91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4295 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4295  hypothetical protein  100 
 
 		 231 aa  466  9.999999999999999e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440557  normal  0.493242 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3137  hypothetical protein  60.96 
 
 		 236 aa  268  4e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4084  hypothetical protein  56.14 
 
 		 234 aa  247  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.336364 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2219  hypothetical protein  46.4 
 
 		 239 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366061  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2077  hypothetical protein  45.05 
 
 		 239 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.256895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3507  hypothetical protein  43.69 
 
 		 239 aa  176  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3365  hypothetical protein  42.79 
 
 		 239 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00976866 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3793  demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  31.82 
 
 		 243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9411  demethylmenaquinone methyltransferase  35.09 
 
 		 224 aa  62  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4448  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.65 
 
 		 236 aa  59.7  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4868  hypothetical protein  31.32 
 
 		 247 aa  59.3  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.158749 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3070  dimethylmenaquinone methyltransferase  28.05 
 
 		 239 aa  57  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0337  hypothetical protein  34.11 
 
 		 227 aa  54.7  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3664  hypothetical protein  28.88 
 
 		 248 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0479  dimethylmenaquinone methyltransferase  29.72 
 
 		 234 aa  53.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.145449  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3204  hypothetical protein  26.58 
 
 		 237 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295684  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0457  Orotidine 5'-phosphate decarboxylase  23.38 
 
 		 426 aa  51.2  0.00001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3297  dimethylmenaquinone methyltransferase  30.63 
 
 		 264 aa  51.2  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.270105  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6359  hypothetical protein  27.83 
 
 		 223 aa  50.1  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05389  hypothetical protein  34.82 
 
 		 224 aa  50.1  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.969658 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0823  Dimethylmenaquinone methyltransferase  25.32 
 
 		 229 aa  50.1  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2429  putative dimethylmenaquinone methyltransferase  35.96 
 
 		 235 aa  50.1  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.433884 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0610  dimethylmenaquinone methyltransferase  29.86 
 
 		 229 aa  49.7  0.00004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.398113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1063  demethylmenaquinone methyltransferase-like  30.46 
 
 		 254 aa  49.7  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1552  hypothetical protein  31.2 
 
 		 236 aa  49.7  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00413964 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0707  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  25.65 
 
 		 428 aa  49.3  0.00005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.172064 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0889  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.6 
 
 		 223 aa  49.3  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5092  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.88 
 
 		 215 aa  49.3  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0647  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  27.27 
 
 		 429 aa  49.3  0.00006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.101947  normal  0.0867495 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0718  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.91 
 
 		 232 aa  48.1  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.287716 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3078  hypothetical protein  33.05 
 
 		 215 aa  48.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.177547  normal  0.0349255 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5386  hypothetical protein  32.05 
 
 		 244 aa  47.4  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.85637 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2302  Dimethylmenaquinone methyltransferase  29.75 
 
 		 225 aa  47.4  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3023  hypothetical protein  34.26 
 
 		 275 aa  47.8  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3070  dimethylmenaquinone methyltransferase  28.21 
 
 		 211 aa  47.4  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_7865  predicted protein  30.59 
 
 		 133 aa  47.4  0.0002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.50782  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2610  DlpA protein (isocitrate and isopropylmalate dehydrogenase family protein)  22.58 
 
 		 615 aa  47  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4233  Dimethylmenaquinone methyltransferase  29.68 
 
 		 232 aa  47.4  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.95661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2121  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  24.11 
 
 		 428 aa  46.6  0.0004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1928  dimethylmenaquinone methyltransferase  29.6 
 
 		 205 aa  46.2  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.787476  hitchhiker  0.00228762 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1453  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  29.82 
 
 		 427 aa  45.8  0.0005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.395706 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5585  Dimethylmenaquinone methyltransferase  37.36 
 
 		 229 aa  46.2  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0246654  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7522  5-carboxymethyl-2-hydroxymuconateDelta- isomerase  26.11 
 
 		 545 aa  46.2  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.12897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0590  dimethylmenaquinone methyltransferase  28.33 
 
 		 206 aa  45.8  0.0006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246427  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5818  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.06 
 
 		 205 aa  45.8  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.95078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2698  hypothetical protein  32.53 
 
