More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_11030 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_11030  transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  593  1e-168  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3750  transcriptional regulator, LysR family  47.14 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.195821  hitchhiker  0.00432039 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0053  transcriptional regulator, LysR family  45.58 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.488501 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2692  transcriptional regulator, LysR family  45.49 
 
 		 312 aa  185  1.0000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0524  transcriptional regulator, LysR family  46.76 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.264315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4390  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 317 aa  179  5.999999999999999e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1341  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 299 aa  179  7e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5154  transcriptional regulator, LysR family  44.15 
 
 		 309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0579  LysR substrate-binding protein  41.24 
 
 		 299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6399  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 313 aa  162  8.000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0179787 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2095  transcriptional regulator, LysR family  46.52 
 
 		 309 aa  162  8.000000000000001e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18090  transcriptional regulator  37.67 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.132657  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12305  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 312 aa  152  1e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6040  transcriptional regulator, LysR family  44.6 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4601  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.685719 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2284  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 305 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.471609  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  23.94 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 296 aa  122  6e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05922  transcriptional regulator  32.99 
 
 		 324 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.47 
 
 		 303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.56 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 308 aa  116  5e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 294 aa  116  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000192  transcriptional regulator LysR family  32.19 
 
 		 301 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0226889  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0475  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 301 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111111  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2387  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274334 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1675  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1712  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00125801 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 301 aa  114  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2469  transcriptional regulator, LysR family protein  31.27 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.101022  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 311 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.41 
 
 		 308 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2375  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 303 aa  112  6e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 304 aa  112  6e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 304 aa  112  6e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 292 aa  112  6e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.79 
 
 		 306 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2879  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417764 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 293 aa  110  3e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1191  putative transcriptional regulator  26.48 
 
 		 290 aa  110  4.0000000000000004e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 324 aa  109  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 325 aa  109  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 294 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.59 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  32.05 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  33.93 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  25.73 
 
 		 300 aa  106  4e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.16 
 
 		 293 aa  106  6e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 297 aa  106  6e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 290 aa  106  6e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.16 
 
 		 293 aa  106  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.16 
 
 		 293 aa  106  6e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.16 
 
 		 293 aa  106  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 297 aa  106  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  31.16 
 
 		 293 aa  106  6e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.16 
 
 		 293 aa  106  6e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0284  LysR substrate-binding protein  25.17 
 
 		 294 aa  106  7e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 298 aa  105  7e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  36.44 
 
 		 306 aa  105  7e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  21.88 
 
 		 294 aa  105  7e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2495  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 		 292 aa  105  8e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  21.88 
 
 		 294 aa  105  8e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.82 
 
 		 293 aa  105  9e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 297 aa  105  9e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.93 
 
 		 290 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  25.61 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0478  transcriptional regulator, LysR family  23.4 
 
 		 290 aa  104  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0101609  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5712  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>