More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4600 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3943  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  55.73 
 
 		 906 aa  992    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.292729  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4600  ABC transporter related  100 
 
 		 903 aa  1822    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.680396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5606  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  63.77 
 
 		 904 aa  1177    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7130  ABC transporter related  63.72 
 
 		 904 aa  1181    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.444817 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5980  ABC transporter related  63.98 
 
 		 904 aa  1184    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2720  hypothetical protein  43.29 
 
 		 962 aa  612  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.617854  normal  0.2359 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4404  ABC transporter ATP-binding protein-like protein  42.11 
 
 		 943 aa  600  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.467453  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3370  putative multidrug ABC transporter, ATP-binding and permease protein  40.64 
 
 		 882 aa  553  1e-156  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0532146 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3676  cyclic nucleotide-binding protein  29.93 
 
 		 1043 aa  388  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.88824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2678  cyclic nucleotide-binding protein  29.43 
 
 		 1017 aa  359  9.999999999999999e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0916435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3250  ABC transporter related  28.28 
 
 		 831 aa  333  1e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1893  ABC transporter ATP-binding protein  30.45 
 
 		 887 aa  311  5e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.210446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0349  ABC transporter related  26.16 
 
 		 828 aa  303  9e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4031  ABC transporter related  26.68 
 
 		 833 aa  282  2e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.849006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0722  ATPase  26.7 
 
 		 834 aa  273  1e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4972  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  29.44 
 
 		 867 aa  217  8e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0604795 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4458  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  30.47 
 
 		 869 aa  207  9e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.844292 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4922  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  30.47 
 
 		 867 aa  206  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.125562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2335  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  32.83 
 
 		 901 aa  200  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345042  normal  0.121473 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0275  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  34.43 
 
 		 901 aa  192  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.11804  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1045  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  28.2 
 
 		 861 aa  191  7e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404163  normal  0.666922 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2552  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  31.96 
 
 		 429 aa  138  5e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.263362  normal  0.0193136 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0450  ABC transporter-related protein  22.03 
 
 		 586 aa  107  1e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2444  ABC transporter related  23.43 
 
 		 580 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.385044 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1224  ATPase  24.94 
 
 		 980 aa  103  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.25476  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2392  ABC transporter related  23.43 
 
 		 580 aa  102  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3501  ABC transporter related  22.13 
 
 		 575 aa  102  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0444  ABC transporter related  22.28 
 
 		 586 aa  102  4e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0532  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  21.29 
 
 		 586 aa  101  8e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.117534  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0584  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  22.53 
 
 		 586 aa  100  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0583  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  22.28 
 
 		 586 aa  98.6  5e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0496  ABC transporter ATP-binding/permease  21.03 
 
 		 586 aa  98.6  5e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.384636  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0439  ABC transporter ATP-binding and permease; multidrug resistance protein  21.03 
 
 		 586 aa  98.6  5e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.214785  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0528  ABC transporter permease/ATP-binding protein  21.03 
 
 		 586 aa  98.6  5e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.249641  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0511  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  21.03 
 
 		 586 aa  98.6  5e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4572  ABC transporter, transmembrane region  20.86 
 
 		 546 aa  97.8  9e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4793  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  21.8 
 
 		 586 aa  97.4  9e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.646278  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0435  ABC transporter ATP-binding and permease; multidrug resistance protein  21.77 
 
 		 586 aa  97.1  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.290198  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0047  ABC transporter related  22.37 
 
 		 580 aa  94.7  6e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00438981  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  22.94 
 
 		 574 aa  94.4  9e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2471  ABC transporter related protein  22.14 
 
 		 600 aa  94.4  9e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  22.94 
 
 		 574 aa  94  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  22.85 
 
 		 602 aa  93.6  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  23.63 
 
 		 592 aa  92.8  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1811  ABC transporter related  23.77 
 
 		 572 aa  93.2  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00064367  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0672  ABC transporter related  24.26 
 
 		 578 aa  93.6  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1495  ABC transporter-like protein protein  21.5 
 
 		 578 aa  92.4  3e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.155275  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1905  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.13 
 
 		 1000 aa  92.8  3e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0871226  normal  0.242471 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2209  ABC transporter related  22.89 
 
 		 687 aa  92.8  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.472222 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2265  ABC-type bacteriocin transporter  23.66 
 
