More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_06900 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_06900  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 339 aa  667    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0495  transcriptional regulator, LacI family  54.85 
 
 		 335 aa  360  2e-98  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.448967  normal  0.778992 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  51.96 
 
 		 339 aa  327  2.0000000000000001e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3275  transcriptional regulator, LacI family  54.08 
 
 		 333 aa  325  5e-88  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.183529  hitchhiker  0.00604574 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0219  LacI family transcription regulator  51.95 
 
 		 351 aa  325  6e-88  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4680  LacI family transcription regulator  49.27 
 
 		 336 aa  296  2e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0406203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6224  HTH-type transcriptional repressor PurR  50.74 
 
 		 348 aa  294  1e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.348111 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2892  transcriptional regulator, LacI family  50.89 
 
 		 340 aa  294  2e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207309  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  49.7 
 
 		 328 aa  291  1e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4997  transcriptional regulator, LacI family  48.64 
 
 		 372 aa  287  2e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.385337 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3042  transcriptional regulator, LacI family  48.65 
 
 		 359 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1918  LacI family transcription regulator  46.73 
 
 		 368 aa  283  4.0000000000000003e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.04786  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1860  transcriptional regulator, LacI family  49.7 
 
 		 338 aa  275  6e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4084  HTH-type transcriptional repressor PurR  47.72 
 
 		 346 aa  273  3e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.932111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4705  transcriptional regulator, LacI family  45.53 
 
 		 359 aa  270  2e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0276  transcriptional regulator, LacI family  46.99 
 
 		 342 aa  269  5.9999999999999995e-71  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0400  transcriptional regulator, LacI family  48.09 
 
 		 346 aa  267  2e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0241  transcriptional regulator, LacI family  48.04 
 
 		 348 aa  262  4.999999999999999e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.268594  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4716  transcriptional regulator, LacI family  47.29 
 
 		 346 aa  260  3e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0748  transcriptional regulator, LacI family  47.35 
 
 		 346 aa  260  3e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29490  transcriptional regulator  47.94 
 
 		 340 aa  257  2e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11590  transcriptional regulator  45.4 
 
 		 362 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.042152 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1925  LacI family transcription regulator  45.18 
 
 		 358 aa  248  1e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.149363  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01060  transcriptional regulator  43.03 
 
 		 340 aa  229  4e-59  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0887305  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0379  LacI family transcription regulator  43.98 
 
 		 342 aa  229  4e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676966  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2947  regulatory protein LacI  43.2 
 
 		 359 aa  222  6e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.407921  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06590  transcriptional regulator, LacI family  41.62 
 
 		 359 aa  217  2e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04300  transcriptional regulator, LacI family  43.03 
 
 		 352 aa  217  2e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2577  transcriptional regulator, LacI family  43.11 
 
 		 346 aa  213  2.9999999999999995e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.215831  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2732  lac repressor  37.92 
 
 		 357 aa  210  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.02392  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0100  transcriptional regulator, LacI family  40.24 
 
 		 348 aa  209  7e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0658146  normal  0.053402 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1363  lac repressor  36.97 
 
 		 358 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1262  lac repressor  38.18 
 
 		 357 aa  196  5.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000349798  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1769  lac repressor  35.89 
 
 		 358 aa  192  5e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.044739  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1021  LacI family response repressor  36.47 
 
 		 371 aa  191  1e-47  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3665  LacI family transcription regulator  36.58 
 
 		 343 aa  190  4e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0927  lac repressor  36.78 
 
 		 355 aa  186  7e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0196781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0930  LacI family response repressor  36.59 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.562853  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1283  lac repressor  36.81 
 
 		 357 aa  184  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2911  transcriptional regulator, LacI family  38.37 
 
 		 342 aa  184  3e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0922  lac repressor  36.2 
 
 		 357 aa  182  5.0000000000000004e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3358  lac repressor  35.78 
 
 		 357 aa  182  6e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0976  lac repressor  35.78 
 
 		 357 aa  182  6e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0369  lac repressor  35.35 
 
 		 363 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000375664  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00299  lac repressor  35.45 
 
 		 360 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000126874  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10002  Lactose operon repressor  35.45 
 
 		 360 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000792391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3261  transcriptional regulator, LacI family  35.45 
 
 		 363 aa  179  7e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862656  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00703  hypothetical protein  35.45 
 
 		 360 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000122917  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3280  lac repressor  35.45 
 
 		 363 aa  179  7e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000820962  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00303  hypothetical protein  35.45 
 
 		 360 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0418  lac repressor  35.56 
 
 		 360 aa  179  8e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000822114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0409  lac repressor  35.15 
 
 		 363 aa  179  8e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.9973e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0376  lac repressor  35.06 
 
 		 360 aa  177  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000396722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  37.01 
 
 		 340 aa  174  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0351  transcriptional regulator, LacI family  33.96 
 
 		 367 aa  174  2.9999999999999996e-42  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  38.39 
 
 		 339 aa  172  7.999999999999999e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 339 aa  171  1e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  34.62 
 
 		 348 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  36.53 
 
 		 353 aa  171  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.42 
 
 		 335 aa  168  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  33.43 
 
 		 328 aa  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  35.5 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  32.83 
 
 		 332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0916  transcriptional regulator, LacI family  39.37 
 
 		 345 aa  166  4e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.684035  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  32.52 
 
 		 331 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.83 
 
 		 335 aa  165  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  31.4 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  35.01 
 
 		 336 aa  163  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.1 
 
 		 339 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.63 
 
 		 333 aa  162  7e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 343 aa  162  8.000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2147  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.02 
 
 		 340 aa  161  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  32.63 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  31.16 
 
 		 341 aa  159  8e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  35.01 
 
 		 355 aa  157  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  34.72 
 
 		 343 aa  156  6e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  34.43 
 
 		 333 aa  155  7e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  32.73 
 
 		 338 aa  155  8e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  32.24 
 
 		 352 aa  155  9e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2830  transcriptional regulator, LacI family  36.58 
 
 		 344 aa  155  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  32.83 
 
 		 344 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 331 aa  154  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0197  LacI family transcription regulator  34.5 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0817  transcriptional regulator, LacI family  34.65 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.533751  normal  0.134467 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1756  LacI family transcription regulator  35.48 
 
 		 370 aa  154  2.9999999999999998e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03609  transcriptional regulator LacI family  36.91 
 
 		 350 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.34339  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.94 
 
 		 335 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  34.41 
 
 		 334 aa  152  7e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  31.67 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  31.29 
 
 		 366 aa  152  8e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0276  LacI family transcription regulator  33.83 
 
 		 347 aa  152  8.999999999999999e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.15 
 
 		 336 aa  152  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  35.38 
 
 		 362 aa  152  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  32.56 
 
 		 340 aa  151  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0128  transcriptional regulator, LacI family  35.37 
 
 		 340 aa  150  2e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.531775 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2013  lac repressor  32.23 
 
 		 356 aa  151  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  36.72 
 
 		 334 aa  151  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3611  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35 
 
 		 345 aa  150  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>