54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3365 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3365  hypothetical protein  100 
 
 		 239 aa  481  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00976866 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2077  hypothetical protein  92.47 
 
 		 239 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.256895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2219  hypothetical protein  82.85 
 
 		 239 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366061  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3507  hypothetical protein  73.22 
 
 		 239 aa  363  1e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4295  hypothetical protein  42.79 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440557  normal  0.493242 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3137  hypothetical protein  41.26 
 
 		 236 aa  158  7e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4084  hypothetical protein  40 
 
 		 234 aa  156  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.336364 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3793  demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  35.91 
 
 		 243 aa  122  5e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4448  Dimethylmenaquinone methyltransferase  29.05 
 
 		 236 aa  58.2  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2455  demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  29.82 
 
 		 310 aa  52.4  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2390  putative methyltransferase  28.74 
 
 		 221 aa  51.6  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6068  Demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  30.16 
 
 		 312 aa  49.7  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2323  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.58 
 
 		 247 aa  49.7  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.291165  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0337  hypothetical protein  29.85 
 
 		 227 aa  49.7  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0610  dimethylmenaquinone methyltransferase  31.58 
 
 		 229 aa  48.9  0.00007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.398113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0038  hypothetical protein  35.07 
 
 		 238 aa  48.5  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3633  hypothetical protein  31.68 
 
 		 231 aa  47.4  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.715784 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6067  Demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  31.4 
 
 		 311 aa  47.4  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.677191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0321  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  32.35 
 
 		 438 aa  46.6  0.0003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1105  demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  30.09 
 
 		 310 aa  46.2  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.200802  normal  0.0949582 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0516  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  32.35 
 
 		 438 aa  46.2  0.0004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.35671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1453  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  32.11 
 
 		 427 aa  46.6  0.0004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.395706 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39280  predicted protein  33.61 
 
 		 140 aa  46.6  0.0004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.632179 
 
 
-
 
NC_003296  RS03178  putative transferase protein  25.85 
 
 		 233 aa  45.8  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442727  normal  0.066253 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1403  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  32.35 
 
 		 438 aa  45.8  0.0006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.175956  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2031  hypothetical protein  29.36 
 
 		 229 aa  45.8  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.731044 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4233  Dimethylmenaquinone methyltransferase  27.66 
 
 		 232 aa  45.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.95661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0582  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  32 
 
 		 437 aa  44.7  0.001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.062003  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5742  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase  28.57 
 
 		 235 aa  44.7  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228064  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4928  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.63 
 
 		 219 aa  45.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.17069  normal  0.0179831 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5004  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.26 
 
 		 219 aa  44.7  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.205814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5620  hypothetical protein  31.06 
 
 		 224 aa  45.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0744  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  32.56 
 
 		 429 aa  44.3  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.225207  n/a   
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9411  demethylmenaquinone methyltransferase  32.69 
 
 		 224 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3608  hypothetical protein  29.92 
 
 		 505 aa  44.3  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0647  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  33.33 
 
 		 429 aa  43.9  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.101947  normal  0.0867495 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0718  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.96 
 
 		 232 aa  43.9  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.287716 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0455  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  30.77 
 
 		 428 aa  44.3  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3023  hypothetical protein  26.8 
 
 		 275 aa  43.9  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4131  hypothetical protein  29.09 
 
 		 232 aa  44.3  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.858095 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3140  hypothetical protein  31.91 
 
 		 239 aa  43.5  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9409  dimethylmenaquinone methyltransferase  30.69 
 
 		 204 aa  43.5  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_10700  DlpA domain protein (AFU_orthologue; AFUA_4G10940)  30.84 
 
 		 286 aa  43.1  0.004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.597325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6461  demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  27.43 
 
 		 304 aa  43.1  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.870184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7816  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.83 
 
 		 213 aa  43.1  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2637  hypothetical protein  31.82 
 
 		 237 aa  42.7  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0592932  hitchhiker  0.000885081 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2817  hypothetical protein  29 
 
 		 246 aa  42.4  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00663011  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1063  demethylmenaquinone methyltransferase-like  24.53 
 
 		 254 aa  42.4  0.007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0707  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  35.37 
 
 		 428 aa  42.4  0.007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.172064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1552  hypothetical protein  28.49 
 
 		 236 aa  42.4  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00413964 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3418  hypothetical protein  28.3 
 
 		 237 aa  42  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3078  hypothetical protein  26.89 
 
 		 215 aa  42  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.177547  normal  0.0349255 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0457  Orotidine 5'-phosphate decarboxylase  28.68 
 
 		 426 aa  42  0.009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5092  dimethylmenaquinone methyltransferase  29.52 
 
 		 215 aa  41.6  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174477  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>