69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3334 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 277 aa  558  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  82.18 
 
 		 276 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2281  hitchhiker  0.0000101278 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4011  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  81.45 
 
 		 276 aa  462  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0615  xylose isomerase domain-containing protein  58.25 
 
 		 296 aa  316  3e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1856  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.65 
 
 		 292 aa  310  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.11 
 
 		 296 aa  275  8e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  50.55 
 
 		 280 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  50.55 
 
 		 280 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  50.18 
 
 		 280 aa  272  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  50.18 
 
 		 280 aa  272  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  50.18 
 
 		 280 aa  272  5.000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  50.18 
 
 		 280 aa  272  5.000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4176  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.63 
 
 		 394 aa  268  1e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346853  hitchhiker  0.000695283 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  51.69 
 
 		 293 aa  257  2e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0137  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.77 
 
 		 276 aa  251  1e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.67 
 
 		 274 aa  240  1e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.362033  normal  0.0199285 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2882  xylose isomerase domain-containing protein  55.75 
 
 		 276 aa  239  2.9999999999999997e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  48.69 
 
 		 285 aa  235  5.0000000000000005e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3593  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.38 
 
 		 265 aa  234  8e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244317  normal  0.215314 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  50 
 
 		 292 aa  234  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.51 
 
 		 269 aa  234  2.0000000000000002e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  46.95 
 
 		 285 aa  227  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.96 
 
 		 298 aa  226  2e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  48.13 
 
 		 266 aa  227  2e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  49.62 
 
 		 274 aa  226  3e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.81 
 
 		 290 aa  226  3e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.834913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  47.57 
 
 		 288 aa  223  2e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.32 
 
 		 286 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1107  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.39 
 
 		 273 aa  209  4e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2177  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.82 
 
 		 279 aa  208  6e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06440  sugar phosphate isomerase/epimerase  43.3 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  38.11 
 
 		 278 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6262  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.12 
 
 		 278 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  0.603305 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0895  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.21 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0606369  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2394  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.29 
 
 		 316 aa  95.5  8e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.515446  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  28.87 
 
 		 272 aa  67.8  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  29.7 
 
 		 268 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  28.39 
 
 		 295 aa  59.3  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  29.86 
 
 		 295 aa  58.9  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2495  xylose isomerase domain-containing protein  29.17 
 
 		 261 aa  58.9  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1942  xylose isomerase domain-containing protein  29.48 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1896  xylose isomerase-like TIM barrel  29.48 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31703  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1876  xylose isomerase domain-containing protein  30.06 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0739188 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.83 
 
 		 313 aa  55.8  0.0000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  27.75 
 
 		 277 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  34.65 
 
 		 270 aa  53.5  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0291  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.46 
 
 		 305 aa  52.4  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.102645  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  25.96 
 
 		 256 aa  49.7  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  27.42 
 
 		 274 aa  47.4  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  28.44 
 
 		 257 aa  47.8  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.82 
 
 		 284 aa  47.8  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.52 
 
 		 290 aa  47.8  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  26.87 
 
 		 268 aa  47.4  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.34 
 
 		 262 aa  47.4  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.65 
 
 		 264 aa  47.4  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  23.91 
 
 		 270 aa  46.6  0.0004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.58 
 
 		 303 aa  46.6  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.05 
 
 		 282 aa  46.6  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.23 
 
 		 282 aa  45.8  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0121  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.12 
 
 		 290 aa  45.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  26.42 
 
 		 281 aa  45.4  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.81 
 
 		 288 aa  44.7  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  26.71 
 
 		 259 aa  44.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3316  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 313 aa  44.3  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  25.68 
 
 		 282 aa  43.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  22.6 
 
 		 283 aa  42.7  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.4 
 
 		 276 aa  42.7  0.007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  26.24 
 
 		 295 aa  42.4  0.009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  24.39 
 
 		 250 aa  42  0.01  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>