61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2077 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2077  hypothetical protein  100 
 
 		 239 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.256895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3365  hypothetical protein  92.47 
 
 		 239 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00976866 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2219  hypothetical protein  83.68 
 
 		 239 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366061  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3507  hypothetical protein  74.48 
 
 		 239 aa  374  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4295  hypothetical protein  45.05 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440557  normal  0.493242 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4084  hypothetical protein  41.36 
 
 		 234 aa  160  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.336364 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3137  hypothetical protein  41.7 
 
 		 236 aa  158  8e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3793  demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  33.78 
 
 		 243 aa  119  4.9999999999999996e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4448  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.73 
 
 		 236 aa  57.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2455  demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  31.58 
 
 		 310 aa  55.5  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6068  Demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  30.95 
 
 		 312 aa  52.8  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2390  putative methyltransferase  29.31 
 
 		 221 aa  52.8  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1105  demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  32.74 
 
 		 310 aa  52.4  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.200802  normal  0.0949582 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6067  Demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  32.32 
 
 		 311 aa  52.4  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.677191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4233  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.93 
 
 		 232 aa  49.7  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.95661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3023  hypothetical protein  28.57 
 
 		 275 aa  49.7  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0610  dimethylmenaquinone methyltransferase  32.17 
 
 		 229 aa  49.3  0.00006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.398113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0718  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.79 
 
 		 232 aa  48.9  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.287716 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3418  hypothetical protein  32.03 
 
 		 237 aa  48.9  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2323  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.55 
 
 		 247 aa  48.1  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.291165  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1063  demethylmenaquinone methyltransferase-like  25.76 
 
 		 254 aa  47.8  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5742  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase  33.67 
 
 		 235 aa  47.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228064  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1453  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  33.33 
 
 		 427 aa  47.8  0.0002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.395706 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0038  hypothetical protein  33.33 
 
 		 238 aa  47.4  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0516  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  31.25 
 
 		 438 aa  46.6  0.0003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.35671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2031  hypothetical protein  28.71 
 
 		 229 aa  46.2  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.731044 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1403  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  34.31 
 
 		 438 aa  46.2  0.0004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.175956  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1637  hypothetical protein  31.25 
 
 		 239 aa  45.8  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39280  predicted protein  35.45 
 
 		 140 aa  45.8  0.0006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.632179 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2429  putative dimethylmenaquinone methyltransferase  36.73 
 
 		 235 aa  45.4  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.433884 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0321  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  33.33 
 
 		 438 aa  45.1  0.0009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0582  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  32 
 
 		 437 aa  44.7  0.001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.062003  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1888  hypothetical protein  30.71 
 
 		 233 aa  44.7  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.685918  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3633  hypothetical protein  29.7 
 
 		 231 aa  44.7  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.715784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6461  demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  28.32 
 
 		 304 aa  44.7  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.870184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1552  hypothetical protein  32.2 
 
 		 236 aa  45.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00413964 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2046  hypothetical protein  32.99 
 
 		 267 aa  44.7  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.63945  normal  0.154833 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9411  demethylmenaquinone methyltransferase  32.79 
 
 		 224 aa  45.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3078  hypothetical protein  27.73 
 
 		 215 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.177547  normal  0.0349255 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0647  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  32.14 
 
 		 429 aa  44.3  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.101947  normal  0.0867495 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0455  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  30.56 
 
 		 428 aa  44.3  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3441  hypothetical protein  30.91 
 
 		 240 aa  43.9  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0375  hypothetical protein  31.5 
 
 		 234 aa  44.3  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.416346 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3140  hypothetical protein  33.68 
 
 		 239 aa  44.3  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0744  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  34.83 
 
 		 429 aa  44.3  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.225207  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5004  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.26 
 
 		 219 aa  44.3  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.205814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3086  hypothetical protein  30.91 
 
 		 240 aa  43.9  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.565993 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1257  Dimethylmenaquinone methyltransferase  29.3 
 
 		 227 aa  43.5  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.127757  normal  0.0123792 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4131  hypothetical protein  27.34 
 
 		 232 aa  43.5  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.858095 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2625  hypothetical protein  29.27 
 
 		 234 aa  43.5  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.572906  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0337  hypothetical protein  28.71 
 
 		 227 aa  43.1  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3520  hypothetical protein  33.91 
 
 		 489 aa  42.4  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2637  hypothetical protein  28.77 
 
 		 237 aa  42.7  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0592932  hitchhiker  0.000885081 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7816  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33 
 
 		 213 aa  42.4  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9409  dimethylmenaquinone methyltransferase  27.21 
 
 		 204 aa  42.4  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03178  putative transferase protein  25.11 
 
 		 233 aa  42.4  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442727  normal  0.066253 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2610  DlpA protein (isocitrate and isopropylmalate dehydrogenase family protein)  28.45 
 
 		 615 aa  42  0.008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2471  hypothetical protein  32.35 
 
 		 240 aa  42  0.009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222167  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3890  hypothetical protein  27.72 
 
 		 228 aa  42  0.009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6192  Demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  26.57 
 
 		 314 aa  41.6  0.01  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.284947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3070  dimethylmenaquinone methyltransferase  28.3 
 
 		 239 aa  41.6  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>