0868  IclR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 252 aa  204  8e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3835  transcriptional regulator, IclR family  45.74 
 
 		 271 aa  203  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.790714  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0696  IclR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 250 aa  199  5e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.32521  hitchhiker  0.00513536 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4375  transcriptional regulator, IclR family  41.83 
 
 		 250 aa  198  6e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1998  IclR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 250 aa  198  9e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 250 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5946  IclR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 266 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4215  transcriptional regulator, IclR family  42.13 
 
 		 258 aa  186  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.0022938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2006  IclR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 274 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6219  IclR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4381  transcriptional regulator, IclR family  38.21 
 
 		 254 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4529  IclR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 273 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.143169 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4376  transcriptional regulator, IclR family  40.49 
 
 		 278 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4521  IclR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.948737 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 260 aa  178  5.999999999999999e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0697  IclR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.734635  decreased coverage  0.00216711 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0700  IclR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 254 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.456524  decreased coverage  0.00240678 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0800  transcriptional regulator  41.2 
 
 		 260 aa  175  5e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  37.5 
 
 		 254 aa  175  5e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4000  regulatory proteins, IclR  37.55 
 
 		 294 aa  175  5e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.198619  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3826  transcriptional regulator, IclR family  40 
 
 		 278 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0905  IclR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 252 aa  170  2e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.818194  normal  0.447729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1512  IclR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 252 aa  169  3e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.388908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0296  transcriptional regulator IclR-like protein  35.95 
 
 		 252 aa  168  6e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6222  IclR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 269 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  39.06 
 
 		 254 aa  167  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1993  IclR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 275 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.080856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3754  regulatory protein, IclR  38.46 
 
 		 275 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3350  transcriptional regulator IclR  35.2 
 
 		 260 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.618767 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1433  IclR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 255 aa  161  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0417  IclR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0284942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13880  transcriptional regulatory protein, IclR family  36.18 
 
 		 267 aa  154  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176969  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4595  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 257 aa  152  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  36.15 
 
 		 262 aa  151  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0416  regulatory proteins, IclR  31.3 
 
 		 246 aa  137  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000505949  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  32.23 
 
 		 256 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  31.6 
 
 		 263 aa  132  5e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4954  transcriptional regulator, IclR family  30.83 
 
 		 265 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  31.33 
 
 		 263 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1785  IclR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 272 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0108149 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  31.2 
 
 		 263 aa  130  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  30.92 
 
 		 263 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  32 
 
 		 263 aa  126  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  30.92 
 
 		 263 aa  126  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  32 
 
 		 263 aa  126  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  32 
 
 		 263 aa  126  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.92 
 
 		 263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  30.92 
 
 		 263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  30.92 
 
 		 263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  30.92 
 
 		 263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  30.92 
 
 		 263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  30.92 
 
 		 263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  32.35 
 
 		 290 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3857  transcriptional regulator, IclR family  34.73 
 
 		 287 aa  124  1e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 268 aa  124  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 267 aa  124  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  30.52 
 
 		 255 aa  124  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 272 aa  123  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6149  IclR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 261 aa  123  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.508102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  28.1 
 
 		 259 aa  123  3e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2335  transcriptional regulator, IclR family  31.15 
 
 		 249 aa  123  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 263 aa  123  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  30.4 
 
 		 263 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  30.4 
 
 		 263 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  30.4 
 
 		 263 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  30.4 
 
 		 263 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  30.4 
 
 		 263 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  29.6 
 
 		 263 aa  122  6e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  32.92 
 
 		 277 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0668  transcriptional regulator, IclR family  26.23 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000062061  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2514  IclR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  31 
 
 		 253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4081  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6969  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 283 aa  119  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3839  IclR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 264 aa  118  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  30.77 
 
 		 279 aa  117  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  27.8 
 
 		 261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1381  transcriptional regulator, IclR family  33.61 
 
 		 259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0265697  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2873  IclR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.394804 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 260 aa  116  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  27.02 
 
 		 267 aa  116  3.9999999999999997e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2370  IclR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 268 aa  115  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 263 aa  115  6.9999999999999995e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  27.35 
 
 		 256 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2596  IclR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0116  IclR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 550 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  28.8 
 
 		 276 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  27.73 
 
 		 295 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2225  Transcriptional regulator IclR  33.18 
 
 		 249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4028  IclR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 263 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_6015  IclR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 263 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.881109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4338  IclR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 263 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4749  transcriptional regulator, IclR family  34.8 
 
 		 253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  27.76 
 
 		 274 aa  113  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  27.76 
 
 		 274 aa  113  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  27.76 
 
 		 274 aa  113  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>