More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3849 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
263 aa  522  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  32.95 
 
 
266 aa  143  3e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.95 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.95 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  33.87 
 
 
257 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  32.95 
 
 
266 aa  140  3e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.17 
 
 
266 aa  137  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  32.17 
 
 
266 aa  137  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  32.17 
 
 
266 aa  137  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  32.17 
 
 
266 aa  137  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  32.17 
 
 
266 aa  137  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.17 
 
 
266 aa  137  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
267 aa  135  9e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.22 
 
 
279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  32.59 
 
 
279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
284 aa  133  3.9999999999999996e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.23 
 
 
262 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  34.13 
 
 
260 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.814917  normal  0.279187 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  33.2 
 
 
279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  34.98 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
275 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
279 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.53 
 
 
262 aa  129  6e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
275 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
289 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
289 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2037  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  30.83 
 
 
269 aa  128  8.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0823298  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.83 
 
 
264 aa  127  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3038  ABC permidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  32.95 
 
 
267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.22 
 
 
275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 
267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.548577  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.48 
 
 
279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  35.07 
 
 
276 aa  126  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.48 
 
 
275 aa  126  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.13 
 
 
269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  32.27 
 
 
262 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.17 
 
 
266 aa  125  7e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
272 aa  125  7e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.22 
 
 
275 aa  125  8.000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
272 aa  125  8.000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.82 
 
 
275 aa  125  9e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  34.6 
 
 
276 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.18 
 
 
271 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.04 
 
 
264 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.67 
 
 
259 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1937  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potC)-like protein  31.78 
 
 
266 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.31 
 
 
272 aa  124  2e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.33 
 
 
274 aa  122  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  30.52 
 
 
266 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.63 
 
 
281 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.83 
 
 
257 aa  122  5e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.63 
 
 
281 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.04 
 
 
278 aa  122  5e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.63 
 
 
281 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.12 
 
 
256 aa  122  6e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4661  Ornithine carbamoyltransferase  31.64 
 
 
303 aa  122  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.535796  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
274 aa  122  7e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  29.12 
 
 
271 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.54 
 
 
273 aa  122  8e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  29.12 
 
 
271 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  29.12 
 
 
271 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  29.12 
 
 
271 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.42 
 
 
267 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242595  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1847  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.04 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0489966  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1731  transmembrane ABC transporter protein  34.21 
 
 
272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0271867  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  28.4 
 
 
271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0565  polyamine ABC transporter, permease protein  35.22 
 
 
273 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4612  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.22 
 
 
273 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.950111 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  28.91 
 
 
271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0937  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotI  31.25 
 
 
303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.023039  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2225  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  31.67 
 
 
266 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.8 
 
 
275 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  32.2 
 
 
278 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  31.33 
 
 
281 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  31.33 
 
 
281 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.28 
 
 
279 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
272 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  32.24 
 
 
256 aa  119  3e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  31.15 
 
 
259 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  32.65 
 
 
273 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  30.13 
 
 
244 aa  119  3.9999999999999996e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  31.15 
 
 
259 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.86 
 
 
256 aa  119  4.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.13 
 
 
268 aa  119  4.9999999999999996e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.51 
 
 
267 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.434093  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.05 
 
 
279 aa  119  4.9999999999999996e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1055  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  32.5 
 
 
272 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.464145  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1785  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  32.5 
 
 
272 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1298  putrescine ABC transporter, permease protein  32.5 
 
 
272 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 
278 aa  119  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445054  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2307  putrescine transport system permease protein  32.5 
 
 
272 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2175  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  32.5 
 
 
272 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.661225  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2120  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  32.5 
 
 
272 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.412651  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 
278 aa  119  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.708074  normal  0.0941502 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.29 
 
 
279 aa  119  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0110  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  32.5 
 
 
272 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 
271 aa  119  6e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>