 		 727 aa  92.4  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2302  ABC transporter related  26.38 
 
 		 577 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00861  ABC transporter, multi drug efflux family protein  25.19 
 
 		 975 aa  92.4  4e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.02392 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3578  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  23.54 
 
 		 1024 aa  92  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5326  ABC transporter related  24.33 
 
 		 654 aa  92  5e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1201  ABC transporter related protein  22.42 
 
 		 594 aa  91.3  8e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21520  ABC transporter related  23.03 
 
 		 468 aa  91.3  8e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2580  ABC transporter, ATP-binding protein/permease protein  19.25 
 
 		 566 aa  90.9  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2282  putative ABC transporter ATP-binding protein  19.25 
 
 		 566 aa  90.5  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2241  ABC transporter related protein  23.6 
 
 		 642 aa  90.1  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0105803  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1697  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components  24.2 
 
 		 631 aa  89.4  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20180  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  23.44 
 
 		 634 aa  89.4  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28848 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0528  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  25.26 
 
 		 1008 aa  89.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1150  ATPase  27.27 
 
 		 600 aa  89.4  3e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.144978  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0545  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  25.26 
 
 		 1008 aa  89.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.782135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6102  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  21.93 
 
 		 357 aa  89  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0139556 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0100  ABC transporter related  20.91 
 
 		 584 aa  88.6  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.995912  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2350  ABC transporter related protein  22.25 
 
 		 620 aa  88.6  5e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0719  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  22.45 
 
 		 717 aa  88.2  6e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00348631  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4923  ABC transporter related  23.19 
 
 		 593 aa  87.8  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0406307 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1304  ABC transporter related  20.41 
 
 		 617 aa  88.2  7e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2527  Type I secretion system ATPase, HlyB  25.13 
 
 		 976 aa  87.8  8e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.76843 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09410  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  23.17 
 
 		 721 aa  87.8  9e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129131  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0101  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  24.62 
 
 		 592 aa  87.4  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0762  ABC transporter related  22.93 
 
 		 605 aa  87.4  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0534  bacteriocin-processing peptidase  22.25 
 
 		 727 aa  87  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0782715  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4790  ABC transporter related  20.27 
 
 		 550 aa  87  0.000000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.187036  normal  0.356857 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1467  ABC transporter related  22.47 
 
 		 603 aa  87.4  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000245046  normal  0.820859 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8076  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  26.03 
 
 		 366 aa  86.7  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0419545  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4902  ABC transporter related protein  23.34 
 
 		 628 aa  85.9  0.000000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09251  multidrug ABC transporter  28.42 
 
 		 583 aa  85.9  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.532954  normal  0.0147253 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0082  ATPase  21.76 
 
 		 582 aa  85.9  0.000000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0584  ABC transporter transmembrane region  20.5 
 
 		 582 aa  85.9  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.321607  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0402  ABC transporter related  20.57 
 
 		 645 aa  85.9  0.000000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.176731  normal  0.164805 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0594  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  23.25 
 
 		 613 aa  85.9  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4843  ABC transporter related  24.15 
 
 		 605 aa  85.9  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.929922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0152  ABC transporter related  20.54 
 
 		 613 aa  85.5  0.000000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.273872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0256  multidrug ABC transporter  28.68 
 
 		 583 aa  85.5  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.607826  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2015  ABC transporter related  22.2 
 
 		 631 aa  85.1  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.945643  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3783  ABC transporter related  22.98 
 
 		 1301 aa  84.7  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.377067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0018  ABC transporter related  24.18 
 
 		 573 aa  84.7  0.000000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0787  lipid export ABC transport protein  20.36 
 
 		 572 aa  84.3  0.000000000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.113646  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  24.04 
 
 		 600 aa  84.3  0.000000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0425  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease, putative  22.17 
 
 		 721 aa  83.6  0.00000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1141  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  20.05 
 
 		 586 aa  84  0.00000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0640  ATPase  25 
 
 		 588 aa  83.6  0.00000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.25348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0733  ABC transporter related  22.91 
 
 		 605 aa  84  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0610  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  23.96 
 
 		 587 aa  84  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0981  ABC transporter related  21.19 
 
 		 576 aa  84.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2225  ABC transporter related  24.23 
 
 		 612 aa  82.8  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.164174  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16330  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  23.92 
 
 		 622 aa  83.2  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.867591  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>