 		 227 aa  45.4  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.275881  normal  0.549392 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4138  hypothetical protein  27.27 
 
 		 224 aa  45.4  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5056  hypothetical protein  27.4 
 
 		 241 aa  45.4  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2031  hypothetical protein  32 
 
 		 229 aa  45.4  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.731044 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1637  hypothetical protein  33.04 
 
 		 239 aa  45.4  0.0008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6784  hypothetical protein  31.62 
 
 		 213 aa  45.1  0.0009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0744  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  31.2 
 
 		 429 aa  45.1  0.0009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.225207  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3065  demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  31.82 
 
 		 222 aa  44.7  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1123  dimethylmenaquinone methyltransferase  23.28 
 
 		 192 aa  44.7  0.001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5742  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase  31.78 
 
 		 235 aa  44.7  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228064  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1170  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  23.08 
 
 		 413 aa  44.7  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03175  putative transferase protein  26.19 
 
 		 216 aa  44.3  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.191246 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6027  dimethylmenaquinone methyltransferase  30.56 
 
 		 232 aa  44.3  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644055  normal  0.152759 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6174  hypothetical protein  33.04 
 
 		 232 aa  44.3  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0498919  normal  0.11518 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9409  dimethylmenaquinone methyltransferase  32.12 
 
 		 204 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3066  dimethylmenaquinone methyltransferase  28.68 
 
 		 216 aa  43.9  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.229185 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4023  hypothetical protein  27.14 
 
 		 241 aa  44.3  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9410  demethylmenaquinone methyltransferase  27.54 
 
 		 222 aa  43.5  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0986  hypothetical protein  38.27 
 
 		 231 aa  43.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2737  DlpA protein (isocitrate and isopropylmalate dehydrogenase family protein)  22.58 
 
 		 615 aa  43.1  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3716  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.5 
 
 		 221 aa  43.5  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.291445 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5739  hypothetical protein  28.34 
 
 		 252 aa  43.1  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38400  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase  29.59 
 
 		 233 aa  43.1  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4463  hypothetical protein  26.98 
 
 		 241 aa  43.1  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.529264  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2390  putative methyltransferase  27.86 
 
 		 221 aa  43.1  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6248  hypothetical protein  28.72 
 
 		 241 aa  42.7  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.731942  normal  0.771556 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4706  dimethylmenaquinone methyltransferase  32.17 
 
 		 232 aa  42.7  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1257  Dimethylmenaquinone methyltransferase  30.71 
 
 		 227 aa  42.7  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.127757  normal  0.0123792 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01570  conserved hypothetical protein  25.13 
 
 		 229 aa  42.4  0.006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.279438  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5772  dimethylmenaquinone methyltransferase  31.3 
 
 		 224 aa  42.4  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4150  dimethylmenaquinone methyltransferase  26.36 
 
 		 221 aa  42  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.99818  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3360  hypothetical protein  32.53 
 
 		 227 aa  42  0.007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2021  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.98 
 
 		 207 aa  42  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2119  hypothetical protein  26.38 
 
 		 239 aa  42  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.270855 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0582  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  23.15 
 
 		 437 aa  42  0.008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.062003  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4872  dimethylmenaquinone methyltransferase  29.2 
 
 		 232 aa  42  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4928  Dimethylmenaquinone methyltransferase  31.37 
 
 		 219 aa  42  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.17069  normal  0.0179831 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3549  dimethylmenaquinone methyltransferase  32.17 
 
 		 208 aa  42  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0526582 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3441  hypothetical protein  32.69 
 
 		 240 aa  41.6  0.009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2713  hypothetical protein  31.13 
 
 		 225 aa  42  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3086  hypothetical protein  32.69 
 
 		 240 aa  41.6  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.565993 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5398  dimethylmenaquinone methyltransferase  28.4 
 
 		 232 aa  42  0.009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00314819 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5464  dimethylmenaquinone methyltransferase  28.4 
 
 		 232 aa  42  0.009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4096  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.86 
 
 		 232 aa  41.6  0.01  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.189235 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3983  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.86 
 
 		 232 aa  41.6  0.01  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3890  hypothetical protein  27.13 
 
 		 228 aa  41.6  0.01  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>