More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1980 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1980  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 226 aa  450  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.893627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4059  two component LuxR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 212 aa  112  7.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.111025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 230 aa  111  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3486  hypothetical protein  33.66 
 
 		 206 aa  105  5e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4937  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.67 
 
 		 224 aa  102  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.570807  normal  0.210467 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2511  two component LuxR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 229 aa  102  5e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0972  two component LuxR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 227 aa  101  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.299836  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22850  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  31.07 
 
 		 239 aa  100  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.711047 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5788  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.48 
 
 		 214 aa  100  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.785726 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1236  two component LuxR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 208 aa  100  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.23752  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0590  two component LuxR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 215 aa  98.6  6e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0603  two component LuxR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 215 aa  98.6  6e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0581  two component LuxR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 215 aa  98.6  6e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2130  DNA-binding response regulator, LuxR family  29.76 
 
 		 222 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1940  LuxR response regulator receiver  29.76 
 
 		 222 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.95717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6032  response regulator receiver protein  31.07 
 
 		 218 aa  96.7  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2627  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.43 
 
 		 211 aa  97.4  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3097  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.64 
 
 		 222 aa  95.9  5e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.472018  normal  0.507317 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1284  two component LuxR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 209 aa  95.5  5e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7415  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.45 
 
 		 228 aa  95.5  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.933403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 213 aa  94.7  9e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5535  DNA-binding response regulator  28.08 
 
 		 215 aa  95.1  9e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1646  two component LuxR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 219 aa  94.4  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92254 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0500  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.61 
 
 		 226 aa  94.4  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 216 aa  94.7  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0154  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.39 
 
 		 244 aa  94.7  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03853  transcriptional regulator NarL  30.65 
 
 		 217 aa  94  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000020037  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.05 
 
 		 213 aa  94  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5417  DNA-binding response regulator  28.57 
 
 		 215 aa  94  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1233  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.52 
 
 		 220 aa  93.6  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.792953 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5591  DNA-binding response regulator  28.57 
 
 		 215 aa  93.6  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 219 aa  93.6  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0175  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.54 
 
 		 222 aa  93.6  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5540  DNA-binding response regulator  28.37 
 
 		 215 aa  92.8  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  26.76 
 
 		 221 aa  93.2  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5205  two component LuxR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 215 aa  92.8  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3505  LuxR family two component transcriptional regulator  29.29 
 
 		 213 aa  92.8  4e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.345096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 207 aa  92.8  4e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1903  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.19 
 
 		 225 aa  92.4  5e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.202425  normal  0.182857 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0094  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.49 
 
 		 233 aa  92  7e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0277195 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1160  two component LuxR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 210 aa  91.7  9e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1954  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.07 
 
 		 220 aa  91.3  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.228638  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2449  two component LuxR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 211 aa  91.3  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.265588 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4290  two component LuxR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 218 aa  91.3  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2809  two component LuxR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 219 aa  90.9  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1910  response regulator receiver protein  32.46 
 
 		 226 aa  91.3  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238062  normal  0.36963 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1910  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.62 
 
 		 218 aa  90.9  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1601  DNA-binding response regulator  29.19 
 
 		 210 aa  90.1  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000136266  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1563  DNA-binding response regulator  29.19 
 
 		 210 aa  90.1  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000942452  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3849  DNA-binding response regulator  29.19 
 
 		 210 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000308683  hitchhiker  0.000000000350245 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1348  DNA-binding response regulator  29.19 
 
 		 210 aa  90.1  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000440829  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5263  DNA-binding response regulator  27.88 
 
 		 215 aa  90.9  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.24037  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1322  response regulator  29.19 
 
 		 210 aa  90.1  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  7.30192e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5091  response regulator  27.88 
 
 		 215 aa  90.9  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5108  response regulator  27.88 
 
 		 215 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00235048  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3372  two component LuxR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 212 aa  90.5  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383896 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1457  DNA-binding response regulator  29.19 
 
 		 210 aa  90.1  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000538049  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5661  DNA-binding response regulator  27.88 
 
 		 215 aa  90.9  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1495  DNA-binding response regulator  29.19 
 
 		 210 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000174821  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2258  two component LuxR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 224 aa  90.5  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124896  normal  0.0124728 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1363  two component LuxR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 210 aa  90.1  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0039551  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1611  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.47 
 
 		 208 aa  90.5  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.548364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5506  DNA-binding response regulator  27.88 
 
 		 215 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4254  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.31 
 
 		 225 aa  90.1  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.867992  normal  0.287586 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0209  two component LuxR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 223 aa  89.7  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1487  two component LuxR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 231 aa  90.1  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0122618  normal  0.753042 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2171  two component LuxR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 218 aa  90.1  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0762379  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2108  two component LuxR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 218 aa  90.1  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4227  two component LuxR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 213 aa  90.1  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.624898 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0190  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.62 
 
 		 219 aa  89.7  3e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.146862  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2950  LuxR response regulator receiver  28.5 
 
 		 221 aa  89.4  4e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4064  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.6 
 
 		 217 aa  89.4  4e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0896  LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 216 aa  89.4  4e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2846  two component LuxR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 209 aa  89  5e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4823  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.65 
 
 		 214 aa  89  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.103693  normal  0.11387 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0775  LuxR family two component transcriptional regulator  29.11 
 
 		 234 aa  89  5e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.336237 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1531  DNA-binding response regulator  29.19 
 
 		 210 aa  88.6  6e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.64189e-24 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.73 
 
 		 227 aa  89  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2941  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.14 
 
 		 219 aa  88.6  7e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.911135  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3847  two component LuxR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 216 aa  88.6  8e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.118356  decreased coverage  0.00872558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0621  two component LuxR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 212 aa  88.2  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.881689 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3028  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.02 
 
 		 225 aa  88.2  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.211566  decreased coverage  0.0000266978 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4062  two component LuxR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 216 aa  87.4  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0448793  normal  0.300284 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0445  two component LuxR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 212 aa  88.2  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143028  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3748  two component LuxR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 211 aa  87.8  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.107866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1760  two component LuxR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 303 aa  87.8  1e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.887336 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1929  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.22 
 
 		 209 aa  87.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.142226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7160  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.99 
 
 		 224 aa  87.8  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4778  two component LuxR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 208 aa  87.8  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000269792  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.91 
 
 		 210 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  27.91 
 
 		 210 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3390  LuxR family two component transcriptional regulator  31.84 
 
 		 228 aa  86.7  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.269937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1616  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.39 
 
 		 229 aa  87  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1321  response regulator  28.71 
 
 		 210 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000332221  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6933  two component LuxR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 244 aa  87.4  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.322421 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1594  response regulator  28.1 
 
 		 218 aa  87.4  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1123  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.91 
 
 		 242 aa  87  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_374  DNA-binding response regulator, LuxR family  26.73 
 
 		 232 aa  86.7  2e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000120759  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0409  two component LuxR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 232 aa  87.4  2e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135269  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>