More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1209 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1209  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 270 aa  564  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.370147  normal  0.298722 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1470  short chain dehydrogenase  85.13 
 
 		 271 aa  482  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.826438 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3356  short chain dehydrogenase  68.89 
 
 		 267 aa  390  1e-107  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4362  short chain dehydrogenase  65.3 
 
 		 270 aa  368  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0228985 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1983  short chain dehydrogenase  44.7 
 
 		 264 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00829881  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1964  short chain dehydrogenase  44.7 
 
 		 264 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1588  short chain dehydrogenase  44.7 
 
 		 264 aa  229  5e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0912  short chain dehydrogenase  44.7 
 
 		 264 aa  229  5e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0248  short chain dehydrogenase  44.7 
 
 		 264 aa  229  5e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.362488  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1148  short chain dehydrogenase  44.7 
 
 		 264 aa  228  9e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.382657  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2387  short chain dehydrogenase  44.7 
 
 		 264 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0827286  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47060  short chain dehydrogenase  43.87 
 
 		 259 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.734179 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5800  short chain dehydrogenase  39.7 
 
 		 258 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3866  short chain dehydrogenase  39.7 
 
 		 258 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4503  short chain dehydrogenase  39.7 
 
 		 258 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1347  short chain dehydrogenase  39.93 
 
 		 258 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.371645 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4060  short chain dehydrogenase  44.03 
 
 		 259 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 		 258 aa  190  2e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.741108  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1584  short chain dehydrogenase  41.35 
 
 		 258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6247  short chain dehydrogenase  41.35 
 
 		 258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.893931  normal  0.68092 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6723  short chain dehydrogenase  40.98 
 
 		 258 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2216  short chain dehydrogenase  40.15 
 
 		 260 aa  180  2.9999999999999997e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1905  short chain dehydrogenase  29.24 
 
 		 280 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0945301  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  31.21 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2787  short chain dehydrogenase  29.29 
 
 		 291 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.69 
 
 		 282 aa  112  8.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.889604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  30.11 
 
 		 291 aa  112  9e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  30.66 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  33.33 
 
 		 283 aa  111  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  30.66 
 
 		 281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  30.66 
 
 		 291 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  33.33 
 
 		 283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.7 
 
 		 271 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2541  short chain dehydrogenase  30.32 
 
 		 291 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000142979  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2827  short chain dehydrogenase  29.96 
 
 		 291 aa  108  6e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2582  short chain dehydrogenase  29.08 
 
 		 291 aa  109  6e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0166341  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2806  short chain dehydrogenase  27.96 
 
 		 291 aa  106  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.928497  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  33.19 
 
 		 276 aa  105  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  28.86 
 
 		 276 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  31.13 
 
 		 344 aa  102  9e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1687  short chain dehydrogenase  31.1 
 
 		 279 aa  100  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7039  short chain dehydrogenase  33.85 
 
 		 275 aa  100  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0246661  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 		 275 aa  99.4  5e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 		 268 aa  99.4  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 		 268 aa  98.6  9e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 		 267 aa  98.6  9e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 280 aa  98.6  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 		 265 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.18 
 
 		 280 aa  98.2  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 		 285 aa  97.4  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1073  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  29.25 
 
 		 847 aa  97.4  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5725  short chain dehydrogenase  31.49 
 
 		 277 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46420  short chain dehydrogenase  29.1 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000350021  hitchhiker  0.000971378 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 		 281 aa  96.7  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.212887  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2188  thiamine pyrophosphate protein central region  30.04 
 
 		 847 aa  97.1  3e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.941679 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1451  short chain dehydrogenase  29.14 
 
 		 277 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7041  short chain dehydrogenase  29.54 
 
 		 277 aa  96.3  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.198805  normal  0.204999 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6377  short chain dehydrogenase  29.14 
 
 		 277 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.97 
 
 		 314 aa  96.3  5e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0876  short chain dehydrogenase  33.68 
 
 		 274 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  32.11 
 
 		 256 aa  95.9  6e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  30.74 
 
 		 272 aa  95.9  6e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.96 
 
 		 272 aa  94.7  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.106718  normal  0.186536 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 272 aa  94  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  27.89 
 
 		 277 aa  94  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  31.8 
 
 		 256 aa  94.4  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0898899  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4067  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  27.2 
 
 		 298 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.122191  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  29.25 
 
 		 282 aa  93.6  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  30.04 
 
 		 274 aa  93.6  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0843  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 275 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.17 
 
 		 300 aa  93.2  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3278  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.82 
 
 		 276 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6919  short chain dehydrogenase  30.1 
 
 		 276 aa  93.2  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.85 
 
 		 255 aa  93.2  4e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000634692  hitchhiker  0.00117931 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4537  short chain dehydrogenase  33.49 
 
 		 277 aa  92.4  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.791689 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 279 aa  92.4  6e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.86 
 
 		 268 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3218  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.86 
 
 		 268 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  30.12 
 
 		 276 aa  92.4  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  31.19 
 
 		 256 aa  92.4  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 272 aa  92  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.17 
 
 		 273 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0135056  normal  0.0706675 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  31.88 
 
 		 275 aa  91.7  1e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1178  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.07 
 
 		 286 aa  90.9  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.47 
 
 		 276 aa  90.5  2e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.03 
 
 		 273 aa  91.3  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.180623  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.57 
 
 		 247 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00179214  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.17 
 
 		 276 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56422  normal  0.0351935 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  33.66 
 
 		 273 aa  90.9  2e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.07 
 
 		 284 aa  90.1  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.12 
 
 		 247 aa  90.5  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.104553  normal  0.448539 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.1 
 
 		 271 aa  90.1  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 		 285 aa  90.1  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 		 276 aa  90.5  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.79 
 
 		 277 aa  90.5  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.875416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1270  short chain dehydrogenase  29.86 
 
 		 258 aa  90.5  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.6 
 
 		 272 aa  90.5  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.743458 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0776  short chain dehydrogenase  29.71 
 
 		 274 aa  90.1  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.57 
 
 		 289 aa  90.1  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.137743 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>